More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1660 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
235 aa  477  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  97.45 
 
 
235 aa  445  1e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  97.45 
 
 
235 aa  444  1e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  95.32 
 
 
235 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  92.67 
 
 
238 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  91.45 
 
 
235 aa  421  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  91.38 
 
 
238 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  84.72 
 
 
233 aa  404  1e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  85.9 
 
 
235 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  84.21 
 
 
233 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  69.16 
 
 
239 aa  306  2e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  57.55 
 
 
225 aa  240  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  54.3 
 
 
219 aa  231  5e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  49.27 
 
 
212 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
212 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  48.78 
 
 
212 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
212 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  49.27 
 
 
213 aa  201  6e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
212 aa  201  1e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
212 aa  201  1e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
212 aa  201  1e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  48.78 
 
 
227 aa  201  1e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
239 aa  200  2e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  47.8 
 
 
213 aa  197  1e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  49.51 
 
 
228 aa  196  2e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 
211 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  49.51 
 
 
212 aa  196  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  47.32 
 
 
214 aa  195  6e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  9.3152e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
210 aa  192  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  48.04 
 
 
211 aa  191  9e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
215 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  42.57 
 
 
207 aa  168  7e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
224 aa  165  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
215 aa  165  6e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  40.29 
 
 
208 aa  159  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  38.35 
 
 
214 aa  155  5e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
229 aa  140  2e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
238 aa  132  4e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  37.09 
 
 
210 aa  126  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  37.09 
 
 
210 aa  126  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  40.12 
 
 
222 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
234 aa  119  4e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 
227 aa  119  5e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
318 aa  116  2e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
318 aa  116  2e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
318 aa  116  2e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
318 aa  116  2e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
317 aa  116  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
316 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
316 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
316 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
272 aa  114  1e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
295 aa  114  1e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
273 aa  114  1e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
272 aa  113  2e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  41.28 
 
 
290 aa  113  2e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
273 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
273 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
276 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
273 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  34.93 
 
 
340 aa  111  8e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  34.95 
 
 
288 aa  111  1e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  39.31 
 
 
354 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  38.71 
 
 
205 aa  108  8e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  39.31 
 
 
352 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
313 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
335 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
220 aa  95.9  5e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 
209 aa  94.7  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  3.22137e-05 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 
216 aa  90.5  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 
207 aa  89  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
227 aa  89  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
242 aa  80.9  2e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
237 aa  80.1  3e-14  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
227 aa  79  5e-14  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4603  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 
240 aa  79  7e-14  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
223 aa  77.8  1e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
218 aa  77.4  2e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 
220 aa  74.7  1e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
291 aa  73.6  3e-12  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
221 aa  69.3  5e-11  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 
276 aa  69.3  5e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  28.96 
 
 
221 aa  69.3  5e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
254 aa  68.6  9e-11  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
224 aa  68.2  1e-10  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4015  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
239 aa  67.8  1e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 
242 aa  66.6  3e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  57.41 
 
 
235 aa  66.6  3e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  56.9 
 
 
216 aa  64.7  1e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 
231 aa  65.1  1e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2515  transcriptional regulator, TetR family  41.57 
 
 
234 aa  63.5  3e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00143422  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.05 
 
 
211 aa  62.8  4e-09  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.05 
 
 
211 aa  62.8  4e-09  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.05 
 
 
211 aa  62.8  4e-09  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.05 
 
 
211 aa  62.8  4e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.05 
 
 
211 aa  62.8  4e-09  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
211 aa  62.8  4e-09  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  42.05 
 
 
211 aa  62.8  4e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  42.39 
 
 
213 aa  62.8  4e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
211 aa  62.8  5e-09  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>