More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0336 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03649  dihydroxy-acid dehydratase  73.58 
 
 
616 aa  938    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000570599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4205  dihydroxy-acid dehydratase  73.91 
 
 
616 aa  942    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00333285  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0112  dihydroxy-acid dehydratase  75.49 
 
 
611 aa  939    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5002  dihydroxy-acid dehydratase  98.86 
 
 
613 aa  1251    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.138711  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5128  dihydroxy-acid dehydratase  99.02 
 
 
613 aa  1253    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3988  dihydroxy-acid dehydratase  73.58 
 
 
616 aa  938    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4231  dihydroxy-acid dehydratase  73.58 
 
 
616 aa  938    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.604372  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4846  dihydroxy-acid dehydratase  73.46 
 
 
620 aa  927    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0807241  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4452  dihydroxy-acid dehydratase  79.16 
 
 
619 aa  1015    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.941603 
 
 
-
 
NC_004310  BR0099  dihydroxy-acid dehydratase  75.33 
 
 
611 aa  919    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0324836  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4345  dihydroxy-acid dehydratase  74.31 
 
 
619 aa  937    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5057  dihydroxy-acid dehydratase  93.15 
 
 
615 aa  1189    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2848  dihydroxy-acid dehydratase  72.65 
 
 
609 aa  899    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36735  normal  0.73575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0445  dihydroxy-acid dehydratase  75 
 
 
616 aa  930    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4057  dihydroxy-acid dehydratase  72.61 
 
 
616 aa  917    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0469  dihydroxy-acid dehydratase  92.82 
 
 
615 aa  1187    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1304  dihydroxy-acid dehydratase  74 
 
 
628 aa  935    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0302  dihydroxy-acid dehydratase  72.73 
 
 
618 aa  929    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000297284  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2209  dihydroxyacid dehydratase  65.86 
 
 
625 aa  812    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2432  dihydroxy-acid dehydratase  78.84 
 
 
619 aa  1007    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1382  dihydroxy-acid dehydratase  73.58 
 
 
634 aa  930    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.469767  hitchhiker  0.0000362711 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2730  dihydroxyacid dehydratase  73.54 
 
 
925 aa  927    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.73004 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0213  dihydroxy-acid dehydratase  72.79 
 
 
614 aa  905    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.450339  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5171  dihydroxy-acid dehydratase  64.05 
 
 
613 aa  759    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.72822  normal  0.406258 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2756  dihydroxy-acid dehydratase  80.61 
 
 
646 aa  1030    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2001  dihydroxy-acid dehydratase  72.68 
 
 
617 aa  926    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5358  dihydroxy-acid dehydratase  96.9 
 
 
613 aa  1231    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3074  dihydroxy-acid dehydratase  74.18 
 
 
612 aa  933    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.611367  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1121  dihydroxy-acid dehydratase  67.37 
 
 
615 aa  838    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.836437  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1899  dihydroxy-acid dehydratase  78.84 
 
 
619 aa  1016    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18498  normal  0.373013 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4137  dihydroxy-acid dehydratase  73.58 
 
 
616 aa  939    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.129603  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4029  dihydroxy-acid dehydratase  73.4 
 
 
624 aa  930    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4282  dihydroxy-acid dehydratase  73.58 
 
 
616 aa  939    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3801  dihydroxy-acid dehydratase  74.18 
 
 
612 aa  933    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.120257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3037  dihydroxy-acid dehydratase  71.1 
 
 
618 aa  884    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4007  dihydroxy-acid dehydratase  73.4 
 
 
624 aa  931    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0599  dihydroxy-acid dehydratase  73.86 
 
 
617 aa  937    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0151535  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0336  dihydroxy-acid dehydratase  100 
 
 
613 aa  1264    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2675  dihydroxy-acid dehydratase  73.64 
 
 
611 aa  896    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.272323 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2491  dihydroxy-acid dehydratase  76.38 
 
 
613 aa  973    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0626  dihydroxy-acid dehydratase  73.46 
 
 
619 aa  931    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0546913  normal  0.890987 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3612  dihydroxy-acid dehydratase  73.83 
 
 
619 aa  933    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1786  dihydroxyacid dehydratase  71.1 
 
 
625 aa  892    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1909  dihydroxy-acid dehydratase  65.2 
 
 
619 aa  785    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.103829  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4126  dihydroxy-acid dehydratase  73.24 
 
 
624 aa  930    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4515  dihydroxy-acid dehydratase  64.56 
 
 
617 aa  788    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.133337  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4066  dihydroxy-acid dehydratase  73.32 
 
 
619 aa  941    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.405184  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1784  dihydroxy-acid dehydratase  74.55 
 
 
615 aa  961    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.272247  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0097  dihydroxy-acid dehydratase  75.49 
 
 
613 aa  920    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0358  dihydroxy-acid dehydratase  80.91 
 
