More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2988 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2988  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 313 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000213748  normal  0.0196481 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3255  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 		 297 aa  266  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2444  extracellular solute-binding protein  42.34 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0447301  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6446  amino acid permease-associated region  33.33 
 
 		 750 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.396159 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5193  extracellular solute-binding protein  32.83 
 
 		 313 aa  148  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.441941 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4035  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.876944  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0973  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.46 
 
 		 303 aa  92.8  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00938185  normal  0.751269 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4074  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 		 314 aa  89.4  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4583  glutamate/aspartate ABC transporter periplasmic solute-binding protein  25.48 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.8955  decreased coverage  0.00199709 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0608  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3983  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3314  extracellular solute-binding protein family 3  25.19 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0587  extracellular solute-binding protein family 3  23.64 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  22.85 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3638  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3315  extracellular solute-binding protein family 3  23.05 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4420  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  23.58 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1123  extracellular solute-binding protein  21.71 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00011354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4222  extracellular solute-binding protein  21.51 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453219 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5946  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1172  extracellular solute-binding protein family 3  26.83 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2540  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438877 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5607  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5971  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.480702  normal  0.0122202 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6471  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264761  normal  0.0842287 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0897  extracellular solute-binding protein family 3  24.05 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.529927  normal  0.529014 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  21.72 
 
 		 273 aa  72  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0826  extracellular solute-binding protein family 3  23.28 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.296945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  21.43 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6249  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  21.6 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  22.81 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2255  extracellular solute-binding protein  22.93 
 
 		 307 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.947738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  23.26 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  31.79 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05478  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  22.52 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.207429 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  26.43 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  26.43 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  22.01 
 
 		 302 aa  67  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  20.91 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.57 
 
 		 308 aa  67  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  23.81 
 
 		 303 aa  67  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  25.33 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  18.99 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  23.76 
 
 		 272 aa  66.2  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  21.95 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4351  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  21.71 
 
 		 359 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  21.71 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  21.71 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  21.71 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  21.71 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  21.71 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  21.71 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  20.56 
 
 		 298 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.21 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2829  extracellular solute-binding protein family 3  23.27 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.0146067 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  27.38 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  21.32 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  19.69 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  21.91 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  27.01 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  21.07 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  22.09 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  23.27 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  20.74 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  27.08 
 
 		 302 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  19.37 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  23.83 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  21.33 
 
 		 303 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  30.46 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  22.44 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  26.51 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  27.08 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  21.72 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  21.2 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15430  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  24.19 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0169266  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1043  extracellular solute-binding protein family 3  22.08 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1306  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  20.73 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.834436  normal  0.456996 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  21.37 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.84 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5423  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.90503 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.5 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>