224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2005 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2005  outer membrane porin  100 
 
 		 447 aa  927    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4237  outer membrane porin  39.51 
 
 		 471 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0537439  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4560  outer membrane porin, OprD family  39.41 
 
 		 459 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  40.55 
 
 		 484 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  40.09 
 
 		 478 aa  322  7e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4295  outer membrane porin  38.06 
 
 		 459 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0341226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  36.47 
 
 		 459 aa  292  9e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0922  outer membrane porin  36.7 
 
 		 459 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.535028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0926  outer membrane porin  36.16 
 
 		 459 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0814  outer membrane porin  34.82 
 
 		 471 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00657196  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  32.82 
 
 		 441 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4433  outer membrane porin  31.29 
 
 		 529 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.326641 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0752  outer membrane porin for cationic amino acids and peptides  30.85 
 
 		 499 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5408  outer membrane porin  30.99 
 
 		 490 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  30.51 
 
 		 441 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0120  outer membrane porin  30.99 
 
 		 474 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00350083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4861  outer membrane porin  30.73 
 
 		 478 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.054091  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0356  OprD family outer membrane porin  33.16 
 
 		 480 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3014  OprD family outer membrane porin  33.16 
 
 		 527 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0532717  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2898  OprD family outer membrane porin  33.16 
 
 		 527 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.907391  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0390  OprD family outer membrane porin  33.16 
 
 		 527 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1248  OprD family outer membrane porin  33.16 
 
 		 486 aa  196  9e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5323  outer membrane porin  30.83 
 
 		 478 aa  196  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5537  outer membrane porin  30.83 
 
 		 478 aa  196  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00176042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1539  OprD family outer membrane porin  33.16 
 
 		 486 aa  196  9e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.993831  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1729  OprD family outer membrane porin  33.16 
 
 		 486 aa  196  9e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2214  OprD family outer membrane porin  33.16 
 
 		 501 aa  196  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.456443  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4735  outer membrane porin  30.83 
 
 		 478 aa  196  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3268  outer membrane porin  30.83 
 
 		 479 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0188847  normal  0.0282979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  33.33 
 
 		 446 aa  193  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  33.64 
 
 		 440 aa  192  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  30.07 
 
 		 441 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  29.44 
 
 		 447 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  29.44 
 
 		 447 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  29.44 
 
 		 447 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  29.44 
 
 		 447 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4500  outer membrane porin  33.08 
 
 		 505 aa  189  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.697186  normal  0.197989 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  31.97 
 
 		 448 aa  187  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  32.41 
 
 		 441 aa  186  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  32.56 
 
 		 441 aa  186  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  31.66 
 
 		 446 aa  184  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  31.87 
 
 		 443 aa  183  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  32.72 
 
 		 447 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  31.94 
 
 		 438 aa  179  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  31.47 
 
 		 452 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  30.46 
 
 		 448 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  30.07 
 
 		 447 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  28.92 
 
 		 447 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  30.59 
 
 		 444 aa  170  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  30.16 
 
 		 416 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  30.47 
 
 		 449 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  30.39 
 
 		 416 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  28.92 
 
 		 447 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  29.93 
 
 		 416 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  30.97 
 
 		 445 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  29.72 
 
 		 479 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  30.15 
 
 		 444 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  30.87 
 
 		 444 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  29.84 
 
 		 444 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  31 
 
 		 452 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  30.11 
 
 		 444 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  30.33 
 
 		 444 aa  163  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  29.02 
 
 		 416 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  30.96 
 
 		 445 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  31.14 
 
 		 452 aa  159  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  32.98 
 
 		 468 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  31.96 
 
 		 455 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  30.61 
 
 		 444 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  30.04 
 
 		 467 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  30.51 
 
 		 448 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  30.82 
 
 		 454 aa  157  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  27.29 
 
 		 423 aa  157  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  28.98 
 
 		 428 aa  156  6e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  29.77 
 
 		 431 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  27.59 
 
 		 431 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  28.48 
 
 		 435 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  28.28 
 
 		 422 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  29.17 
 
 		 472 aa  147  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  27.96 
 
 		 418 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  28.89 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  29.13 
 
 		 422 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  28.67 
 
 		 418 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  27.01 
 
 		 413 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  28.2 
 
 		 427 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  27.59 
 
 		 435 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  31.38 
 
 		 420 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  27.44 
 
 		 430 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  26.67 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  27.17 
 
 		 405 aa  142  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  28.03 
 
 		 417 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  28.44 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  28.5 
 
 		 417 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  28.29 
 
 		 417 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  27.44 
 
 		 430 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  27.17 
 
 		 428 aa  142  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  28.93 
 
 		 421 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  28.44 
 
 		 416 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  26.41 
 
 		 422 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  27.19 
 
 		 422 aa  139  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  28.19 
 
 		 418 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>