144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5319 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5319  cytochrome c5  100 
 
 
140 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.241325 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5177  cytochrome c5  97.86 
 
 
140 aa  258  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.129919  normal  0.155967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0203  cytochrome c5  96.43 
 
 
140 aa  257  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.768078  hitchhiker  0.00155687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5522  cytochrome c5  89.71 
 
 
138 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5267  cytochrome c5  97.52 
 
 
121 aa  220  6e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0249  cytochrome c5-like protein  75.18 
 
 
136 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47940  cytochrome c5 protein  70.15 
 
 
134 aa  179  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6074  cytochrome c5  72.54 
 
 
142 aa  165  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69970  cytochrome c5  71.54 
 
 
136 aa  157  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0106  cytochrome c5  68.75 
 
 
107 aa  123  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0239  cytochrome c5  67.5 
 
 
107 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  43.28 
 
 
137 aa  114  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00078  cytochrome c5  44.44 
 
 
135 aa  103  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  40.3 
 
 
136 aa  102  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2655  hypothetical protein  39.26 
 
 
142 aa  96.7  9e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2786  hypothetical protein  39.26 
 
 
142 aa  96.3  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  34.29 
 
 
145 aa  88.2  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  40.14 
 
 
135 aa  88.2  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  40.71 
 
 
134 aa  87.8  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  41.86 
 
 
112 aa  79  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0180  cytochrome c, class I  47.44 
 
 
97 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.245077  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  34.75 
 
 
137 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  40.54 
 
 
131 aa  76.6  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3726  cytochrome c, class I  46.84 
 
 
99 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.334938  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4023  cytochrome c class I  44.3 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000136046  hitchhiker  0.0000237935 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0229  cytochrome c class I  44.3 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000024603  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0191  cytochrome c, class I  50 
 
 
97 aa  74.7  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000235852  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0229  cytochrome c class I  44.3 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000537114  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  39.62 
 
 
135 aa  75.1  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  48.61 
 
 
97 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  35.29 
 
 
185 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3568  cytochrome c, class I  45.95 
 
 
97 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.199847  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0232  cytochrome c class I  44.3 
 
 
99 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000496502  normal  0.108907 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0232  cytochrome c, class I  44.3 
 
 
99 aa  72  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113447  unclonable  0.0000000000238576 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0227  cytochrome c, class I  44.3 
 
 
99 aa  72  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.495989  hitchhiker  0.00493696 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0232  cytochrome c, class I  44.3 
 
 
99 aa  72  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0199425  unclonable  0.0000000000331566 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0264  cytochrome c  44.3 
 
 
99 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2849  cytochrome c family protein  40 
 
 
95 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000128252  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  36.04 
 
 
223 aa  69.3  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0246  cytochrome c  42.17 
 
 
97 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00117918  normal  0.0109237 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  35.04 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3332  cytochrome c-type protein  40.23 
 
 
96 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2981  cytochrome c-type protein  42.31 
 
 
95 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  40.62 
 
 
148 aa  67.8  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  48.61 
 
 
97 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5103  cytochrome c-type protein  42.11 
 
 
100 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.100412 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  34.26 
 
 
273 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0156  cytochrome c5-like protein  36.46 
 
 
96 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  34.65 
 
 
206 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  47.76 
 
 
266 aa  64.7  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  44.44 
 
 
97 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0125  cytochrome c-type protein  40.79 
 
 
100 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0350268  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0142  cytochrome c5-like protein  40.79 
 
 
100 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228578  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  31.47 
 
 
297 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  38.66 
 
 
167 aa  64.3  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  42.25 
 
 
230 aa  63.5  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0140  cytochrome c-type protein  39.47 
 
 
100 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  34.78 
 
 
287 aa  62.8  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  30.77 
 
 
302 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72470  putative cytochrome  40.54 
 
 
97 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.240625  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  30.77 
 
 
302 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6290  putative cytochrome  40.54 
 
 
97 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.594105  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4130  cytochrome c class I  44.71 
 
 
350 aa  62.8  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4983  cytochrome c, class I  35.78 
 
 
183 aa  62.8  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  46.15 
 
 
537 aa  61.6  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  46.15 
 
 
537 aa  61.6  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  31.82 
 
 
216 aa  61.6  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0054  cytochrome c-type protein  40 
 
 
90 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  53.03 
 
 
293 aa  61.6  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  28.67 
 
 
298 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0286  putative cytochrome c, class I  37.21 
 
 
111 aa  59.3  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.721199 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0971  hypothetical protein  40.79 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  42.25 
 
 
382 aa  58.5  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  32.87 
 
 
300 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  32.17 
 
 
299 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  32.17 
 
 
299 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  29.37 
 
 
296 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  40.28 
 
 
299 aa  57.8  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  32.17 
 
 
299 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  32.17 
 
 
299 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  32.17 
 
 
299 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1307  cytochrome c class I  35.19 
 
 
174 aa  57.4  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466199 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2493  cytochrome c(mono-heme type)  40.28 
 
 
120 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0117122  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  32.62 
 
 
275 aa  57  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  39.56 
 
 
103 aa  57  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0164  cytochrome c class I  30.07 
 
 
295 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  45.45 
 
 
288 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2904  cytochrome c, class I  30.07 
 
 
295 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70340  putative cytochrome c(mono-heme type)  37.5 
 
 
129 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0151  cytochrome c, class I  30.07 
 
 
295 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  37.33 
 
 
141 aa  56.6  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  31.47 
 
 
299 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  38.46 
 
 
319 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0208  cytochrome c, class I  45.76 
 
 
180 aa  55.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  26.57 
 
 
300 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0083  putative cytochrome c  40.91 
 
 
184 aa  55.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0941  hypothetical protein  39.47 
 
 
135 aa  55.5  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0095  cytochrome c family protein  31.94 
 
 
129 aa  54.3  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2000  cytochrome c, class I  27.03 
 
 
192 aa  53.9  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0804521  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  35.62 
 
 
131 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>