173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5436 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5735  F0F1 ATP synthase subunit C  100 
 
 
85 aa  157  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000209098  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5205  F0F1 ATP synthase subunit C  100 
 
 
85 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.158761  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5436  F0F1 ATP synthase subunit C  100 
 
 
85 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73300  F0F1 ATP synthase subunit C  100 
 
 
85 aa  157  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.731054  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6361  F0F1 ATP synthase subunit C  100 
 
 
85 aa  157  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5418  F0F1 ATP synthase subunit C  100 
 
 
85 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.651641  hitchhiker  0.000148826 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5300  F0F1 ATP synthase subunit C  100 
 
 
85 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.371709  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5604  ATP synthase F0, C subunit  98.82 
 
 
85 aa  156  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5126  F0F1 ATP synthase subunit C  98.82 
 
 
85 aa  156  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00154985  normal  0.574958 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4467  F0F1 ATP synthase subunit C  95.29 
 
 
85 aa  150  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  5.00836e-05  hitchhiker  1.17641e-09 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0007  F0F1 ATP synthase subunit C  90 
 
 
81 aa  139  9e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.316069  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3289  ATP synthase F0, C subunit  92.31 
 
 
82 aa  137  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.524691  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3310  F0F1 ATP synthase subunit C  83.53 
 
 
89 aa  136  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.48515  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2915  F0F1 ATP synthase subunit C  88.75 
 
 
91 aa  136  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3058  F0F1 ATP synthase subunit C  88.75 
 
 
91 aa  136  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3850  F0F1 ATP synthase subunit C  89.87 
 
 
83 aa  134  3e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0401321  hitchhiker  2.55174e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4903  F0F1 ATP synthase subunit C  89.87 
 
 
83 aa  134  3e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  8.64371e-08  normal  0.254622 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4050  F0F1 ATP synthase subunit C  89.87 
 
 
83 aa  134  3e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4491  F0F1 ATP synthase subunit C  89.87 
 
 
83 aa  134  3e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000555437  hitchhiker  4.7604e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4371  F0F1 ATP synthase subunit C  88.61 
 
 
83 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.50209e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4370  F0F1 ATP synthase subunit C  88.61 
 
 
83 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00324113  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3930  F0F1 ATP synthase subunit C  88.61 
 
 
83 aa  134  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0039435  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4022  F0F1 ATP synthase subunit C  88.61 
 
 
83 aa  134  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0586605  normal  0.864238 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4135  F0F1 ATP synthase subunit C  88.61 
 
 
83 aa  134  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.0467e-05  hitchhiker  0.00469633 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4512  F0F1 ATP synthase subunit C  88.61 
 
 
83 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00265019  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4315  F0F1 ATP synthase subunit C  88.61 
 
 
83 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0295154  hitchhiker  6.18272e-11 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4752  F0F1 ATP synthase subunit C  88.61 
 
 
83 aa  134  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3757  F0F1 ATP synthase subunit C  87.34 
 
 
83 aa  133  7e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00912084  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3649  F0F1 ATP synthase subunit C  87.34 
 
 
83 aa  132  1e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.88902e-06  unclonable  6.52587e-06 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2523  F0F1 ATP synthase subunit C  78.82 
 
 
85 aa  132  2e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.05757e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2874  F0F1 ATP synthase subunit C  83.95 
 
 
95 aa  130  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.629267  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3064  F0F1 ATP synthase subunit C  76.47 
 
 
85 aa  129  1e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4245  F0F1 ATP synthase subunit C  74.12 
 
 
85 aa  128  2e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.28569e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3961  F0F1 ATP synthase subunit C  73.49 
 
 
84 aa  127  5e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.418687  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00427  F0F1 ATP synthase subunit C  77.11 
 
 
84 aa  127  5e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002025  ATP synthase C chain  77.11 
 
 
84 aa  127  5e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.13686e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4109  ATP synthase F0, C subunit  82.5 
 
 
86 aa  126  1e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.10329e-14  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3735  F0F1 ATP synthase subunit C  71.08 
 
 
85 aa  121  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.246424  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04088  F0F1 ATP synthase subunit C  85.07 
 
 
73 aa  108  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0194198  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2029  F0F1 ATP synthase subunit C  73.68 
 
 
82 aa  105  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  9.4823e-07  normal  0.0236487 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2332  F0F1 ATP synthase subunit C  73.68 
 
 
82 aa  105  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  5.0881e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0303  F0F1 ATP synthase subunit C  62.5 
 
 
82 aa  103  8e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073525 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0057  F0F1 ATP synthase subunit C  76.39 
 
 
78 aa  103  8e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0415  F0F1 ATP synthase subunit C  62.5 
 
 
82 aa  103  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233607  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0298  F0F1 ATP synthase subunit C  62.5 
 
 
82 aa  103  8e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104912  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0475  F0F1 ATP synthase subunit C  60.24 
 
 
89 aa  102  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0683379  normal  0.590226 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0188  F0F1 ATP synthase subunit C  74.32 
 
