More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3164 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
297 aa  602  1e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  95.29 
 
 
297 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  95.29 
 
 
297 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  94.61 
 
 
297 aa  573  1e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  94.22 
 
 
297 aa  567  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  59.18 
 
 
305 aa  357  9e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 
298 aa  351  8e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
312 aa  349  4e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 
306 aa  337  2e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 
313 aa  333  3e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 
317 aa  331  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  52.04 
 
 
317 aa  330  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  52.04 
 
 
317 aa  330  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 
317 aa  330  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  52.04 
 
 
317 aa  330  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.30864e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 
317 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 
317 aa  328  9e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  52.4 
 
 
322 aa  326  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 
302 aa  322  5e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  53.77 
 
 
305 aa  322  6e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  53.42 
 
 
305 aa  320  2e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
316 aa  318  8e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
313 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 
307 aa  313  2e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 
302 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 
307 aa  310  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  51.71 
 
 
307 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  51.71 
 
 
307 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.16 
 
 
302 aa  304  1e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  48.15 
 
 
300 aa  301  8e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
304 aa  299  5e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
305 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
305 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
305 aa  297  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 
322 aa  296  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 
305 aa  288  7e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 
307 aa  283  2e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 
307 aa  280  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 
300 aa  275  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 
298 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
299 aa  260  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 
310 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 
298 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 
298 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 
298 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 
298 aa  244  1e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 
296 aa  241  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 
298 aa  241  9e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
295 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
295 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 
295 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
300 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 
295 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 
295 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
315 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
298 aa  191  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
300 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
301 aa  188  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  4.54001e-05 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
300 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
300 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 
300 aa  185  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 
302 aa  184  1e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.03 
 
 
304 aa  184  1e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
297 aa  184  2e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
300 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
298 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
298 aa  178  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
305 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  9.07778e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  38.46 
 
 
300 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
298 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
298 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
294 aa  177  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 
297 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
299 aa  175  8e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
300 aa  175  1e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
297 aa  174  2e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
299 aa  173  2e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
306 aa  174  2e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
293 aa  172  6e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
300 aa  172  8e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
298 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
298 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
294 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
300 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
298 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  35.31 
 
 
308 aa  167  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.27 
 
 
296 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 
299 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  34.48 
 
 
308 aa  166  6e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  34.48 
 
 
308 aa  166  6e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>