More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3439 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3439  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 150 aa  308  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.408622 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4538  transcriptional activator for superoxide response; Fe-S center for redox-sensing (MerR family)  68.61 
 
 		 169 aa  202  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485722  normal  0.455986 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35170  putative redox-sensing activator of soxS  69.85 
 
 		 156 aa  201  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2967  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  69.12 
 
 		 156 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0340992  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  64.14 
 
 		 152 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2276  MerR family transcriptional regulator  66.42 
 
 		 184 aa  196  7.999999999999999e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101998  hitchhiker  0.00000024461 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2129  MerR family transcriptional regulator  63.01 
 
 		 150 aa  191  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.802398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1341  MerR family transcriptional regulator  66.43 
 
 		 148 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.446119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 161 aa  187  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4811  MerR family transcriptional regulator  65.96 
 
 		 144 aa  187  5.999999999999999e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.229804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1189  MerR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 156 aa  184  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  62.32 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  62.32 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.32 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.32 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.32 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2950  MerR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 161 aa  184  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  62.32 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.32 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  62.32 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  59.06 
 
 		 154 aa  183  6e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1922  MerR family transcriptional regulator  67.91 
 
 		 155 aa  182  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  58.39 
 
 		 152 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  58.39 
 
 		 152 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 152 aa  181  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  58.39 
 
 		 152 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  58.39 
 
 		 152 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  58.39 
 
 		 152 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  57.72 
 
 		 158 aa  180  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4277  MerR family transcriptional regulator  64.44 
 
 		 143 aa  179  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.637089  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4656  MerR family transcriptional regulator  64.44 
 
 		 143 aa  179  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.871775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4363  MerR family transcriptional regulator  64.44 
 
 		 143 aa  179  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0411786 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9086  putative transcriptional regulator, MerR family  64.44 
 
 		 162 aa  176  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0738  transcriptional regulator, MerR family  59.03 
 
 		 160 aa  174  3e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  57.66 
 
 		 149 aa  174  4e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2818  transcriptional regulator, MerR family  58.74 
 
 		 171 aa  173  8e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000370461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1099  transcriptional regulator, MerR family  61.48 
 
 		 151 aa  173  9e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.66 
 
 		 159 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  56.03 
 
 		 151 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  55.32 
 
 		 151 aa  167  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0408  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  59.12 
 
 		 153 aa  167  5e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.381542  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2489  putative transcriptional regulator, MerR family  58.39 
 
 		 162 aa  166  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00633728 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  56.03 
 
 		 150 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 151 aa  164  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  57.46 
 
 		 153 aa  164  5e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0926  transcriptional regulator, MerR family  57.78 
 
 		 144 aa  162  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.129238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3931  transcriptional regulator, MerR family  61.15 
 
 		 154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1565  transcriptional regulator, MerR family protein  54.74 
 
 		 146 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183057  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  55.88 
 
 		 163 aa  162  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1494  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  58.96 
 
 		 165 aa  158  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4471  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  54.29 
 
 		 145 aa  158  3e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00882257 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  54.41 
 
 		 152 aa  157  4e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1966  transcriptional regulator, MerR family  60.58 
 
 		 155 aa  157  6e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000297683  unclonable  0.0000000258793 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2806  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  52.9 
 
 		 158 aa  156  8e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.37472  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4984  MerR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 145 aa  155  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000669635 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1373  MerR family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 159 aa  155  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  52.55 
 
 		 145 aa  154  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  56.72 
 
 		 161 aa  154  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 173 aa  152  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3207  putative transcriptional regulator, MerR family  54.41 
 
 		 143 aa  152  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.789074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  52.24 
 
 		 155 aa  152  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02196  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  54.01 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  51.82 
 
 		 143 aa  152  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  53.97 
 
 		 148 aa  150  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0144  MerR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 158 aa  150  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4431  transcriptional regulator, MerR family  58.16 
 
 		 160 aa  149  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290243  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00260  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  47.22 
 
 		 169 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0250  transcriptional regulator, MerR family  55.56 
 
 		 154 aa  144  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3746  MerR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 151 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0157  MerR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 167 aa  144  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  47.14 
 
 		 148 aa  143  8.000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1612  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  50 
 
 		 156 aa  142  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01270  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  55.22 
 
 		 165 aa  141  3e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01780  transcriptional regulator, MerR family  48.23 
 
 		 158 aa  141  3e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.95899 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  49.64 
 
 		 166 aa  140  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  47.1 
 
 		 146 aa  140  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0954  MerR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 146 aa  139  9e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0450773  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2165  MerR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 156 aa  139  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0369388  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 158 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 159 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 163 aa  137  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3929  MerR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 159 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1995  MerR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 149 aa  137  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.414348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5536  MerR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 159 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3620  MerR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 159 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.065575  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 159 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1480  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  51.11 
 
 		 148 aa  134  6.0000000000000005e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00810919  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36770  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  51.09 
 
 		 167 aa  132  9.999999999999999e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.25815  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1287  MerR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 155 aa  130  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.422706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1582  MerR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 151 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 138 aa  70.5  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2534  transcriptional regulator, MerR family  30 
 
 		 136 aa  70.5  0.000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000567314  normal  0.0526863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 147 aa  65.5  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3280  MerR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  34.15 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  34.19 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 144 aa  61.6  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>