More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1510 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1510  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
144 aa  291  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.43562  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1899  biopolymer transport protein ExbD/TolR  92.36 
 
 
144 aa  235  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000511207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  92.36 
 
 
144 aa  234  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0605408  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3815  biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.67 
 
 
144 aa  232  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0446813  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.82 
 
 
143 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  73.38 
 
 
143 aa  214  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.47 
 
 
142 aa  206  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.63 
 
 
142 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  71.22 
 
 
142 aa  193  8.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  61.48 
 
 
146 aa  163  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  61.48 
 
 
146 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.65 
 
 
141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.43 
 
 
140 aa  126  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.7 
 
 
140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  45.59 
 
 
143 aa  105  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.58 
 
 
142 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  37.76 
 
 
154 aa  102  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.56 
 
 
143 aa  101  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
140 aa  102  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.18 
 
 
137 aa  101  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
145 aa  101  4e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  37.5 
 
 
145 aa  101  4e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.29 
 
 
143 aa  100  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  41.3 
 
 
143 aa  99.8  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.94 
 
 
141 aa  99.4  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 
142 aa  98.2  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.89 
 
 
141 aa  97.4  5e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.65 
 
 
140 aa  95.5  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
140 aa  95.5  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
138 aa  90.9  6e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.76 
 
 
140 aa  90.5  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
137 aa  85.9  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 
141 aa  85.9  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 
141 aa  85.9  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.43 
 
 
144 aa  84  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.88 
 
 
147 aa  83.2  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
141 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.14 
 
 
142 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
144 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  38.03 
 
 
147 aa  81.6  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.5 
 
 
158 aa  80.9  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.57 
 
 
141 aa  80.9  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.51 
 
 
141 aa  80.9  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.92 
 
 
141 aa  80.5  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  30.15 
 
 
138 aa  80.1  0.000000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
134 aa  80.1  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  34.59 
 
 
134 aa  80.1  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.83 
 
 
149 aa  79.7  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
143 aa  79  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.8 
 
 
142 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.82 
 
 
132 aa  75.9  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.61 
 
 
158 aa  75.1  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.71 
 
 
138 aa  67.8  0.00000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  34.75 
 
 
135 aa  66.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
131 aa  65.1  0.0000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.62 
 
 
136 aa  63.5  0.0000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  33.09 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
142 aa  63.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.28 
 
 
136 aa  60.8  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0546  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.86 
 
 
152 aa  59.7  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00922706  normal  0.113975 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  31.06 
 
 
136 aa  60.1  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.34 
 
 
134 aa  59.7  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
150 aa  57.4  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
135 aa  57  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
133 aa  57  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  30 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.56 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
135 aa  56.6  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  30.71 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.94 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 
129 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.94 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
134 aa  55.5  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  29.01 
 
 
141 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
136 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.94 
 
 
135 aa  55.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
143 aa  55.1  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 
154 aa  55.5  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
143 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  28.46 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.45 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  27.27 
 
 
133 aa  54.7  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  24.6 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.23 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  29.55 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  29.41 
 
 
135 aa  54.3  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.74 
 
 
140 aa  54.3  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.93 
 
 
142 aa  54.3  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.24 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  29.01 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  28.68 
 
 
134 aa  53.9  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
142 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
134 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.33 
 
 
142 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3544  biopolymer transport protein ExbD  26.92 
 
 
156 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.93 
 
 
144 aa  53.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>