More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0666 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0666  d-galactonate transporter  100 
 
 
447 aa  895    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0432694 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4628  d-galactonate transporter  95.97 
 
 
447 aa  850    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  hitchhiker  0.000103132 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1306  major facilitator transporter  75 
 
 
454 aa  656    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4121  major facilitator transporter  74.53 
 
 
455 aa  653    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.801811 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3829  D-galactonate transporter  74.3 
 
 
454 aa  650    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5765  d-galactonate transporter  74.77 
 
 
454 aa  655    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4539  d-galactonate transporter  74.3 
 
 
454 aa  650    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.327531  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3168  glucarate permease  53.99 
 
 
452 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.101605 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3103  glucarate permease  53.99 
 
 
452 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3121  glucarate permease  53.99 
 
 
452 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.830611 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3283  glucarate permease  53.99 
 
 
452 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.129198  normal  0.747059 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3184  glucarate permease  53.99 
 
 
452 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.513823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6485  major facilitator superfamily D-glucarate permease  53.97 
 
 
445 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.848435  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05240  D-galactonate transporter  53.99 
 
 
463 aa  498  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3242  d-galactonate transporter  53.05 
 
 
451 aa  499  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.141261 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02634  predicted D-glucarate transporter  51.83 
 
 
450 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0899  d-galactonate transporter  51.83 
 
 
450 aa  498  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3093  glucarate permease  51.83 
 
 
450 aa  497  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.110237  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3600  d-galactonate transporter  54.25 
 
 
454 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442053  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0923  d-galactonate transporter  51.83 
 
 
450 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2316  d-galactonate transporter  54.01 
 
 
454 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.601207  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3084  glucarate permease  52.82 
 
 
440 aa  496  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.567935  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2933  glucarate permease  51.83 
 
 
450 aa  497  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4050  glucarate permease  51.83 
 
 
450 aa  496  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3099  d-galactonate transporter  54.25 
 
 
454 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2927  glucarate permease  51.83 
 
 
450 aa  497  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02596  hypothetical protein  51.83 
 
 
450 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2815  d-galactonate transporter  54.01 
 
 
453 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.362765  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4548  MFS transporter, phthalate permease family  52.91 
 
 
461 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0771862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4226  D-galactonate transporter  53.15 
 
 
461 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0829  D-galactonate transporter  53.3 
 
 
468 aa  490  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.017326  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3397  d-galactonate transporter  51.91 
 
 
450 aa  488  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4863  d-galactonate transporter  54.07 
 
 
450 aa  490  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0267254 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3557  d-galactonate transporter  51.68 
 
 
450 aa  489  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0828  putative glucarate transporter (D-glucarate permease) transmembrane protein  54.69 
 
 
450 aa  487  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.667348  normal  0.455207 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6596  d-galactonate transporter  53.29 
 
 
457 aa  485  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143418  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1803  major facilitator superfamily D-galactonate transporter  54.3 
 
 
450 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0303385  hitchhiker  0.00231881 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5207  d-galactonate transporter  50.77 
 
 
485 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.045527 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02992  predicted (D)-galactarate transporter  52.79 
 
 
444 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0578  d-galactonate transporter  52.79 
 
 
444 aa  476  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3605  galactarate permease GarP  52.79 
 
 
444 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3316  galactarate permease GarP  52.79 
 
 
444 aa  476  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3689  D-galactonate transporter  52.57 
 
 
458 aa  475  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0327  D-galactonate transporter  52.11 
 
 
459 aa  475  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5151  d-galactonate transporter  51.9 
 
 
451 aa  476  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3569  d-galactonate transporter  51.69 
 
 
444 aa  476  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.576776 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3422  galactarate permease GarP  52.53 
 
 
444 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4439  galactarate permease GarP  52.79 
 
 
444 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.333242 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4680  d-galactonate transporter  50.77 
 
 
485 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0573  d-galactonate transporter  52.79 
 
 
444 aa  476  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02943  hypothetical protein  52.79 
 
 
444 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3398  d-galactonate transporter  52.57 
 
 
458 aa  472  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331831  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4584  d-galactonate transporter  53.59 
 
 
450 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.960578  normal  0.440179 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4735  galactarate transporter  52.93 
 
 
453 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.388057  normal  0.513803 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3044  D-galactonate transporter  51.65 
 
 
464 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4450  d-galactonate transporter  53.59 
 
 
450 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5322  d-galactonate transporter  51.65 
 
 
464 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0807  d-galactonate transporter  51.45 
 
 
450 aa  465  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0187  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  52.9 
 
 
451 aa  462  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0841  d-galactonate transporter  51.01 
 
 
450 aa  463  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4946  d-galactonate transporter  53.04 
 
 
435 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.899086  normal  0.0491095 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3397  D-galactonate transporter  50.68 
 
 
446 aa  455  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0217  d-galactonate transporter  50.57 
 
 
446 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0225  d-galactonate transporter  50.57 
 
 
446 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000305819 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0202  d-galactonate transporter  50.68 
 
 
446 aa  433  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317635  unclonable  0.00000000000905697 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1217  d-galactonate transporter  50.23 
 
 
446 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.26743  normal  0.06903 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0277  d-galactonate transporter  51.13 
 
 
446 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370556 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2810  D-galactonate transporter  51.13 
 
 
446 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.422672  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0296  d-galactonate transporter  51.13 
 
 
446 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.106935  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2475  d-galactonate transporter  44.84 
 
 
438 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3916  probable glucarate transporter  44.84 
 
 
436 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4084  probable glucarate transporter  44.84 
 
 
436 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.463281  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3978  putative glucarate transporter  44.84 
 
 
436 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.776069 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4023  glucarate transporter  44.84 
 
 
436 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.957782  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4122  D-galactonate transporter  43.43 
 
 
436 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0101407  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1990  D-galactonate transporter  42.49 
 
 
436 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0023647  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  43.9 
 
 
449 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1710  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  44.37 
 
 
446 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0437115 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4010  major facilitator transporter  44.13 
 
 
446 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.835742  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2180  MFS transporter, phthalate permease family  42.72 
 
 
478 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256774  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3988  major facilitator superfamily MFS_1  42.49 
 
 
442 aa  366  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.74321  normal  0.0290381 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2776  major facilitator transporter  42.76 
 
 
461 aa  364  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4121  major facilitator transporter  42.62 
 
 
463 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.503182 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5174  major facilitator transporter  42.52 
 
 
469 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3336  major facilitator transporter  42.52 
 
 
464 aa  362  6e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4772  major facilitator transporter  42.62 
 
 
463 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3395  major facilitator transporter  42.62 
 
 
463 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5194  major facilitator transporter  41.35 
 
 
479 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51310  D-galactonate transporter  40.5 
 
 
434 aa  357  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1094  d-galactonate transporter  38.99 
 
 
430 aa  353  4e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3903  d-galactonate transporter  38.91 
 
 
445 aa  352  1e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4199  d-galactonate transporter  38.91 
 
 
445 aa  352  1e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03574  D-galactonate transporter  38.99 
 
 
430 aa  350  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03518  hypothetical protein  38.99 
 
 
430 aa  350  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0012  d-galactonate transporter  38.99 
 
 
430 aa  350  3e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4966  major facilitator transporter  38.98 
 
 
447 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.051147 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4055  d-galactonate transporter  38.99 
 
 
430 aa  350  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6033  major facilitator transporter  40.85 
 
 
467 aa  350  3e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3065  major facilitator transporter  39.42 
 
 
447 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347514  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5302  major facilitator transporter  39.42 
 
 
447 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0397633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>