 
614 aa  1033    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.920841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4321  dihydroxy-acid dehydratase  72.09 
 
 
612 aa  899    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.103538  normal  0.169432 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0340  dihydroxy-acid dehydratase  75.49 
 
 
616 aa  958    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2661  dihydroxy-acid dehydratase  71.57 
 
 
620 aa  886    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3412  dihydroxy-acid dehydratase  74.03 
 
 
619 aa  917    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7305  dihydroxy-acid dehydratase  65.59 
 
 
617 aa  774    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.150096 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3804  dihydroxy-acid dehydratase  73.49 
 
 
619 aa  935    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0169  dihydroxy-acid dehydratase  72.79 
 
 
613 aa  890    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1074  dihydroxy-acid dehydratase  73.23 
 
 
636 aa  932    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.413782 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4585  dihydroxy-acid dehydratase  70.76 
 
 
620 aa  881    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00307553 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2486  dihydroxy-acid dehydratase  75.7 
 
 
614 aa  950    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.274808  normal  0.116227 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1189  dihydroxy-acid dehydratase  73.58 
 
 
619 aa  943    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4231  dihydroxy-acid dehydratase  78.84 
 
 
619 aa  1013    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.882164  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4250  dihydroxy-acid dehydratase  76.26 
 
 
615 aa  941    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0971242  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2666  dihydroxy-acid dehydratase  75 
 
 
611 aa  933    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0342  dihydroxy-acid dehydratase  76.35 
 
 
611 aa  935    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1046  dihydroxy-acid dehydratase  72.08 
 
 
617 aa  908    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.641708  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0364  dihydroxy-acid dehydratase  74.64 
 
 
619 aa  942    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3662  dihydroxy-acid dehydratase  74.47 
 
 
619 aa  942    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0418  dihydroxyacid dehydratase  76.5 
 
 
617 aa  969    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0213625  decreased coverage  0.00250401 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1231  dihydroxy-acid dehydratase  66.83 
 
 
638 aa  837    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00143562  normal  0.953695 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0424  dihydroxy-acid dehydratase  71.94 
 
 
619 aa  893    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3546  dihydroxy-acid dehydratase  78.68 
 
 
619 aa  1010    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.108366  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04630  dihydroxy-acid dehydratase  92.48 
 
 
612 aa  1174    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0070  dihydroxy-acid dehydratase  74.23 
 
 
617 aa  929    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0157  dihydroxy-acid dehydratase  72.77 
 
 
616 aa  919    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4205  dihydroxy-acid dehydratase  92.32 
 
 
612 aa  1157    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4135  dihydroxy-acid dehydratase  78.84 
 
 
619 aa  1013    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0713209  normal  0.216516 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4656  dihydroxy-acid dehydratase  72.45 
 
 
617 aa  923    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2723  dihydroxy-acid dehydratase  77.47 
 
 
612 aa  978    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1838  dihydroxyacid dehydratase  69.38 
 
 
621 aa  875    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0358  dihydroxy-acid dehydratase  74.64 
 
 
619 aa  943    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4757  dihydroxy-acid dehydratase  72.12 
 
 
616 aa  917    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0890902  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0348  dihydroxy-acid dehydratase  73.82 
 
 
615 aa  927    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0446  dihydroxy-acid dehydratase  92.16 
 
 
612 aa  1169    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5178  dihydroxy-acid dehydratase  99.35 
 
 
613 aa  1256    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2933  dihydroxy-acid dehydratase  74.01 
 
 
612 aa  928    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0292  dihydroxy-acid dehydratase  73.54 
 
 
616 aa  932    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3279  dihydroxy-acid dehydratase  73.83 
 
 
618 aa  933    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0346  dihydroxy-acid dehydratase  72.92 
 
 
612 aa  931    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3925  dihydroxy-acid dehydratase  74.34 
 
 
612 aa  934    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1161  dihydroxy-acid dehydratase  64.16 
 
 
613 aa  753    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.38486 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2423  dihydroxy-acid dehydratase  82.98 
 
 
611 aa  1032    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.421855  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3737  dihydroxy-acid dehydratase  77.52 
 
 
614 aa  994    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000604474 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1506  dihydroxy-acid dehydratase  79.48 
 
 
619 aa  1016    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189174 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1072  dihydroxy-acid dehydratase  77.87 
 
 
618 aa  1006    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4162  dihydroxy-acid dehydratase  74.84 
 
 
616 aa  927    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4012  dihydroxy-acid dehydratase  72.93 
 
 
616 aa  933    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0176086 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00413  dihydroxy-acid dehydratase  77.5 
 
 
599 aa  964    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5433  dihydroxyacid dehydratase  73.91 
 
 
613 aa  919    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.535881  normal  0.212385 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0485  dihydroxy-acid dehydratase  72.61 
 
 
616 aa  917    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.543148 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>