More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2173 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  68.07 
 
 		 763 aa  987    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 745 aa  1500    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  71.93 
 
 		 776 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  35.49 
 
 		 775 aa  441  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  35.7 
 
 		 775 aa  441  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  38.77 
 
 		 733 aa  433  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  34.98 
 
 		 681 aa  339  9e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  31.91 
 
 		 819 aa  326  8.000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  34.22 
 
 		 720 aa  319  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 829 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  32.32 
 
 		 780 aa  303  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  32.31 
 
 		 773 aa  295  3e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  32.53 
 
 		 767 aa  288  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  31.85 
 
 		 751 aa  288  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  30.75 
 
 		 774 aa  282  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  40.16 
 
 		 766 aa  270  5e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  28.8 
 
 		 801 aa  269  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  28.51 
 
 		 803 aa  266  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  29.24 
 
 		 756 aa  233  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  27.09 
 
 		 772 aa  225  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  27.38 
 
 		 686 aa  223  8e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  36.74 
 
 		 751 aa  195  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  37.94 
 
 		 833 aa  188  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  25.6 
 
 		 799 aa  187  4e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  28.47 
 
 		 752 aa  185  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  26.76 
 
 		 783 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  27.01 
 
 		 803 aa  174  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  27.5 
 
 		 783 aa  174  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  26.18 
 
 		 696 aa  172  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  25.58 
 
 		 738 aa  171  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  26.79 
 
 		 807 aa  170  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  26.2 
 
 		 787 aa  169  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  34.64 
 
 		 794 aa  168  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  36.21 
 
 		 784 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  25.74 
 
 		 747 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  34.04 
 
 		 797 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  36.21 
 
 		 779 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  25.79 
 
 		 805 aa  165  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  25.44 
 
 		 757 aa  165  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  25.44 
 
 		 757 aa  165  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  25.44 
 
 		 757 aa  165  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  25.44 
 
 		 757 aa  165  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  24.7 
 
 		 736 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  24.96 
 
 		 757 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  24.96 
 
 		 750 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  24.96 
 
 		 757 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  25.86 
 
 		 793 aa  164  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  28.74 
 
 		 803 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  25.11 
 
 		 753 aa  161  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  25.62 
 
 		 740 aa  160  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  27.22 
 
 		 803 aa  160  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  25.26 
 
 		 703 aa  159  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  24.49 
 
 		 717 aa  157  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  24.71 
 
 		 804 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  32.36 
 
 		 635 aa  154  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  24.57 
 
 		 787 aa  154  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  26.25 
 
 		 728 aa  154  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  24.85 
 
 		 744 aa  152  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  25 
 
 		 711 aa  152  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  33.96 
 
 		 793 aa  151  5e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  23.86 
 
 		 789 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2639  type II and III secretion system protein  26.14 
 
 		 733 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0449107  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  24.56 
 
 		 655 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.2 
 
 		 641 aa  146  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  24.46 
 
 		 675 aa  145  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  25.6 
 
 		 696 aa  146  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  25.34 
 
 		 662 aa  144  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  34.8 
 
 		 915 aa  143  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  23.84 
 
 		 781 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  24.21 
 
 		 781 aa  142  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  24.92 
 
 		 750 aa  141  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  31.48 
 
 		 630 aa  140  7e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  31.12 
 
 		 944 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  32.28 
 
 		 946 aa  139  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  31.34 
 
 		 891 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  28.36 
 
 		 805 aa  137  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  32.5 
 
 		 926 aa  137  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  23.24 
 
 		 686 aa  135  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  31.23 
 
 		 670 aa  135  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  23.24 
 
 		 686 aa  135  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  23.24 
 
 		 686 aa  134  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  23.24 
 
 		 686 aa  134  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  23.24 
 
 		 686 aa  134  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  31.86 
 
 		 660 aa  134  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  25.36 
 
 		 682 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  30.54 
 
 		 668 aa  133  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  25.88 
 
 		 672 aa  133  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  25.19 
 
 		 655 aa  133  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 		 640 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  23.5 
 
 		 697 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 		 640 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 		 640 aa  133  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  32.99 
 
 		 714 aa  132  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  24.96 
 
 		 654 aa  130  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  24.44 
 
 		 650 aa  130  8.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  32.75 
 
 		 894 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  32.87 
 
 		 706 aa  130  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  23.93 
 
 		 791 aa  130  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  24.96 
 
 		 654 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  30.09 
 
 		 710 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>