More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5268 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9217  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  53.74 
 
 		 913 aa  949    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.808205  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03336  fused ribosome-associated ATPase: ATP-binding protein/ATP-binding protein/predicted membrane protein  53.96 
 
 		 911 aa  967    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0228  ABC transporter related protein  53.96 
 
 		 911 aa  967    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2950  ABC transporter related  55.2 
 
 		 943 aa  965    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4845  ABC transporter related  54.5 
 
 		 928 aa  959    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.771087  normal  0.268191 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2686  ABC transporter, ATP-binding protein  55.83 
 
 		 930 aa  973    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3685  ABC transporter, ATP binding protein  53.85 
 
 		 911 aa  963    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5207  ABC transporter permease/ATP-binding protein  96.8 
 
 		 906 aa  1772    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468455  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0555  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  56.52 
 
 		 907 aa  961    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3446  ABC transporter related  52.38 
 
 		 922 aa  900    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1350  ABC transporter, ATP binding/permease protein  52.99 
 
 		 922 aa  955    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0749  ABC transporter related  55.41 
 
 		 904 aa  954    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118496  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3968  ABC transporter, ATP binding protein  53.96 
 
 		 911 aa  966    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4831  ABC transporter, ATP binding protein  53.85 
 
 		 911 aa  963    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0987  ABC-2:ABC transporter related  56.66 
 
 		 920 aa  1022    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.149444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0316  ABC transporter related  57.22 
 
 		 901 aa  993    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1824  ABC transporter related  52.43 
 
 		 926 aa  944    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5442  ABC transporter-like  80.26 
 
 		 906 aa  1454    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350358 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3159  ABC transporter, 2 fused ATPase and 1 inner membrane subunits  53.1 
 
 		 901 aa  903    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.827226  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1151  ABC transporter related  54.22 
 
 		 994 aa  942    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.64731  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3880  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  51.86 
 
 		 914 aa  897    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.859575  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  55.3 
 
 		 914 aa  987    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2180  ABC transporter related  52.73 
 
 		 927 aa  927    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3898  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.49 
 
 		 913 aa  986    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0810  ABC transporter related  54.24 
 
 		 932 aa  982    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0500  ABC transporter related  54.59 
 
 		 912 aa  936    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16780  ABC transporter, ATP binding/permease hybrid protein  54.71 
 
 		 911 aa  940    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200958  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3836  ABC transporter, ATP binding protein  53.73 
 
 		 911 aa  964    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.932304  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3790  ABC transporter related  52.33 
 
 		 912 aa  908    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0536  ABC transporter related  55.03 
 
 		 912 aa  962    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.94583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3660  ABC transporter permease ATP-binding protein  55.02 
 
 		 924 aa  963    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.388882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6206  ABC transporter related  51.42 
 
 		 936 aa  853    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.84654  normal  0.203674 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5268  ABC transporter related  100 
 
 		 906 aa  1827    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03288  hypothetical protein  53.96 
 
 		 911 aa  967    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0170  ABC-2 type transport system  54.86 
 
 		 925 aa  967    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.476544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3778  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.49 
 
 		 913 aa  985    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0174984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0210  ABC transporter related  56.32 
 
 		 916 aa  961    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3775  ABC transporter, ATP binding protein  53.96 
 
 		 911 aa  967    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7849  ABC transporter permease ATP-binding protein  55.13 
 
 		 915 aa  985    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0180786  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0170  response regulator receiver domain-containing protein  52.24 
 
 		 930 aa  881    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.696598  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3577  ABC transporter related  53.81 
 
 		 930 aa  926    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4664  ABC transporter related  54.51 
 
 		 927 aa  952    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.113948 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0167  response regulator receiver domain-containing protein  51.33 
 
 		 921 aa  902    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281851 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2340  ABC multidrug efflux pump, fused duplicated ATPase and inner membrane subunits  51.84 
 
 		 927 aa  885    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0626468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0081  ABC transporter related  57.35 
 
 		 911 aa  973    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111976  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1950  ABC transporter related  52.05 
 
 		 921 aa  926    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0565  ABC transporter related  54.48 
 
