More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3155 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  78.95 
 
 		 327 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  78.95 
 
 		 314 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  75.99 
 
 		 322 aa  472  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  31.27 
 
 		 331 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  34.77 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 328 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 307 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  31.65 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.05 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.83 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 328 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 329 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.62 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 313 aa  112  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  29.22 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 312 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 306 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  27.49 
 
 		 289 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.99 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.19 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 329 aa  106  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 339 aa  103  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 307 aa  102  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  29.21 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  26.46 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 306 aa  99.4  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 293 aa  99.4  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 310 aa  99  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.64 
 
 		 334 aa  99  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 336 aa  99  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 345 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  26.03 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>