223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0063 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0046  porin, putative  100 
 
 
447 aa  911  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  5.82651e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  76.02 
 
 
441 aa  705  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  100 
 
 
447 aa  911  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  69.91 
 
 
441 aa  642  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  76.51 
 
 
447 aa  693  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  71.49 
 
 
441 aa  655  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  76.29 
 
 
447 aa  691  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  100 
 
 
447 aa  911  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  80.14 
 
 
447 aa  704  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  100 
 
 
447 aa  911  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  66.44 
 
 
440 aa  622  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  65.47 
 
 
446 aa  600  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  63.84 
 
 
441 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  57.88 
 
 
455 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  58.07 
 
 
448 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  45.08 
 
 
446 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  1.58939e-06  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  42.63 
 
 
449 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  42.7 
 
 
441 aa  333  5e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  42.7 
 
 
443 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  42.01 
 
 
479 aa  328  1e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  42.25 
 
 
454 aa  320  5e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  40.72 
 
 
444 aa  318  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  41.95 
 
 
447 aa  314  2e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  42.55 
 
 
444 aa  313  4e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  41.79 
 
 
421 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  41.47 
 
 
444 aa  310  3e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  41.79 
 
 
421 aa  310  3e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  41.05 
 
 
444 aa  310  3e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  41.13 
 
 
444 aa  308  1e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  40.39 
 
 
427 aa  305  8e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  40.83 
 
 
444 aa  305  8e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  40.66 
 
 
422 aa  304  2e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  40.61 
 
 
444 aa  304  3e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  41.54 
 
 
452 aa  300  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  40.72 
 
 
448 aa  295  9e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  38.07 
 
 
448 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  40 
 
 
438 aa  290  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  39.96 
 
 
425 aa  284  3e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  7.49415e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  40.35 
 
 
417 aa  283  5e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  39.01 
 
 
415 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  39.81 
 
 
414 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  35.5 
 
 
445 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  35.03 
 
 
445 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  35.1 
 
 
435 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  37.77 
 
 
427 aa  259  5e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  37.29 
 
 
427 aa  259  7e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  37.9 
 
 
452 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  34.23 
 
 
467 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  38.01 
 
 
420 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  37.77 
 
 
420 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  37.25 
 
 
421 aa  255  1e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  37.16 
 
 
409 aa  254  2e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  34.66 
 
 
435 aa  254  2e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  37.59 
 
 
431 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  36.76 
 
 
420 aa  253  4e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  36.26 
 
 
416 aa  253  4e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  8.11517e-08 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  35.16 
 
 
423 aa  253  5e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  36.79 
 
 
409 aa  251  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  37.27 
 
 
452 aa  250  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.71352e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  35.38 
 
 
429 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  35.06 
 
 
421 aa  249  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  35.06 
 
 
421 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  33.94 
 
 
429 aa  249  9e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  34.94 
 
 
417 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  34.74 
 
 
418 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  34.52 
 
 
418 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  35.52 
 
 
417 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  35.14 
 
 
429 aa  246  7e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  34.91 
 
 
429 aa  246  8e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  34.47 
 
 
418 aa  245  1e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  36.02 
 
 
472 aa  244  2e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  34.57 
 
 
433 aa  244  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  34.52 
 
 
417 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  36.22 
 
 
416 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.05785e-07 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  34.91 
 
 
425 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  35.94 
 
 
439 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  1.84372e-07 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  34.44 
 
 
422 aa  240  3e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  34.7 
 
 
425 aa  240  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  35.78 
 
 
416 aa  240  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  35.65 
 
 
417 aa  239  6e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  33.78 
 
 
421 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.13 
 
 
413 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  35.31 
 
 
439 aa  235  1e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  34.67 
 
 
417 aa  235  1e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  35.31 
 
 
439 aa  235  1e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  33.86 
 
 
418 aa  234  2e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  33.99 
 
 
433 aa  234  2e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  34.76 
 
 
395 aa  234  2e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  34.25 
 
 
420 aa  234  2e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  33.93 
 
 
419 aa  234  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  34.67 
 
 
417 aa  233  4e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  34.42 
 
 
433 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  3.30448e-05 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  34.53 
 
 
417 aa  233  7e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  33.89 
 
 
418 aa  232  8e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  34.39 
 
 
439 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  33.49 
 
 
430 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  32.81 
 
 
418 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  34.51 
 
 
428 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  34.07 
 
 
433 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  32.63 
 
 
424 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>