More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0386 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  81.75 
 
 		 420 aa  663    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  100 
 
 		 422 aa  840    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  81.99 
 
 		 420 aa  663    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  81.52 
 
 		 420 aa  684    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  62.74 
 
 		 692 aa  522  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  60.66 
 
 		 718 aa  510  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  61.52 
 
 		 718 aa  510  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  58.09 
 
 		 706 aa  488  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  59.63 
 
 		 717 aa  488  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  59.04 
 
 		 710 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  58.5 
 
 		 714 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  47.78 
 
 		 704 aa  370  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  44.76 
 
 		 756 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  47.73 
 
 		 710 aa  353  2e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  45.05 
 
 		 711 aa  349  6e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  41.54 
 
 		 792 aa  347  3e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  47.02 
 
 		 668 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  43.23 
 
 		 698 aa  339  7e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  43.23 
 
 		 698 aa  338  8e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  42.51 
 
 		 727 aa  338  8e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  40.97 
 
 		 723 aa  333  3e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  41.02 
 
 		 729 aa  331  2e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  45.52 
 
 		 699 aa  329  6e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  42.55 
 
 		 682 aa  327  3e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  42.28 
 
 		 710 aa  325  8.000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  42.11 
 
 		 706 aa  324  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  42.82 
 
 		 547 aa  323  3e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  43.6 
 
 		 683 aa  323  3e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  43.26 
 
 		 683 aa  323  3e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  43.74 
 
 		 684 aa  322  6e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  43.74 
 
 		 684 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  43.5 
 
 		 684 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  43.74 
 
 		 684 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  44.5 
 
 		 689 aa  322  9.999999999999999e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  43.33 
 
 		 683 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  42.7 
 
 		 706 aa  319  5e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  43.97 
 
 		 683 aa  319  5e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  43.2 
 
 		 688 aa  318  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  43.29 
 
 		 683 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  43.26 
 
 		 683 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  43.29 
 
 		 683 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  45.61 
 
 		 694 aa  316  4e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  42.42 
 
 		 682 aa  316  5e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  42.01 
 
 		 714 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  42.72 
 
 		 580 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  41.81 
 
 		 685 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  43.13 
 
 		 682 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  43.28 
 
 		 712 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  41.23 
 
 		 729 aa  309  6.999999999999999e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  40.41 
 
 		 721 aa  309  6.999999999999999e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  40.41 
 
 		 721 aa  308  9e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  42.24 
 
 		 578 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  42.02 
 
 		 717 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  36.25 
 
 		 642 aa  299  7e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  41.53 
 
 		 710 aa  299  8e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  39.26 
 
 		 721 aa  298  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  38.65 
 
 		 714 aa  296  7e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  39.95 
 
 		 696 aa  286  4e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  39.72 
 
 		 696 aa  286  5e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  40.71 
 
 		 583 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  38.89 
 
 		 726 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  38.84 
 
 		 715 aa  279  8e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  38.55 
 
 		 636 aa  278  9e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0206  type IV pilus assembly protein PilQ  37.47 
 
 		 745 aa  278  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292447  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  40.42 
 
 		 413 aa  277  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  38.46 
 
 		 630 aa  277  2e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  38.6 
 
 		 712 aa  277  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  39.86 
 
 		 711 aa  276  5e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002326  type IV pilus biogenesis protein PilQ  39.53 
 
 		 582 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000116776  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  36.46 
 
 		 657 aa  271  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  38.32 
 
 		 716 aa  267  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  40.25 
 
 		 591 aa  264  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  37.77 
 
 		 874 aa  263  4e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  36.38 
 
 		 655 aa  263  4e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  35.22 
 
 		 784 aa  261  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  35.22 
 
 		 784 aa  261  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  40.25 
 
 		 523 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  36.99 
 
 		 412 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  36.99 
 
 		 412 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  39.6 
 
 		 567 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  36.99 
 
 		 412 aa  259  6e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  36.99 
 
 		 412 aa  259  8e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  34.13 
 
 		 891 aa  258  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  36.99 
 
 		 412 aa  257  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  36.99 
 
 		 412 aa  257  3e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  36.75 
 
 		 412 aa  256  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  36.75 
 
 		 412 aa  256  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  35.31 
 
 		 926 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  34.95 
 
 		 893 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  37.98 
 
 		 424 aa  253  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  35.98 
 
 		 887 aa  252  9.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  36.07 
 
 		 882 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  36.07 
 
 		 887 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  33.5 
 
 		 944 aa  249  5e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  36.21 
 
 		 894 aa  248  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  34.83 
 
 		 946 aa  248  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  37.69 
 
 		 386 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  37.22 
 
 		 465 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  37.31 
 
 		 576 aa  244  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  36.45 
 
 		 543 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>