More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1968 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
183 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  99.45 
 
 
183 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  99.45 
 
 
183 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  99.44 
 
 
177 aa  357  7e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  89.83 
 
 
177 aa  315  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  89.83 
 
 
177 aa  315  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  89.83 
 
 
177 aa  315  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.18732e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  89.27 
 
 
177 aa  314  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  88.7 
 
 
177 aa  313  1e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  2.59634e-09 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  87.57 
 
 
177 aa  311  4e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  88.7 
 
 
177 aa  308  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  67.63 
 
 
178 aa  239  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  67.63 
 
 
178 aa  239  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2596  translation initiation factor IF-3  71.19 
 
 
177 aa  236  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  8.80416e-09  hitchhiker  0.000575086 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
173 aa  225  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1578  translation initiation factor IF-3  72.57 
 
 
182 aa  225  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  59.89 
 
 
182 aa  225  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  66.11 
 
 
180 aa  223  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  68.39 
 
 
155 aa  222  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 
178 aa  222  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
169 aa  223  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
180 aa  221  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  63.03 
 
 
173 aa  221  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  65.56 
 
 
180 aa  219  2e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  65.56 
 
 
180 aa  219  2e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  63.1 
 
 
190 aa  217  8e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1141  initiation factor 3  73.68 
 
 
152 aa  216  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.16617e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  64.74 
 
 
156 aa  216  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
172 aa  215  3e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
166 aa  214  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  4.66118e-05  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  64.1 
 
 
156 aa  214  8e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  64.1 
 
 
156 aa  214  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  64.1 
 
 
156 aa  214  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  64.1 
 
 
156 aa  214  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  64.1 
 
 
156 aa  214  8e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  64.1 
 
 
156 aa  214  8e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  64.1 
 
 
156 aa  213  1e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  64.1 
 
 
156 aa  213  1e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  64.78 
 
 
177 aa  212  2e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1713  translation initiation factor IF-3  64.48 
 
 
183 aa  212  3e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.56147e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  63.76 
 
 
153 aa  212  3e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  62.58 
 
 
184 aa  211  4e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  63.52 
 
 
174 aa  211  4e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  62.18 
 
 
156 aa  211  5e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  62.2 
 
 
163 aa  211  5e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  62.18 
 
 
156 aa  211  5e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  63.89 
 
 
180 aa  211  5e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  63.89 
 
 
180 aa  211  5e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  63.89 
 
 
180 aa  211  5e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.76935e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  64.94 
 
 
154 aa  210  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  62.82 
 
 
156 aa  210  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  59.68 
 
 
185 aa  210  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2185  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
180 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.80897e-05  normal  0.0386823 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  62.82 
 
 
156 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  62.82 
 
 
156 aa  210  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  62.82 
 
 
156 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  62.82 
 
 
156 aa  210  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  62.82 
 
 
156 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2221  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
180 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03984e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
169 aa  209  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  62.18 
 
 
156 aa  207  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  60.37 
 
 
194 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  60.9 
 
 
156 aa  206  1e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  62.58 
 
 
159 aa  207  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  60.37 
 
 
194 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  61.64 
 
 
179 aa  205  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 
202 aa  206  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  56.59 
 
 
194 aa  204  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  59.39 
 
 
171 aa  204  8e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  65.32 
 
 
180 aa  202  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.96048e-05  hitchhiker  8.35818e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2031  translation initiation factor IF-3  67.44 
 
 
173 aa  202  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250222  hitchhiker  2.45728e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2262  translation initiation factor IF-3  69.23 
 
 
158 aa  202  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.57605e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  59.75 
 
 
173 aa  201  5e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 
180 aa  200  7e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1766  translation initiation factor IF-3  70.47 
 
 
150 aa  198  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.29466e-06  normal  0.021725 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0877  translation initiation factor IF-3  67.72 
 
 
159 aa  197  5e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000348215  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2099  translation initiation factor 3  61.21 
 
 
167 aa  197  6e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  9.73621e-12  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2418  translation initiation factor IF-3  61.21 
 
 
167 aa  197  6e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  1.03709e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  53.07 
 
 
204 aa  195  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2399  translation initiation factor 3  60.61 
 
 
205 aa  195  4e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  56.52 
 
 
178 aa  194  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4615  translation initiation factor IF-3  59.39 
 
 
205 aa  194  8e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.550189  hitchhiker  0.00733617 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2137  translation initiation factor IF-3  58.18 
 
 
167 aa  193  1e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.94801e-10  hitchhiker  0.00234339 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  57.79 
 
 
181 aa  192  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  55.09 
 
 
207 aa  192  3e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.88671e-05  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1449  translation initiation factor IF-3  61.64 
 
 
178 aa  191  5e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 
173 aa  191  6e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  51.08 
 
 
219 aa  190  8e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  2.73336e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1337  translation initiation factor IF-3  59.75 
 
 
171 aa  189  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  52.33 
 
 
173 aa  189  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  64.38 
 
 
146 aa  188  3e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  50.88 
 
 
172 aa  188  4e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  58.39 
 
 
192 aa  187  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
174 aa  187  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
238 aa  187  6e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2017  translation initiation factor IF-3  70.63 
 
 
143 aa  187  6e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  5.20064e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2149  translation initiation factor IF-3  71.33 
 
 
143 aa  187  6e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.05623e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2329  translation initiation factor IF-3  71.33 
 
 
143 aa  187  6e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000168758  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1759  translation initiation factor IF-3  59.56 
 
 
183 aa  187  8e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00206313  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2098  translation initiation factor IF-3  59.31 
 
 
147 aa  187  9e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>