More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2681 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  100 
 
 
574 aa  1182    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2670  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  79.09 
 
 
574 aa  950    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.142476  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3180  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  73.14 
 
 
346 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2536  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  73.14 
 
 
346 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.49 
 
 
290 aa  381  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.238888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  64.44 
 
 
292 aa  380  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.01 
 
 
293 aa  183  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.75 
 
 
292 aa  180  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.45 
 
 
295 aa  179  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1274  Smp-30/Cgr1 family protein  67.2 
 
 
126 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  32.86 
 
 
546 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  36.24 
 
 
296 aa  172  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  36.36 
 
 
291 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.82 
 
 
281 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  35.71 
 
 
308 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.94 
 
 
569 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2099  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.79 
 
 
291 aa  162  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83958 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 
300 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
301 aa  159  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  33.45 
 
 
288 aa  158  2e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.78 
 
 
296 aa  158  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  33.09 
 
 
288 aa  158  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.14 
 
 
309 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  32.41 
 
 
291 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  35.89 
 
 
315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.29 
 
 
299 aa  154  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.89 
 
 
291 aa  154  5.9999999999999996e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  33.45 
 
 
289 aa  153  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
304 aa  153  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  32.66 
 
 
294 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.22 
 
 
303 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  34.59 
 
 
309 aa  152  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.22 
 
 
309 aa  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
326 aa  151  4e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  31.91 
 
 
290 aa  150  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.33 
 
 
300 aa  150  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
305 aa  150  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
306 aa  150  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  33.1 
 
 
294 aa  150  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.36 
 
 
300 aa  150  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.85 
 
 
289 aa  150  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  30.07 
 
 
300 aa  150  9e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  30.1 
 
 
300 aa  150  9e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
305 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
302 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.83 
 
 
293 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
710 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  28.82 
 
 
300 aa  148  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  34.02 
 
 
300 aa  148  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  31.01 
 
 
300 aa  148  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  29.72 
 
 
303 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.87 
 
 
292 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  35.38 
 
 
305 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  33.22 
 
 
291 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.1 
 
 
294 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  32.3 
 
 
293 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
913 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
305 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.22 
 
 
300 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3209  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.17 
 
 
301 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0193044 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1625  senescence marker protein-30 family protein  35.13 
 
 
310 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.32 
 
 
312 aa  145  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.8 
 
 
293 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.32 
 
 
287 aa  144  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  30.1 
 
 
300 aa  144  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
304 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.1 
 
 
289 aa  143  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  34.02 
 
 
300 aa  143  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.02 
 
 
300 aa  143  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  30.9 
 
 
291 aa  143  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
306 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3342  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.28 
 
 
294 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.88627  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4918  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.05 
 
 
299 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117058  normal  0.866361 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  33.72 
 
 
296 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3078  gluconolactonase  32.4 
 
 
290 aa  142  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.118457  normal  0.0313509 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 
287 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.57 
 
 
302 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.64 
 
 
302 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.57 
 
 
302 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  33.22 
 
 
312 aa  141  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.64 
 
 
302 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
303 aa  141  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  33.92 
 
 
304 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  31.12 
 
 
903 aa  141  3.9999999999999997e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.47 
 
 
302 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  32 
 
 
306 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 
288 aa  140  6e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 
303 aa  140  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 
303 aa  140  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  33.07 
 
 
303 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.74 
 
 
301 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  33.07 
 
 
303 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.74 
 
 
301 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.85 
 
 
300 aa  140  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.85 
 
 
300 aa  140  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.25 
 
 
296 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  30 
 
 
286 aa  139  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
303 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  32.61 
 
 
292 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1058  senescence marker protein-30 family protein  34.56 
 
 
311 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>