More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1229 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  60.34 
 
 
308 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 
307 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  54.92 
 
 
313 aa  347  2e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 
314 aa  345  8e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  53.63 
 
 
320 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  55.17 
 
 
311 aa  336  3.9999999999999995e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 
318 aa  334  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 
308 aa  334  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 
297 aa  329  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  53.63 
 
 
300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  53.24 
 
 
306 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  53.1 
 
 
306 aa  323  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 
309 aa  323  3e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 
347 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  56.85 
 
 
309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  52.6 
 
 
304 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  56.12 
 
 
311 aa  319  3.9999999999999996e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  53.45 
 
 
303 aa  318  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  52.25 
 
 
304 aa  317  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 
307 aa  315  6e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 
310 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 
306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 
306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 
303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 
307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 
306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 
306 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  53.12 
 
 
302 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
306 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  51.58 
 
 
315 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  51.58 
 
 
315 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  45.67 
 
 
304 aa  267  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  47.4 
 
 
311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 
308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 
308 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 
308 aa  256  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
307 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 
313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 
307 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 
307 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 
307 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 
330 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 
305 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
307 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 
335 aa  250  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 
428 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
326 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 
335 aa  248  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
305 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
305 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
305 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
305 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
305 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
305 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 
318 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 
342 aa  244  9e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
304 aa  242  6e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 
300 aa  241  7e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
314 aa  240  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
300 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
300 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
300 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
300 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
300 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
327 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
327 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
327 aa  236  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
321 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
321 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 
321 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 
303 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
301 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
301 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  46.86 
 
 
276 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
301 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
301 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
307 aa  228  9e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
307 aa  228  9e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.72 
 
 
307 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
320 aa  228  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  41.72 
 
 
307 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 
301 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
307 aa  228  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
307 aa  228  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 
307 aa  228  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
303 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 
301 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0931  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
360 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 
555 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
301 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
307 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 
237 aa  226  4e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 
300 aa  225  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
310 aa  225  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>