109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2149 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 271 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  88.19 
 
 		 271 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  87.45 
 
 		 271 aa  477  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  87.45 
 
 		 271 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  76.58 
 
 		 271 aa  408  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  73.23 
 
 		 271 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  65.06 
 
 		 271 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  51.7 
 
 		 278 aa  258  7e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  46.47 
 
 		 273 aa  241  1e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  47.5 
 
 		 270 aa  222  6e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  48.59 
 
 		 287 aa  212  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  43.66 
 
 		 277 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  43.54 
 
 		 275 aa  196  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  41.67 
 
 		 276 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  36.6 
 
 		 285 aa  168  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  36.26 
 
 		 263 aa  155  9e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.72 
 
 		 269 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  38.26 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  37.19 
 
 		 268 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.62 
 
 		 266 aa  142  7e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.9 
 
 		 274 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  40.08 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  35.18 
 
 		 278 aa  128  9.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  32.97 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.12 
 
 		 280 aa  125  8.000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  35.85 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  35.68 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  34.35 
 
 		 270 aa  99.8  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  34.96 
 
 		 279 aa  98.6  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  28.85 
 
 		 299 aa  93.2  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  29.58 
 
 		 277 aa  91.3  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  36.63 
 
 		 283 aa  85.9  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  29.8 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  27.56 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.6 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.73 
 
 		 628 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.73 
 
 		 628 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 635 aa  67.4  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 624 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  28.51 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  28.93 
 
 		 626 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  28.74 
 
 		 297 aa  62  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  33.13 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.97 
 
 		 638 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  29.35 
 
 		 687 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  40.32 
 
 		 280 aa  58.9  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.74 
 
 		 632 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  32.26 
 
 		 634 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  26.42 
 
 		 629 aa  57  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.63 
 
 		 635 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.63 
 
 		 635 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.67 
 
 		 627 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.32 
 
 		 615 aa  56.6  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.63 
 
 		 635 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.3 
 
 		 630 aa  55.8  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.81 
 
 		 313 aa  55.1  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.17 
 
 		 631 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  32.28 
 
 		 477 aa  54.3  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  32.26 
 
 		 634 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.57 
 
 		 631 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 		 298 aa  53.5  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 		 270 aa  52.8  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.97 
 
 		 635 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.08 
 
 		 684 aa  52.8  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.08 
 
 		 684 aa  52.8  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.08 
 
 		 684 aa  52.8  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.08 
 
 		 687 aa  52.4  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  29.08 
 
 		 684 aa  52.8  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  29.08 
 
 		 684 aa  52.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.37 
 
 		 633 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  29.08 
 
 		 684 aa  52.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.75 
 
 		 633 aa  52.4  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  27.46 
 
 		 272 aa  52  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.57 
 
 		 623 aa  51.6  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  29.69 
 
 		 635 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.6 
 
 		 645 aa  50.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.45 
 
 		 628 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.03 
 
 		 632 aa  50.8  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.06 
 
 		 630 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  27.88 
 
 		 617 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.09 
 
 		 287 aa  50.8  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  28.99 
 
 		 629 aa  49.7  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.03 
 
 		 637 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  26.19 
 
 		 274 aa  49.3  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 257 aa  49.3  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 		 627 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.03 
 
 		 635 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  27.03 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  27.03 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  29.21 
 
 		 295 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  27.03 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  29.21 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.26 
 
 		 596 aa  47.4  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.49 
 
 		 630 aa  47  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.17 
 
 		 280 aa  47  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.23 
 
 		 604 aa  47  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.1 
 
 		 627 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.68 
 
 		 305 aa  47  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.68 
 
 		 630 aa  46.2  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>