112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1308 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  58.53 
 
 		 228 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  42.79 
 
 		 216 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  41.89 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  38.64 
 
 		 216 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  38.18 
 
 		 216 aa  138  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  38.18 
 
 		 216 aa  138  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  37.39 
 
 		 221 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  37.28 
 
 		 221 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 221 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  37.61 
 
 		 218 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  38.46 
 
 		 220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  37.02 
 
 		 215 aa  126  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  36.73 
 
 		 217 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  51.16 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  51.16 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  35.68 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 229 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  38.53 
 
 		 230 aa  122  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  37.84 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  30.77 
 
 		 216 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  34.5 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  31.3 
 
 		 231 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  36.87 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  32.26 
 
 		 232 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  38.86 
 
 		 243 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 204 aa  95.1  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  28.93 
 
 		 237 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  44 
 
 		 133 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 240 aa  90.1  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  28.31 
 
 		 207 aa  86.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  60.29 
 
 		 237 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  60.29 
 
 		 237 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  33.48 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  28.37 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  31.71 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  29.86 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  33.33 
 
 		 220 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  55.71 
 
 		 259 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  38.46 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  26.11 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  36.3 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  29.44 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 234 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  28.91 
 
 		 224 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  28.85 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4890  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 157 aa  57.8  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  37.5 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  31.05 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  27.27 
 
 		 215 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2539  peptidase S24/S26 domain-containing protein  30.77 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692907 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  25.58 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1874  LexA repressor  28.71 
 
 		 228 aa  54.3  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.879574  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  41.67 
 
 		 270 aa  53.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  24.87 
 
 		 216 aa  53.1  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  39.68 
 
 		 251 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 123 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  26.24 
 
 		 223 aa  50.1  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  24.37 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3718  LexA repressor  27.07 
 
 		 199 aa  49.3  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.875348  normal  0.435562 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  23.74 
 
 		 216 aa  48.5  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  26.03 
 
 		 209 aa  48.5  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1739  LexA repressor  35.11 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  30.66 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  33 
 
 		 133 aa  47  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  29.17 
 
 		 196 aa  47.4  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  26.18 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1516  hypothetical protein  33.68 
 
 		 120 aa  46.2  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.314298 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  25.56 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3151  Repressor lexA  29.46 
 
 		 154 aa  46.2  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.662921  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0100  protein MucA  29.22 
 
 		 147 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.903241  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2020  LexA repressor  30.61 
 
 		 242 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7466  LexA repressor  31.78 
 
 		 240 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0525959  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2172  hypothetical protein  34.52 
 
 		 126 aa  45.4  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0891  peptidase S24 and S26 domain protein  30.08 
 
 		 338 aa  45.1  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.352562  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0191  hypothetical protein  29.17 
 
 		 215 aa  44.3  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  35 
 
 		 147 aa  43.9  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  37.5 
 
 		 256 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4243  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 229 aa  43.9  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01120  hypothetical protein  50 
 
 		 84 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6716  LexA repressor  31.5 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  25.43 
 
 		 219 aa  44.3  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  25.54 
 
 		 217 aa  43.5  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  25.54 
 
 		 217 aa  43.5  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  25.54 
 
 		 217 aa  43.5  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1898  LexA repressor  31.45 
 
 		 251 aa  43.5  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  34.67 
 
 		 256 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  30.56 
 
 		 204 aa  43.5  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3872  LexA repressor  30.47 
 
 		 202 aa  43.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315226  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1179  putative SOS mutagenesis protein UmuD  35 
 
 		 143 aa  42.7  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.482422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  31.11 
 
 		 186 aa  42.7  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0501  transcriptional repressor, LexA family  29.1 
 
 		 249 aa  42.7  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.862173  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3234  SOS-response transcriptional repressor, LexA  26.19 
 
 		 216 aa  43.1  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0168509 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>