More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5108 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5057  M24/M37 family peptidase  97.95 
 
 
438 aa  780    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0332  peptidase M23B  78.03 
 
 
434 aa  665    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5108  peptidase M23B  100 
 
 
438 aa  873    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0408  peptidase M23B  92.01 
 
 
428 aa  765    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.37343 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4930  peptidase M23B  97.95 
 
 
438 aa  773    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4886  peptidase M23B  75.17 
 
 
441 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5328  peptidase, M23/M37 family  74.2 
 
 
440 aa  625  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4247  peptidase M23B  67.96 
 
 
416 aa  564  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.843239  normal  0.0136995 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67790  putative membrane-bound metallopeptidase  67.86 
 
 
428 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498493  normal  0.610112 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04650  Peptidase M23B family  55.79 
 
 
420 aa  436  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5867  peptidase M23B  69.91 
 
 
232 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.452017  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0493  ATPase  32.56 
 
 
374 aa  230  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0042  peptidase M23B  36.48 
 
 
362 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4392  M23/27 family peptidase  32.5 
 
 
411 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4333  peptidase M23B  36.48 
 
 
362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0046  peptidase M23B  35.96 
 
 
362 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  unclonable  0.0000129234 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0046  Peptidase M23  35.96 
 
 
362 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0042  peptidase M23B  33.41 
 
 
377 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701038  hitchhiker  0.00314235 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0050  peptidase M23B  33.41 
 
 
377 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000146051 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0039  peptidase M23B  32.27 
 
 
377 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3807  peptidase M23B  32.94 
 
 
361 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.759615  normal  0.544086 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3167  peptidase M23B  30.58 
 
 
366 aa  212  9e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.413148  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0059  M24/M37 family peptidase  33.8 
 
 
378 aa  211  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88686  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4218  peptidase M23B  33.07 
 
 
377 aa  210  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0048  M24/M37 family peptidase  35.86 
 
 
344 aa  209  6e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1721  M23 peptidase domain-containing protein  32.25 
 
 
369 aa  207  2e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0450  non-proteolytic protein, peptidase family M23  32.02 
 
 
413 aa  206  9e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0993471  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3610  peptidase M23B  35.5 
 
 
363 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1120  peptidase M23B  38.58 
 
 
398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2534  peptidase family M23/M37 domain-containing protein  32.48 
 
 
381 aa  199  9e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.286478  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3699  peptidase M23B  32.12 
 
 
379 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4022  peptidase M23B  34.12 
 
 
377 aa  197  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4878  peptidase M23B  31.05 
 
 
378 aa  196  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0724  peptidase M23B  32.69 
 
 
379 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2393  M23 family peptidase  31.52 
 
 
412 aa  192  7e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.825234 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4365  hypothetical protein  32.64 
 
 
433 aa  192  9e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2189  peptidase M23B  31.14 
 
 
426 aa  191  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0609  peptidase M23B  31.96 
 
 
477 aa  190  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.802252  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5868  hypothetical protein  76.52 
 
 
117 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00544  peptidase, M23/M37 family protein  31.6 
 
 
387 aa  187  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4084  hypothetical protein  31.26 
 
 
433 aa  186  7e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2253  hypothetical protein  31.25 
 
 
436 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.945563  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2161  peptidase M23  31.48 
 
 
436 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00288344  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002242  membrane-bound metallopeptidase  31.74 
 
 
375 aa  183  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0177  hypothetical protein  30.23 
 
 
424 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1211  Fis family transcriptional regulator  32.49 
 
 
382 aa  178  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00126  peptidase  31.07 
 
 
382 aa  177  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3287  Peptidase M23  58.91 
 
 
405 aa  177  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3950  hypothetical protein  32.43 
 
 
419 aa  177  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.50769 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3212  peptidase M23B  31.84 
 
 
417 aa  176  7e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.321571  normal  0.507005 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0092  Peptidase M23  32.2 
 
 
419 aa  176  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3825  hypothetical protein  32.2 
 
 
427 aa  176  8e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4117  hypothetical protein  32.2 
 
 
427 aa  176  8e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4986  hypothetical protein  32.2 
 
 
419 aa  176  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0095  hypothetical protein  32.2 
 
 
427 aa  176  8e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03471  protease with a role in cell division  31.59 
 
 
419 aa  176  9e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03422  hypothetical protein  31.59 
 
 
419 aa  176  9e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3985  hypothetical protein  30.07 
 
 
427 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.910741 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3904  hypothetical protein  30.68 
 
 
427 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3923  hypothetical protein  30.68 
 
 
427 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4091  hypothetical protein  30.68 
 
 
427 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4041  hypothetical protein  32.27 
 
 
427 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0045  peptidase M23B  31.64 
 
 
387 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4142  hypothetical protein  31.34 
 
 
456 aa  173  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2569  peptidase M23B  33.64 
 
 
405 aa  173  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0139547 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0068  hypothetical protein  31.34 
 
 
456 aa  173  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0074  hypothetical protein  31.34 
 
 
456 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0122  hypothetical protein  31.25 
 
 
427 aa  169  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4030  hypothetical protein  30.68 
 
 
427 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2736  peptidase family protein  28.47 
 
 
382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0304965  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03546  M23 peptidase domain protein  35.85 
 
 
411 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2804  putative exported peptidase  27.98 
 
 
381 aa  162  9e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3942  hypothetical protein  29.98 
 
 
424 aa  161  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4820  hypothetical protein  28.94 
 
 
444 aa  159  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.369351  hitchhiker  0.000265912 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4471  peptidase M23B  48.82 
 
 
377 aa  157  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211003  hitchhiker  0.0000159575 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1545  Peptidase M23  46.88 
 
 
481 aa  151  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360983  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0538  hypothetical protein  27.44 
 
 
380 aa  150  6e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1289  peptidase M23B  25.23 
 
 
397 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0135605  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1773  M23/M37 peptidase domain-containing protein  25.83 
 
 
391 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00471646  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2410  peptidase M23B  26.29 
 
 
404 aa  143  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000521707  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1443  hypothetical protein  27.44 
 
 
410 aa  141  3e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1854  peptidase M23B  26.68 
 
 
394 aa  139  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00139977  normal  0.475417 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2994  Peptidase M23  25.28 
 
 
397 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.13009e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1921  Peptidase M23  25.28 
 
 
398 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000118753  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0303  Peptidase M23  50 
 
 
432 aa  138  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00113075 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1674  hypothetical protein  28.31 
 
 
388 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1934  peptidase M23B  25.32 
 
 
396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000344038  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3510  peptidase M23B  28.37 
 
 
397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0562  hypothetical protein  32.61 
 
 
380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2452  peptidase M23B  38.81 
 
 
430 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000046431  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0175  M23 family peptidase  27.11 
 
 
405 aa  125  2e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2021  Peptidase M23  43.85 
 
 
379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0712  peptidase M23B  32.99 
 
 
370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.483453  normal  0.143509 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0668  peptidase M23B  42.45 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.288255  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0702  Peptidase M23  42.45 
 
 
373 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0703  Peptidase M23  42.45 
 
 
372 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0683  Peptidase M23  25.05 
 
 
472 aa  109  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00295587 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0525  M23/M37 peptidase domain protein  25.05 
 
 
472 aa  109  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2905  Peptidase M23  24.38 
 
 
375 aa  105  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0202823  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1867  peptidase, M23/M37 family protein  22.49 
 
 
441 aa  104  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0957526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>