62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3051 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3051  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 
210 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153555  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03640  TRAP dicarboxylic acid transporter, small integral-membrane component, DctQ  66.19 
 
 
210 aa  276  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0145749  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68280  dicarboxylate transporter  65.55 
 
 
210 aa  272  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.408841  normal  0.10811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5907  dicarboxylate transporter  65.07 
 
 
210 aa  269  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52820  C4-dicarboxylate transporter  63.94 
 
 
212 aa  264  7e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.117665  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4296  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  62.98 
 
 
209 aa  262  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4629  C4-dicarboxylate transporter  62.02 
 
 
217 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206116  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.73 
 
 
186 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2909  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  25.88 
 
 
234 aa  92.8  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.18 
 
 
182 aa  92.4  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.43 
 
 
233 aa  92  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00307588  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.45 
 
 
214 aa  87.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.622021  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1427  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.89 
 
 
214 aa  87.8  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000465338  normal  0.728772 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2210  C4-dicarboxylate transporter, putative  25 
 
 
213 aa  87.4  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.45 
 
 
214 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0803937  normal  0.0447503 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.89 
 
 
214 aa  85.9  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1445  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.79 
 
 
212 aa  84.7  9e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.361291  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3135  C4-dicarboxylate transporter, putative  25.23 
 
 
219 aa  82  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1725  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.23 
 
 
210 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529876  normal  0.24696 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2950  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.31 
 
 
218 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0521342  normal  0.0653246 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1551  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.31 
 
 
218 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.202687  normal  0.417908 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.31 
 
 
218 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2825  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.31 
 
 
218 aa  79  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.192724  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  26.34 
 
 
224 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  25.44 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6042  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  29.1 
 
 
188 aa  65.9  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0220277  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0709  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  25.11 
 
 
207 aa  65.5  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0539  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  25.11 
 
 
207 aa  63.2  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.43 
 
 
195 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2114  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.09 
 
 
194 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305015  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3397  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.47 
 
 
234 aa  61.6  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2261  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.11 
 
 
194 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115661  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4121  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.84 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188449  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1482  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.05 
 
 
224 aa  60.5  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149014  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.83 
 
 
225 aa  60.5  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4174  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.05 
 
 
224 aa  60.5  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00728249  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3680  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.75 
 
 
192 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340738  normal  0.343344 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3677  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.15 
 
 
241 aa  59.7  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.07 
 
 
195 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2660  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.65 
 
 
219 aa  58.9  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5227  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.53 
 
 
195 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3233  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.82 
 
 
191 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471576  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1575  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.5 
 
 
222 aa  52  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2786  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.13 
 
 
222 aa  51.6  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.478705  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.23 
 
 
180 aa  50.8  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0918  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.27 
 
 
225 aa  50.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.103011  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1823  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.23 
 
 
224 aa  49.7  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000404138  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.17 
 
 
193 aa  49.7  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2992  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.74 
 
 
260 aa  49.3  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0958694  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2570  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.97 
 
 
227 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0911  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  25.97 
 
 
227 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202479  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.56 
 
 
161 aa  48.9  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3482  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.26 
 
 
219 aa  48.1  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0242  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.79 
 
 
213 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.704366  normal  0.42927 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.61 
 
 
186 aa  47.4  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.32 
 
 
176 aa  46.6  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1289  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.39 
 
 
187 aa  44.3  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.895715 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2559  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.53 
 
 
152 aa  44.7  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000186717  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  42.11 
 
 
192 aa  42.7  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0408  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.56 
 
 
175 aa  42.4  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3543  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.05 
 
 
165 aa  42.4  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.186116  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07670  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  26.27 
 
 
196 aa  42.4  0.006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>