More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3460 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  93.73 
 
 		 287 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  92.68 
 
 		 287 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  92.33 
 
 		 287 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  83.8 
 
 		 286 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  75.17 
 
 		 286 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  75.87 
 
 		 286 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 289 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  41.22 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 295 aa  168  8e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 283 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 288 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 302 aa  142  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 274 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 289 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  32.22 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 311 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 311 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 311 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  36.03 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 298 aa  112  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 322 aa  108  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.08 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 314 aa  105  6e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 309 aa  105  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 327 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 327 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 337 aa  105  9e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  27.73 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  29.88 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  29.07 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  29.27 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  29.07 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0133  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273474  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>