More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3881 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  39.52 
 
 		 1410 aa  887    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  82.43 
 
 		 1411 aa  2204    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  35.46 
 
 		 1379 aa  679    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  75.85 
 
 		 1385 aa  2221    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  38.19 
 
 		 1402 aa  793    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  83.51 
 
 		 561 aa  811    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  64.88 
 
 		 855 aa  1124    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  69.62 
 
 		 1140 aa  1619    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  67.15 
 
 		 1229 aa  1729    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  68.21 
 
 		 1409 aa  1851    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  73 
 
 		 480 aa  730    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  73.92 
 
 		 867 aa  1169    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4997  YD repeat-containing protein  74.95 
 
 		 555 aa  860    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  38.15 
 
 		 1418 aa  808    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  36.49 
 
 		 1446 aa  732    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2612  YD repeat-containing protein  71.4 
 
 		 497 aa  704    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  35.73 
 
 		 1531 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  37.26 
 
 		 1421 aa  713    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  37.84 
 
 		 1359 aa  753    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1386 aa  2867    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  75.08 
 
 		 1400 aa  2026    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  35.56 
 
 		 1419 aa  698    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  37.97 
 
 		 1390 aa  796    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  81.84 
 
 		 866 aa  1279    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  35.74 
 
 		 1568 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  33.16 
 
 		 1530 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  34.28 
 
 		 1362 aa  562  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  33.02 
 
 		 1604 aa  546  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  33.57 
 
 		 1583 aa  546  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  34.35 
 
 		 1348 aa  535  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  34.23 
 
 		 1586 aa  532  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  32.77 
 
 		 1554 aa  506  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  32.17 
 
 		 1602 aa  496  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  72.22 
 
 		 451 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  38.04 
 
 		 924 aa  468  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  31.77 
 
 		 1520 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  32.04 
 
 		 1527 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  30.6 
 
 		 1550 aa  466  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  32.15 
 
 		 1149 aa  466  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  30.38 
 
 		 1547 aa  458  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  32.73 
 
 		 1149 aa  458  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  30.03 
 
 		 1150 aa  451  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  30.03 
 
 		 1150 aa  452  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  30.17 
 
 		 1150 aa  451  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  31.52 
 
 		 1551 aa  453  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  29.68 
 
 		 1150 aa  436  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  29.67 
 
 		 1626 aa  431  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  30.42 
 
 		 1609 aa  423  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  30.24 
 
 		 1573 aa  413  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  30.33 
 
 		 1560 aa  412  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  29.63 
 
 		 1654 aa  412  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  29.33 
 
 		 1620 aa  406  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  29.64 
 
 		 1576 aa  399  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  30.62 
 
 		 1572 aa  393  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  31.02 
 
 		 1611 aa  392  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  29.58 
 
 		 1614 aa  385  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  30.02 
 
 		 1429 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  29.61 
 
 		 1981 aa  383  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2528  YD repeat-containing protein  61.46 
 
 		 283 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  30.04 
 
 		 1586 aa  369  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  30.14 
 
 		 1595 aa  365  2e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  29.89 
 
 		 1317 aa  348  3e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  29.23 
 
 		 1494 aa  347  7e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  29.23 
 
 		 1494 aa  347  7e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  29.47 
 
 		 1319 aa  345  4e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  27.23 
 
 		 1517 aa  340  9e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  28.35 
 
 		 1487 aa  340  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  27.64 
 
 		 1495 aa  337  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  26.52 
 
 		 1437 aa  329  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  27.13 
 
 		 1600 aa  325  3e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  28.69 
 
 		 1509 aa  323  1.9999999999999998e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  27.45 
 
 		 1485 aa  319  3e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  26.11 
 
 		 1457 aa  313  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  26.65 
 
 		 1197 aa  312  2.9999999999999997e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  26.25 
 
 		 1475 aa  312  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  26.37 
 
 		 1505 aa  311  4e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  25.84 
 
 		 1616 aa  306  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.99 
 
 		 1488 aa  306  2.0000000000000002e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  25.93 
 
 		 1422 aa  305  3.0000000000000004e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  25.69 
 
 		 1423 aa  300  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  26.05 
 
 		 1447 aa  299  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  25.91 
 
 		 1428 aa  298  4e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  26.12 
 
 		 1541 aa  288  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  25.9 
 
 		 1541 aa  287  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  26.87 
 
 		 1508 aa  287  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  25.9 
 
 		 1541 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  25.9 
 
 		 1541 aa  286  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  25.9 
 
 		 1541 aa  286  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  25.9 
 
 		 1541 aa  286  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  37.64 
 
 		 553 aa  285  5.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  25.9 
 
 		 1381 aa  284  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26.1 
 
 		 1489 aa  283  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  26.42 
 
 		 1518 aa  281  4e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  25.68 
 
 		 1434 aa  281  8e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  25.75 
 
 		 1384 aa  280  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  27.02 
 
 		 1528 aa  278  7e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  26.72 
 
 		 1259 aa  277  1.0000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  26.18 
 
 		 1553 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.44 
 
 		 1528 aa  271  5.9999999999999995e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  24.9 
 
 		 1495 aa  270  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>