More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0021 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  75.92 
 
 		 490 aa  733    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 488 aa  966    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 488 aa  966    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  75.82 
 
 		 487 aa  741    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 488 aa  966    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  62.76 
 
 		 491 aa  569  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  53.51 
 
 		 497 aa  466  9.999999999999999e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  47.54 
 
 		 486 aa  435  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  48.21 
 
 		 490 aa  434  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  58.16 
 
 		 417 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  50.77 
 
 		 523 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  48.15 
 
 		 513 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  50.5 
 
 		 410 aa  388  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  50.51 
 
 		 408 aa  374  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  45.89 
 
 		 545 aa  354  2e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  46.91 
 
 		 542 aa  354  2e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  45.35 
 
 		 552 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  44.18 
 
 		 545 aa  336  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  41.81 
 
 		 483 aa  329  8e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.89 
 
 		 510 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  39.88 
 
 		 505 aa  327  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.44 
 
 		 510 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  43.54 
 
 		 521 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  40.35 
 
 		 509 aa  323  5e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  39.69 
 
 		 509 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  40.71 
 
 		 507 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  42.54 
 
 		 513 aa  320  3e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  40.71 
 
 		 507 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  40.71 
 
 		 507 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  39.01 
 
 		 506 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.57 
 
 		 516 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.57 
 
 		 516 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  39.96 
 
 		 505 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  39.09 
 
 		 523 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  38.88 
 
 		 521 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  38.1 
 
 		 523 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  38.88 
 
 		 521 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  38.88 
 
 		 521 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  38.88 
 
 		 521 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  37.88 
 
 		 523 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.78 
 
 		 500 aa  302  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.64 
 
 		 497 aa  297  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.87 
 
 		 497 aa  295  1e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.04 
 
 		 497 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.2 
 
 		 507 aa  269  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.13 
 
 		 430 aa  263  4e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.13 
 
 		 430 aa  263  4e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.13 
 
 		 430 aa  263  6.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.14 
 
 		 407 aa  258  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.44 
 
 		 407 aa  258  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  39.17 
 
 		 407 aa  256  6e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.17 
 
 		 407 aa  256  6e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  39.17 
 
 		 407 aa  256  6e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.17 
 
 		 407 aa  256  6e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.17 
 
 		 407 aa  256  6e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.17 
 
 		 407 aa  256  7e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.61 
 
 		 375 aa  251  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  32.03 
 
 		 571 aa  247  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  38.32 
 
 		 401 aa  246  6e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  32.78 
 
 		 577 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  33.87 
 
 		 502 aa  243  6e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  31.72 
 
 		 629 aa  239  6.999999999999999e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  32.38 
 
 		 491 aa  237  3e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  31.61 
 
 		 672 aa  237  4e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  34.93 
 
 		 509 aa  233  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.54 
 
 		 504 aa  224  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  38.46 
 
 		 439 aa  224  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.46 
 
 		 439 aa  224  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  31.07 
 
 		 489 aa  220  5e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.09 
 
 		 438 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 537 aa  214  3.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  30.21 
 
 		 540 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.58 
 
 		 512 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.81 
 
 		 482 aa  213  7e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.81 
 
 		 482 aa  213  7e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  35.48 
 
 		 525 aa  213  9e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.5 
 
 		 537 aa  211  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  31.2 
 
 		 538 aa  210  4e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  35.07 
 
 		 529 aa  206  8e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  34.4 
 
 		 517 aa  202  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  32.91 
 
 		 455 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  29.88 
 
 		 546 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 581 aa  200  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  31.04 
 
 		 537 aa  200  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  32.6 
 
 		 467 aa  199  9e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  32.71 
 
 		 500 aa  199  9e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  32.34 
 
 		 488 aa  195  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  33.25 
 
 		 460 aa  194  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.21 
 
 		 486 aa  194  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  34.13 
 
 		 498 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.1 
 
 		 627 aa  186  7e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  32.21 
 
 		 650 aa  186  9e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  35.58 
 
 		 526 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 		 494 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.42 
 
 		 508 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  32.08 
 
 		 527 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  32.77 
 
 		 502 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 502 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.53 
 
 		 509 aa  181  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 		 504 aa  180  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>