35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0457 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0457  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  100 
 
 
254 aa  470  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868468  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5007  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  95.07 
 
 
261 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.508327  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5057  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  93.66 
 
 
258 aa  286  3e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4881  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  94.37 
 
 
261 aa  285  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  58.55 
 
 
230 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5147  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaF  69.14 
 
 
257 aa  218  8e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0390  Poly granule associated  72.06 
 
 
292 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.210715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66875  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  69.78 
 
 
309 aa  191  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5799  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  69.78 
 
 
322 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0526  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  64.79 
 
 
284 aa  185  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170611  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66880  hypothetical protein  38.17 
 
 
138 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1492  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.5 
 
 
139 aa  97.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0552  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.61 
 
 
157 aa  97.1  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0536  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.61 
 
 
157 aa  96.7  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.326611  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5148  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaI  36.36 
 
 
148 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5800  hypothetical protein  38.66 
 
 
138 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0389  Poly granule associated  39.32 
 
 
140 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3495  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.84 
 
 
194 aa  92  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.827909 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0350  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.23 
 
 
167 aa  88.6  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0456  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  38.28 
 
 
139 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.891613  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5058  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.64 
 
 
139 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3527  poly granule associated  32.68 
 
 
200 aa  87.8  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4024  poly granule associated  32.76 
 
 
168 aa  85.5  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5008  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35 
 
 
139 aa  84.7  1e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4882  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35 
 
 
139 aa  84.7  1e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00722  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  31.78 
 
 
187 aa  82.4  7e-15  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176303  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0525  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.59 
 
 
148 aa  80.1  3e-14  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233444  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2543  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  28.19 
 
 
163 aa  73.6  3e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00882865  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0490  polygranule-associated protein  34.55 
 
 
182 aa  73.6  3e-12  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394794  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2170  poly granule associated family protein  36.04 
 
 
183 aa  72.8  5e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.940571  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0559  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  21.71 
 
 
168 aa  71.2  1e-11  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0604  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  21.71 
 
 
168 aa  70.1  4e-11  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2415  hypothetical protein  40.66 
 
 
177 aa  58.5  9e-08  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0063  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  27.2 
 
 
159 aa  50.4  3e-05  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.436738 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  53 
 
 
926 aa  45.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.75144e-10  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>