 
81 aa  102  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450666 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0250  F0F1 ATP synthase subunit C  62.5 
 
 
82 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.436131  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0367  F0F1 ATP synthase subunit C  61.25 
 
 
82 aa  102  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.467812  normal  0.384137 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2435  F0F1 ATP synthase subunit C  77.78 
 
 
95 aa  101  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.170568  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0192  F0F1 ATP synthase subunit C  61.25 
 
 
82 aa  100  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0322  F0F1 ATP synthase subunit C  61.25 
 
 
82 aa  99.8  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199474  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0111  F0F1 ATP synthase subunit C  60.76 
 
 
81 aa  98.6  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00023938  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4300  F0F1 ATP synthase subunit C  70.67 
 
 
82 aa  99.4  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00293753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0210  F0F1 ATP synthase subunit C  59.49 
 
 
81 aa  98.2  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3971  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
81 aa  95.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000527403  normal  0.270101 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4875  ATP synthase F0, C subunit  57.32 
 
 
87 aa  94.7  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4612  F0F1 ATP synthase subunit C  68.12 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52210  F0F1 ATP synthase subunit C  65.22 
 
 
78 aa  89  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1701  F0F1 ATP synthase subunit C  75 
 
 
84 aa  89.4  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.156279  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2802  F0F1 ATP synthase subunit C  60.53 
 
 
79 aa  89  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0121478  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0181  ATP synthase C chain  57.32 
 
 
100 aa  88.6  3e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2143  ATP synthase F0, C subunit  57.32 
 
 
100 aa  88.6  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3531  F0F1 ATP synthase subunit C  61.25 
 
 
82 aa  87.4  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0499158 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0305  F0F1 ATP synthase subunit C  55.26 
 
 
90 aa  83.6  9e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.26733e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2749  F0F1 ATP synthase subunit C  51.95 
 
 
90 aa  82.4  2e-15  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  3.57567e-05  normal  0.274405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0367  ATP synthase F0, C subunit  58.57 
 
 
79 aa  80.9  6e-15  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0035  F0F1 ATP synthase subunit C  56.45 
 
 
89 aa  78.6  2e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00371718  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3899  F0F1 ATP synthase subunit C  56.45 
 
 
89 aa  78.6  2e-14  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3032  F0F1 ATP synthase subunit C  56.45 
 
 
89 aa  78.6  2e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3283  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  78.2  3e-14  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145633  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0101  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  78.2  3e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0516883  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0101  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  78.2  3e-14  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038759  normal  0.45527 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2954  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  78.2  3e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0321314  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0092  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  78.2  3e-14  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0244335  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2330  ATP synthase F0, C subunit  46.99 
 
 
95 aa  78.6  3e-14  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  2.2409e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0117  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  78.2  3e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0655738  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0101  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  77.8  4e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00960613  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3360  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  77.8  4e-14  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.724162  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1592  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  77.8  4e-14  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000141292  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0184  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  77.8  4e-14  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65998  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3973  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  77.8  4e-14  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4047  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  77.8  4e-14  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3313  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  77.8  4e-14  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00620783  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2952  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  77.8  4e-14  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.355057  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3010  F0F1 ATP synthase subunit C  54.84 
 
 
89 aa  77.8  4e-14  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154235  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3079  ATP synthase F0, C subunit  44.3 
 
 
94 aa  76.3  1e-13  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0268592  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2592  ATP synthase F0, C subunit  67.86 
 
 
78 aa  76.3  1e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.130399  normal  0.0749616 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2170  ATP synthase F0, C subunit  49.37 
 
 
94 aa  75.9  2e-13  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.56588e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3516  F0F1 ATP synthase subunit C  55.13 
 
 
101 aa  74.3  5e-13  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.599302  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2812  ATP synthase F0, C subunit  48.72 
 
 
84 aa  73.6  9e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0167468  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3208  ATP synthase F0, C subunit  48.72 
 
 
84 aa  73.6  9e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.021594  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0429  F0F1 ATP synthase subunit C  54.79 
 
 
101 aa  72.8  1e-12  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00232109  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0021  F0F1 ATP synthase subunit C  53.33 
 
 
88 aa  72.4  2e-12  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.055957  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3322  F0F1 ATP synthase subunit C  53.33 
 
 
88 aa  72  2e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000187922  normal  0.119264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3499  F0F1 ATP synthase subunit C  53.33 
 
 
88 aa  72.4  2e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  8.82586e-05  normal  0.140355 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0490  F0F1 ATP synthase subunit C  54.79 
 
 
101 aa  72.8  2e-12  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0179302  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3192  F0F1 ATP synthase subunit C  53.33 
 
 
88 aa  72  2e-12  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3517  F0F1 ATP synthase subunit C  53.33 
 
 
88 aa  72  2e-12  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.10932  hitchhiker  5.03051e-05 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0017  F0F1 ATP synthase subunit C  53.33 
 
 
88 aa  71.6  3e-12  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  2.82355e-10  hitchhiker  0.000204433 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>