More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0661 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  100 
 
 
232 aa  464  1e-130  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  90.48 
 
 
259 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  8.56086e-05  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  90.04 
 
 
233 aa  399  1e-110  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  89.13 
 
 
233 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  69.16 
 
 
237 aa  318  5e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  68.72 
 
 
237 aa  316  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  68.75 
 
 
237 aa  285  3e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  49.35 
 
 
249 aa  212  5e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  49.78 
 
 
249 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  50.22 
 
 
274 aa  210  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  50.42 
 
 
251 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  49.57 
 
 
253 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  49.57 
 
 
249 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  49.57 
 
 
249 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  49.57 
 
 
249 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  48.28 
 
 
253 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  48.71 
 
 
253 aa  204  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  48.71 
 
 
253 aa  204  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  49.57 
 
 
273 aa  204  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  9.57079e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  49.79 
 
 
270 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  50.21 
 
 
247 aa  200  1e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  48.48 
 
 
249 aa  199  4e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  48.05 
 
 
249 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  49.36 
 
 
272 aa  197  1e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  48.05 
 
 
249 aa  197  2e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  48.05 
 
 
254 aa  197  2e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  47.83 
 
 
253 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  47.83 
 
 
248 aa  191  7e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
247 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  47.37 
 
 
247 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  68.79 
 
 
143 aa  189  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  51.74 
 
 
252 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  48.26 
 
 
268 aa  189  4e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  48.26 
 
 
272 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  48.93 
 
 
248 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  45.81 
 
 
255 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  46.96 
 
 
244 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 
268 aa  176  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  46.12 
 
 
273 aa  174  7e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  46.49 
 
 
262 aa  173  2e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  43.12 
 
 
236 aa  166  3e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  41.35 
 
 
251 aa  165  6e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  43.17 
 
 
251 aa  164  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  47.79 
 
 
244 aa  158  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  44.4 
 
 
260 aa  139  4e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  43.11 
 
 
299 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  39.73 
 
 
249 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  42.08 
 
 
230 aa  135  6e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  38.53 
 
 
246 aa  135  7e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  44.75 
 
 
242 aa  134  2e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  38.25 
 
 
248 aa  132  4e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  37.39 
 
 
243 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  42.79 
 
 
234 aa  132  7e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  38.39 
 
 
246 aa  128  9e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  37.5 
 
 
238 aa  128  9e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  41.28 
 
 
242 aa  127  1e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  37.67 
 
 
250 aa  126  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  40.76 
 
 
242 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  37.33 
 
 
235 aa  121  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
234 aa  120  1e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
240 aa  120  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
247 aa  119  5e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  40.44 
 
 
288 aa  117  2e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  37.89 
 
 
236 aa  117  2e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
255 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 
266 aa  116  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
251 aa  114  9e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  39.73 
 
 
284 aa  114  1e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  39.17 
 
 
240 aa  113  2e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  37.33 
 
 
236 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  38.36 
 
 
233 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  36.29 
 
 
250 aa  111  8e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  32.87 
 
 
244 aa  110  2e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  32.87 
 
 
244 aa  109  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
256 aa  110  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 
234 aa  108  7e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  37.93 
 
 
239 aa  108  7e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  38.07 
 
 
234 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  35.68 
 
 
264 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  35.85 
 
 
241 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
245 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  38.65 
 
 
233 aa  105  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
246 aa  104  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
246 aa  104  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  35.29 
 
 
250 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  32.5 
 
 
241 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  34.67 
 
 
252 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  35.94 
 
 
238 aa  102  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
274 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  37.8 
 
 
234 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
229 aa  102  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  34.72 
 
 
241 aa  102  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  38.39 
 
 
242 aa  102  7e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  34.58 
 
 
222 aa  100  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  31.22 
 
 
233 aa  100  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 
247 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  33.48 
 
 
247 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  33.48 
 
 
247 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
233 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  33.76 
 
 
275 aa  99.8  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>