More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3311 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3311  short chain dehydrogenase  100 
 
 
268 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0701949  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2711  short chain dehydrogenase  94.03 
 
 
268 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3041  short chain dehydrogenase  93.66 
 
 
268 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.631041  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3021  short chain dehydrogenase  91.42 
 
 
268 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18610  short chain dehydrogenase  60.47 
 
 
263 aa  312  4.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.56588  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3352  short chain dehydrogenase  60.92 
 
 
262 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.589811  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.36 
 
 
268 aa  263  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0649  short chain dehydrogenase  53.46 
 
 
261 aa  248  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.32 
 
 
279 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.9964  normal  0.26291 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.74 
 
 
264 aa  211  7.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0137  short chain dehydrogenase  43.4 
 
 
265 aa  206  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.122699  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0292  short chain dehydrogenase  48.1 
 
 
260 aa  205  7e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003615  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  42.15 
 
 
264 aa  202  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0951  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 
268 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.333261  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2666  short chain dehydrogenase  45.56 
 
 
265 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.144956  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.74 
 
 
264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02329  short chain dehydrogenase  49.05 
 
 
238 aa  185  6e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0656015  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03395  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  38.55 
 
 
281 aa  178  7e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
250 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0883898  normal  0.373217 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2585  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
259 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
251 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
266 aa  122  6e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 
286 aa  119  7e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
266 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
281 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
282 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
282 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.97 
 
 
264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
290 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
279 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
269 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.33 
 
 
279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
273 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
286 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
279 aa  108  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
268 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
223 aa  107  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.209414  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
282 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  33.82 
 
 
274 aa  106  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
258 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.12307  hitchhiker  0.00977234 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
293 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
295 aa  105  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  31.14 
 
 
276 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0757  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  28.44 
 
 
282 aa  105  8e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0227485  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.27 
 
 
264 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.65 
 
 
264 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
274 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.27 
 
 
264 aa  103  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
244 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123251 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2093  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  31.36 
 
 
226 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.034658  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
292 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2488  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  31.36 
 
 
226 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000275641  hitchhiker  0.0000923684 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
272 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  26.61 
 
 
291 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.3 
 
 
274 aa  103  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.169711  normal  0.0760952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  29.5 
 
 
279 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
268 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.5 
 
 
262 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.207826 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  26.05 
 
 
264 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  25.81 
 
 
291 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.42 
 
 
248 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
535 aa  102  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.61705 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.9 
 
 
275 aa  102  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4322  short chain dehydrogenase  32.68 
 
 
269 aa  102  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  26.05 
 
 
264 aa  102  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  31.38 
 
 
285 aa  102  5e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09378  conserved hypothetical protein  31.36 
 
 
282 aa  102  6e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.141306 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.89 
 
 
264 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  26.89 
 
 
264 aa  102  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  26.89 
 
 
264 aa  102  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.89 
 
 
264 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
273 aa  102  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
290 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  27.62 
 
 
280 aa  102  9e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
290 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.507857  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  26.89 
 
 
264 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
240 aa  101  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300255  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  25.81 
 
 
291 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.52 
 
 
280 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.62 
 
 
281 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  30.86 
 
 
284 aa  101  1e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
272 aa  101  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.74 
 
 
256 aa  101  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.02 
 
 
245 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  25.81 
 
 
291 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
282 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
279 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
279 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
284 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0602  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
275 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.111601  normal  0.208822 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  31.03 
 
 
278 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0745  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  32.37 
 
 
245 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.451524  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.68 
 
 
339 aa  100  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.84 
 
 
272 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333155 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
248 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.97 
 
 
264 aa  100  3e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>