More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3019 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  100 
 
 
220 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  94.52 
 
 
220 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  93.15 
 
 
220 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  93.15 
 
 
220 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  76.04 
 
 
220 aa  331  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.2 
 
 
219 aa  300  9e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  67.28 
 
 
219 aa  293  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1894  DNA-binding response regulator  68.64 
 
 
220 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3511  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  69.55 
 
 
220 aa  278  5e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  61.36 
 
 
227 aa  268  5e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  59.72 
 
 
218 aa  256  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.02 
 
 
220 aa  246  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  56.48 
 
 
220 aa  244  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.09 
 
 
219 aa  242  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  56.48 
 
 
219 aa  241  5e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  53.39 
 
 
232 aa  241  7e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 
219 aa  240  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.98 
 
 
279 aa  239  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  53.39 
 
 
223 aa  239  2e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.98 
 
 
244 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  58.8 
 
 
225 aa  238  4e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  58.33 
 
 
224 aa  237  8e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  58.33 
 
 
220 aa  237  9e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  56.02 
 
 
220 aa  237  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  56.22 
 
 
221 aa  235  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  57.41 
 
 
220 aa  234  7e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  57.41 
 
 
224 aa  234  8e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  52.65 
 
 
235 aa  234  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  54.84 
 
 
225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  54.84 
 
 
225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  56.22 
 
 
221 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  56.94 
 
 
220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  56.94 
 
 
220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  56.94 
 
 
220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  56.94 
 
 
220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  56.94 
 
 
220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  51.56 
 
 
246 aa  230  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 
221 aa  230  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 
220 aa  229  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  56.54 
 
 
283 aa  228  5e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  56.07 
 
 
241 aa  226  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  50.44 
 
 
242 aa  226  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  57.56 
 
 
210 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.39 
 
 
224 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  54.67 
 
 
220 aa  222  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 
220 aa  220  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.38 
 
 
219 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 
227 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  53.46 
 
 
228 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  51.39 
 
 
221 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2066  two component transcriptional regulator QseB  53.46 
 
 
223 aa  218  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  53.92 
 
 
220 aa  217  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 
235 aa  216  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  51.85 
 
 
223 aa  215  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 
227 aa  215  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
222 aa  215  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 
221 aa  214  9e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2624  two component transcriptional regulator  54.21 
 
 
239 aa  214  9e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 
220 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.07 
 
 
220 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  51.87 
 
 
227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  51.15 
 
 
227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  50.23 
 
 
224 aa  212  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  47.47 
 
 
220 aa  212  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  48.85 
 
 
218 aa  211  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.85 
 
 
218 aa  211  4.9999999999999996e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  51.15 
 
 
221 aa  211  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 
224 aa  211  7.999999999999999e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3964  two component transcriptional regulator  55.09 
 
 
219 aa  211  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 
227 aa  209  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3965  two component transcriptional regulator  53.74 
 
 
220 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702893  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.66 
 
 
223 aa  208  6e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 
220 aa  208  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3293  two component transcriptional regulator  43.06 
 
 
221 aa  207  9e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3990  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 
220 aa  206  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.300119  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2754  two-component system response regulator  51.39 
 
 
225 aa  206  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.864218  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.15 
 
 
227 aa  206  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  51.38 
 
 
220 aa  205  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  51.38 
 
 
220 aa  205  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  51.38 
 
 
220 aa  205  3e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  51.85 
 
 
255 aa  205  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1337  two component transcriptional regulator  51.4 
 
 
249 aa  204  9e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257065  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
221 aa  204  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  47.93 
 
 
220 aa  203  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  51.39 
 
 
220 aa  203  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5521  two component response regulator  47.93 
 
 
218 aa  203  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  51.39 
 
 
220 aa  203  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0286  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 
227 aa  202  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  47.22 
 
 
222 aa  202  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  51.39 
 
 
220 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  51.39 
 
 
220 aa  201  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  51.39 
 
 
220 aa  201  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  51.39 
 
 
220 aa  201  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  51.39 
 
 
220 aa  201  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  51.39 
 
 
220 aa  201  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.53 
 
 
219 aa  201  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 
233 aa  201  6e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  51.39 
 
 
220 aa  201  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  46.79 
 
 
221 aa  201  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  46.79 
 
 
221 aa  201  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>