 		 912 aa  959    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1432  ABC transporter related  55.05 
 
 		 908 aa  927    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3216  hypothetical protein  52.42 
 
 		 901 aa  904    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.881603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1684  response regulator receiver domain-containing protein  51.6 
 
 		 919 aa  904    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00676218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0229  ABC transporter related  53.85 
 
 		 911 aa  963    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3855  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.6 
 
 		 913 aa  986    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1612  ABC transporter related  51.29 
 
 		 935 aa  925    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0759  ABC transporter related  53.55 
 
 		 918 aa  911    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3419  ABC transporter related  56.46 
 
 		 929 aa  970    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1561  ABC transporter related  51.31 
 
 		 918 aa  935    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4915  ABC transporter related  54.32 
 
 		 933 aa  967    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5750  ABC transporter related  50.75 
 
 		 942 aa  865    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69070  putative ATP-binding/permease fusion ABC transporter  56.31 
 
 		 916 aa  970    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5974  putative ABC transporter ATP-binding protein/permease  56.75 
 
 		 916 aa  987    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5883  ABC transporter related  51.15 
 
 		 942 aa  846    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4686  ABC transporter related  53.85 
 
 		 912 aa  919    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.248247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1743  ABC transporter related  55.2 
 
 		 917 aa  978    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00128073 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1497  ABC transporter related  52.07 
 
 		 936 aa  899    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0018  ABC transporter related  55.79 
 
 		 909 aa  973    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3788  ABC transporter, ATP binding protein  54.49 
 
 		 913 aa  986    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2361  ABC transporter related  51.96 
 
 		 936 aa  899    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0787622  normal  0.702477 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3896  ABC transporter related  53.32 
 
 		 901 aa  906    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.184002 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5115  ABC transporter related  97.02 
 
 		 906 aa  1778    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0438  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  58.04 
 
 		 1017 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0139  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  58.14 
 
 		 1071 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1309  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  58.14 
 
 		 1071 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2633  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  58.43 
 
 		 1066 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2776  response regulator receiver domain-containing protein  58.43 
 
 		 1089 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.591057  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1039  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  58.43 
 
 		 1082 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0165  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  58.14 
 
 		 1079 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243814  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1740  ABC transporter related  41.16 
 
 		 593 aa  402  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733872  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2905  ABC transporter related  40.35 
 
 		 512 aa  376  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.725658  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3106  ABC transporter related  41.7 
 
 		 510 aa  373  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1779  ABC transporter, ATPase subunit  40.5 
 
 		 579 aa  357  5e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3251  ABC transporter related  39.06 
 
 		 581 aa  356  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4697  ABC transporter related  39.05 
 
 		 582 aa  354  4e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.793973  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3038  ABC transporter related  38.11 
 
 		 588 aa  344  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2813  ABC transporter, ATP-binding protein  37.34 
 
 		 580 aa  336  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2901  ABC transporter related  37.34 
 
 		 580 aa  336  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3001  ABC transporter related  38.05 
 
 		 585 aa  323  9.000000000000001e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0350  ABC transporter, ATP-binding protein  32.24 
 
 		 541 aa  313  1e-83  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  32.2 
 
 		 1106 aa  302  2e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0260  ABC transporter, ATP-binding protein  32.42 
 
 		 551 aa  272  2.9999999999999997e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  30.16 
 
 		 691 aa  267  8e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1135  hypothetical protein  36.16 
 
 		 384 aa  252  3e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0130  ABC transporter related  45.52 
 
 		 576 aa  241  6.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3706  ABC transporter related  45.04 
 
 		 594 aa  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2369  ABC transporter related  44.83 
 
 		 575 aa  238  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.296305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0809  ABC transporter-related protein  44.36 
 
 		 257 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1134  ABC transporter related  43.56 
 
 		 651 aa  235  3e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1761  ABC transporter related  50.87 
 
 		 322 aa  233  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.726529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1304  ABC transporter related  43.73 
 
 		 590 aa  233  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8103  ABC transporter related  44.24 
 
 		 578 aa  232  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2108  ABC transporter related  50.21 
 
 		 325 aa  230  7e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.947862  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>