More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2438 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  79.36 
 
 
528 aa  848    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  81.44 
 
 
528 aa  846    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
528 aa  1078    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  79.92 
 
 
528 aa  853    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  55.91 
 
 
511 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  53.83 
 
 
523 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  54.93 
 
 
521 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  52.43 
 
 
520 aa  484  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  37.83 
 
 
506 aa  332  7.000000000000001e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  36.42 
 
 
501 aa  325  1e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  36.38 
 
 
500 aa  316  6e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  33.14 
 
 
507 aa  273  6e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  33.14 
 
 
507 aa  273  6e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.14 
 
 
521 aa  273  8.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  33.14 
 
 
521 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.94 
 
 
521 aa  271  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  32.94 
 
 
521 aa  270  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  31.29 
 
 
512 aa  269  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.67 
 
 
486 aa  259  9e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  31.61 
 
 
528 aa  228  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  34.44 
 
 
532 aa  228  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  31.25 
 
 
526 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.24 
 
 
533 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.03 
 
 
533 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.03 
 
 
533 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  32.62 
 
 
538 aa  219  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.88 
 
 
474 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  44.88 
 
 
362 aa  216  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  44.49 
 
 
362 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  44.49 
 
 
362 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  44.49 
 
 
362 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.75 
 
 
460 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  44.49 
 
 
362 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  44.49 
 
 
362 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  44.49 
 
 
362 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  44.49 
 
 
362 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  32.84 
 
 
532 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  32.84 
 
 
532 aa  211  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  32.84 
 
 
532 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.84 
 
 
532 aa  211  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.26 
 
 
532 aa  211  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  30.49 
 
 
515 aa  209  8e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.49 
 
 
532 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  29.55 
 
 
535 aa  207  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  31.82 
 
 
519 aa  204  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  32.14 
 
 
588 aa  203  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  28.83 
 
 
518 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  28.83 
 
 
518 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  30.29 
 
 
514 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  28.83 
 
 
518 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  28.83 
 
 
518 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  28.83 
 
 
518 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  28.83 
 
 
518 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  28.63 
 
 
497 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  28.83 
 
 
518 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  31.25 
 
 
534 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  31.25 
 
 
534 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  28.07 
 
 
534 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  30.85 
 
 
534 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  28.63 
 
 
518 aa  197  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 
506 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  30 
 
 
518 aa  197  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  29.54 
 
 
506 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 
506 aa  196  9e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  28.17 
 
 
506 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  29.29 
 
 
526 aa  194  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  29.29 
 
 
526 aa  194  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  29.26 
 
 
518 aa  190  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  29.26 
 
 
518 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  29.26 
 
 
518 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  29.26 
 
 
518 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  29.17 
 
 
518 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  40.47 
 
 
516 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  40.08 
 
 
516 aa  186  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  40.08 
 
 
516 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.69 
 
 
516 aa  183  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.69 
 
 
516 aa  183  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  39.34 
 
 
1346 aa  178  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.43 
 
 
1006 aa  177  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0447  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.14 
 
 
549 aa  176  6e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.8 
 
 
1276 aa  177  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.61 
 
 
1497 aa  176  8e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  40.32 
 
 
1491 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.61 
 
 
1497 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.996532 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39 
 
 
1497 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.15 
 
 
926 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.233383  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.61 
 
 
1490 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982948  hitchhiker  0.0000000550616 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  28.91 
 
 
522 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0505  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.32 
 
 
952 aa  173  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.08 
 
 
504 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.36 
 
 
730 aa  173  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  40.98 
 
 
1276 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4265  PAS:GGDEF  40.5 
 
 
1278 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.31 
 
 
1499 aa  172  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.73 
 
 
790 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.98 
 
 
1276 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.98 
 
 
1276 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.85 
 
 
755 aa  171  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1976  PAS:GGDEF  36.96 
 
 
963 aa  171  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  38.96 
 
 
689 aa  171  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>