More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5444 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  98.75 
 
 
560 aa  1133    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  82.77 
 
 
562 aa  942    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  76.34 
 
 
557 aa  875    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  82.77 
 
 
563 aa  939    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  81.79 
 
 
560 aa  946    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4620  putative inner membrane protein translocase component YidC  73.88 
 
 
581 aa  858    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 
560 aa  1145    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  98.21 
 
 
560 aa  1130    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  98.93 
 
 
560 aa  1134    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  72.81 
 
 
578 aa  868    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  72.81 
 
 
578 aa  873    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.25 
 
 
575 aa  587  1e-166  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  51.43 
 
 
551 aa  584  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.33 
 
 
567 aa  583  1.0000000000000001e-165  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  48.75 
 
 
557 aa  549  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2388  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.98 
 
 
566 aa  527  1e-148  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758023  hitchhiker  0.00000120585 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2144  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.87 
 
 
565 aa  524  1e-147  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00651842  unclonable  0.00000165557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5050  inner membrane protein, 60 kDa  46.55 
 
 
543 aa  518  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2473  putative inner membrane protein translocase component YidC  48.47 
 
 
564 aa  514  1e-144  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000743267 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4257  60 kDa inner membrane insertion protein  47.49 
 
 
545 aa  508  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000606394  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0004  inner membrane protein, 60 kDa  47.93 
 
 
541 aa  511  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3866  60 kDa inner membrane insertion protein  47.3 
 
 
542 aa  509  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  unclonable  0.00000398144 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4380  60 kDa inner membrane insertion protein  46.98 
 
 
541 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000064378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4325  YidC translocase/secretase  46.98 
 
 
541 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000679014  unclonable  0.00000000000486692 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4379  60 kDa inner membrane insertion protein  46.98 
 
 
541 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000322788  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3940  protein translocase subunit yidC  47.21 
 
 
541 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000301662  unclonable  0.0000000000640431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4063  60 kDa inner membrane insertion protein  46.15 
 
 
542 aa  504  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000239208  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4521  60 kDa inner membrane insertion protein  46.98 
 
 
541 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000305334  hitchhiker  0.000938862 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0006  protein translocase subunit yidC  47.57 
 
 
541 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000101193  unclonable  0.0000000000873101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4929  60 kDa inner membrane insertion protein  46.31 
 
 
544 aa  498  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000771873  unclonable  0.00000001353 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  47.63 
 
 
570 aa  499  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4002  60 kDa inner membrane insertion protein  46.85 
 
 
541 aa  500  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000355464  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4032  protein translocase subunit yidC  47.03 
 
 
541 aa  501  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000158142  hitchhiker  0.000218645 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0009  inner membrane protein, 60 kDa  48.02 
 
 
541 aa  497  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000942032  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  47.51 
 
 
545 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4293  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.89 
 
 
544 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.016276  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.88 
 
 
543 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.35 
 
 
543 aa  491  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0002  60 kDa inner membrane insertion protein  46.98 
 
 
544 aa  490  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000135714  unclonable  0.000000000155498 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  45.24 
 
 
545 aa  490  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  46.47 
 
 
547 aa  486  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.81 
 
 
543 aa  486  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4246  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.06 
 
 
546 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000142375  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4157  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.06 
 
 
546 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000113128  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3775  60 kDa inner membrane insertion protein  45.5 
 
 
541 aa  483  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000106175  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4182  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.06 
 
 
546 aa  484  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000773413  normal  0.0773458 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2600  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  47.02 
 
 
567 aa  480  1e-134  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.417089 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3318  protein translocase subunit YidC  47.54 
 
 
557 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0003  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.32 
 
 
541 aa  477  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0110357  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3611  60 kDa inner membrane insertion protein  47.15 
 
 
566 aa  477  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.34 
 
 
545 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4233  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.74 
 
 
548 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11489  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4176  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.74 
 
 
548 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  45.44 
 
 
562 aa  473  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03589  inner membrane protein translocase component YidC  45.1 
 
 
548 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.75257  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4261  YidC translocase/secretase  45.28 
 
 
548 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4054  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.74 
 
 
548 aa  472  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0899835  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5135  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.28 
 
 
548 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00207092  normal  0.0616185 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.74 
 
 
548 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4289  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.28 
 
 
548 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0759973  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3919  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.28 
 
 
548 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00313921  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03533  hypothetical protein  45.1 
 
 
548 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534027  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4215  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.28 
 
 
548 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000897196  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4072  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.28 
 
 
548 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131417  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4069  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.74 
 
 
548 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00340238  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.29 
 
 
541 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4220  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.1 
 
 
548 aa  468  9.999999999999999e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3074  hypothetical protein  45.6 
 
 
556 aa  466  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  51.16 
 
 
552 aa  467  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.78 
 
 
541 aa  465  9.999999999999999e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  43.29 
 
 
550 aa  464  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2197  60 kDa inner membrane insertion protein  46.63 
 
 
551 aa  463  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.297594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4149  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.1 
 
 
548 aa  465  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000105437  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2930  hypothetical protein  45.25 
 
 
556 aa  461  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.17 
 
 
554 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.11 
 
 
552 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4312  60 kDa inner membrane insertion protein  43.06 
 
 
543 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.301696  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2122  inner membrane protein oxaA  42.25 
 
 
566 aa  459  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.17 
 
 
554 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2758  protein translocase subunit yidC  47.34 
 
 
552 aa  456  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.174551  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.61 
 
 
550 aa  458  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.93 
 
 
553 aa  455  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.59 
 
 
552 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0201  60 kDa inner membrane protein  41.99 
 
 
566 aa  455  1.0000000000000001e-126  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.09 
 
 
557 aa  448  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.63 
 
 
558 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.46 
 
 
558 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.46 
 
 
558 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00436  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.96 
 
 
540 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002016  OxaI/YidC membrane insertion protein  44.6 
 
 
540 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000829805  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.46 
 
 
558 aa  445  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3181  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.53 
 
 
553 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.46 
 
 
558 aa  445  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.46 
 
 
558 aa  445  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.46 
 
 
558 aa  445  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6520  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.72 
 
 
555 aa  444  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2549  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.53 
 
 
552 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3163  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.53 
 
 
552 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.133827  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.63 
 
 
554 aa  445  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.11 
 
 
554 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>