More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0498 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.44 
 
 		 566 aa  739    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  70.83 
 
 		 566 aa  777    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 		 567 aa  1142    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  71.4 
 
 		 566 aa  779    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  56.03 
 
 		 558 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  53.25 
 
 		 561 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  52.42 
 
 		 561 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  53.37 
 
 		 562 aa  551  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  50.82 
 
 		 560 aa  512  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.64 
 
 		 629 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.22 
 
 		 556 aa  443  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.49 
 
 		 560 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.33 
 
 		 561 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.33 
 
 		 561 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.71 
 
 		 567 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.86 
 
 		 575 aa  437  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.71 
 
 		 567 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.51 
 
 		 561 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.14 
 
 		 561 aa  435  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.75 
 
 		 558 aa  434  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.51 
 
 		 561 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.54 
 
 		 560 aa  431  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.6 
 
 		 560 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  39.19 
 
 		 560 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  38.6 
 
 		 560 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.6 
 
 		 562 aa  426  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.78 
 
 		 562 aa  428  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.6 
 
 		 560 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.6 
 
 		 563 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.42 
 
 		 577 aa  422  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.56 
 
 		 562 aa  409  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  27.65 
 
 		 712 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  26.06 
 
 		 692 aa  174  5e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  25.39 
 
 		 663 aa  172  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  26.24 
 
 		 677 aa  169  2e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  25.39 
 
 		 688 aa  167  4e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  25.39 
 
 		 688 aa  167  4e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  23.4 
 
 		 681 aa  166  8e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  25.56 
 
 		 680 aa  165  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.26 
 
 		 776 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.18 
 
 		 776 aa  163  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  25.89 
 
 		 680 aa  163  7e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  24.4 
 
 		 684 aa  163  7e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.8 
 
 		 776 aa  163  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.65 
 
 		 670 aa  162  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  25.8 
 
 		 673 aa  161  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  27.86 
 
 		 672 aa  160  4e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.33 
 
 		 776 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  25.7 
 
 		 673 aa  160  8e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.56 
 
 		 652 aa  159  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  22.55 
 
 		 668 aa  159  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.04 
 
 		 670 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  26.32 
 
 		 675 aa  159  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.52 
 
 		 671 aa  158  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.69 
 
 		 671 aa  158  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.52 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  25.52 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.52 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  25.52 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  24.57 
 
 		 673 aa  157  4e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.52 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.52 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  24.24 
 
 		 680 aa  157  6e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.17 
 
 		 670 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.17 
 
 		 670 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.17 
 
 		 670 aa  156  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0004  DNA ligase, NAD-dependent  26.31 
 
 		 675 aa  155  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  23.66 
 
 		 665 aa  154  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  26.59 
 
 		 694 aa  154  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  25 
 
 		 671 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  25 
 
 		 671 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  23.54 
 
 		 662 aa  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  25.44 
 
 		 671 aa  153  7e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  25 
 
 		 671 aa  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.53 
 
 		 671 aa  153  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.21 
 
 		 671 aa  153  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.21 
 
 		 671 aa  153  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.4 
 
 		 786 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  24.65 
 
 		 668 aa  152  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  26.29 
 
 		 667 aa  152  1e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  27.66 
 
 		 711 aa  152  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  25.35 
 
 		 680 aa  152  2e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  25 
 
 		 678 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.94 
 
 		 684 aa  151  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  25.19 
 
 		 699 aa  150  4e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  26.89 
 
 		 685 aa  150  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  21.65 
 
 		 669 aa  150  6e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.1 
 
 		 681 aa  150  8e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.35 
 
 		 669 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  25.74 
 
 		 672 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3689  Fis family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 768 aa  148  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  23.22 
 
 		 668 aa  148  3e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  25.04 
 
 		 676 aa  148  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  25.48 
 
 		 666 aa  148  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  26.01 
 
 		 674 aa  148  3e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  23.74 
 
 		 670 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.58 
 
 		 794 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  24.79 
 
 		 670 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  23.53 
 
 		 664 aa  147  5e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  26.15 
 
 		 668 aa  147  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>