More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5269 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  97.84 
 
 		 370 aa  717    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 370 aa  734    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  97.57 
 
 		 370 aa  717    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5443  hypothetical protein  82.8 
 
 		 372 aa  598  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00889571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  51.62 
 
 		 373 aa  382  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1496  ABC-2 type transporter  51.65 
 
 		 382 aa  378  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.679397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2362  ABC-2 type transporter  51.92 
 
 		 382 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0759041  normal  0.863187 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2685  hypothetical protein  52.16 
 
 		 373 aa  369  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  50.94 
 
 		 376 aa  370  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0758  ABC-2 type transporter  53.12 
 
 		 376 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0988  hypothetical protein  51.36 
 
 		 374 aa  365  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.564547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3789  ABC-2 type transporter  50.54 
 
 		 390 aa  366  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3418  ABC-2 type transporter  51.89 
 
 		 373 aa  366  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16770  ABC-2 type transporter, permease component  51.21 
 
 		 372 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00841824  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2181  ABC-2 type transporter  51.08 
 
 		 374 aa  364  2e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64312  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  50.4 
 
 		 375 aa  362  4e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1683  multidrug ABC transporter permease component  49.06 
 
 		 397 aa  358  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0017586  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  50.54 
 
 		 379 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  48.38 
 
 		 373 aa  355  5.999999999999999e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0171  hypothetical protein  50.95 
 
 		 375 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1825  ABC-2 type transporter  50.41 
 
 		 370 aa  354  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0526143  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  48.91 
 
 		 398 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0166  hypothetical protein  51.21 
 
 		 374 aa  352  7e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154077 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03335  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.46 
 
 		 374 aa  351  1e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0229  ABC-2 type transporter  49.46 
 
 		 374 aa  351  1e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03287  hypothetical protein  49.46 
 
 		 374 aa  351  1e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3837  ABC transporter, ATP-binding protein  49.46 
 
 		 374 aa  351  1e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3967  ABC transporter, ATP-binding protein  49.19 
 
 		 374 aa  350  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3774  ABC transporter, ATP-binding protein  49.19 
 
 		 374 aa  350  2e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3684  ABC transporter, ATP-binding protein  49.46 
 
 		 374 aa  350  3e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0230  ABC-2 type transporter  49.46 
 
 		 374 aa  350  3e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4830  ABC transporter, ATP-binding protein  49.46 
 
 		 374 aa  350  3e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  51.49 
 
 		 393 aa  348  7e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0811  ABC-2 type transporter  47.7 
 
 		 375 aa  348  8e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0315  ABC-2 type transporter  52.15 
 
 		 374 aa  347  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  48.64 
 
 		 399 aa  348  1e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  48.64 
 
 		 399 aa  348  1e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1349  ABC transporter, permease protein, putative  49.59 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  49.46 
 
 		 374 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  49.46 
 
 		 374 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3854  ABC transporter ATP-binding protein  49.46 
 
 		 374 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3957  ABC transporter ATP-binding protein  49.19 
 
 		 374 aa  346  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4914  ABC-2 type transporter  50.68 
 
 		 370 aa  345  5e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3787  ABC transporter, ATP-binding protein  49.19 
 
 		 374 aa  345  8.999999999999999e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3777  ABC transporter ATP-binding protein  49.19 
 
 		 374 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.439357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1307  putative ABC transporter, permease protein  49.04 
 
 		 370 aa  343  2e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3897  ABC transporter ATP-binding protein  48.92 
 
 		 374 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0626  ABC-2 type transporter  49.19 
 
 		 373 aa  342  4e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1150  ABC-2 type transporter  48.25 
 
 		 412 aa  342  5e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.13202  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0437  ABC transporter, permease  48.38 
 
 		 374 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2341  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  49.19 
 
 		 374 aa  341  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1040  ABC transporter, permease  48.38 
 
 		 374 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4687  ABC-2 type transporter  49.59 
 
 		 370 aa  340  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.696171  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1742  ABC-2 type transporter  47.14 
 
 		 401 aa  340  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338931 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2777  ABC-type multidrug transport system, permease component  48.11 
 
 		 374 aa  338  8e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2634  ABC transporter, permease protein  48.11 
 
 		 374 aa  338  8e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  49.86 
 
 		 375 aa  337  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0138  ABC transporter, permease  48.11 
 
 		 374 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1308  ABC transporter, permease protein  48.11 
 
 		 374 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0164  ABC transporter, permease protein  48.11 
 
 		 374 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0920361  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7848  putative ABC transporter (permease protein)  50.82 
 
 		 376 aa  335  5.999999999999999e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00792305  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2949  ABC-2 type transporter  50.28 
 
 		 382 aa  331  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5749  ABC-2 type transporter  47.28 
 
 		 375 aa  330  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9218  ABC transporter  44.12 
 
 		 374 aa  327  2.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3576  hypothetical protein  47.01 
 
 		 370 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0080  ABC-2 type transporter  48.04 
 
 		 379 aa  324  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0879828  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6205  ABC-2 type transporter  48.12 
 
 		 374 aa  322  6e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.261883 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  47.03 
 
 		 371 aa  322  7e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1431  hypothetical protein  48.92 
 
 		 371 aa  322  7e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1562  ABC-2 type transporter  43.94 
 
 		 374 aa  318  1e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.986622  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3879  ABC transporter  48.99 
 
 		 350 aa  315  7e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5884  ABC-2 type transporter  49.19 
 
 		 374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3659  putative ABC transporter (permease protein)  47.79 
 
 		 370 aa  312  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00759514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  43.96 
 
 		 373 aa  310  2e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0019  ABC-2 type transporter  45.16 
 
 		 373 aa  310  2.9999999999999997e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1613  ABC-2 type transporter  45.58 
 
 		 374 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4663  hypothetical protein  48.1 
 
 		 370 aa  298  9e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  42.55 
 
 		 374 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  41.3 
 
 		 374 aa  276  5e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  41.03 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  30.05 
 
 		 381 aa  179  8e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  27.68 
 
 		 377 aa  145  9e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  30.1 
 
 		 377 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  29.23 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  29.23 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  32.05 
 
 		 376 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  29.12 
 
 		 368 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.12 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  29.12 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  29.12 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  29.12 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  27.67 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  29.12 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  29.12 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  29.12 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  29.12 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  29.18 
 
 		 376 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1283  ABC-2 type transporter  27.2 
 
 		 368 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  29.38 
 
 		 376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  27.69 
 
 		 376 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>