More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5096 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03756  GTP-binding protein  71.12 
 
 
607 aa  883    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4115  GTP-binding protein TypA  71.12 
 
 
607 aa  883    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0077  GTP-binding protein TypA  56.24 
 
 
602 aa  680    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0500  GTP-binding protein TypA  58.93 
 
 
598 aa  702    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5044  GTP-binding protein TypA  99.17 
 
 
606 aa  1231    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1918  putative GTP-binding elongation factor protein  58.24 
 
 
610 aa  708    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.23891  normal  0.145014 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0696  GTP-binding protein TypA  53.73 
 
 
615 aa  676    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2852  GTP-binding protein TypA  66.45 
 
 
606 aa  830    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.011881  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08221  tyrosine binding protein  54.08 
 
 
598 aa  645    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.848748  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1296  GTP-binding elongation factor protein  63.33 
 
 
606 aa  763    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609673  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4003  GTP-binding protein TypA  56.27 
 
 
614 aa  698    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449963  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0606  GTP-binding protein TypA  65.62 
 
 
605 aa  831    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226291  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0038  GTP-binding protein TypA  56.07 
 
 
602 aa  679    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.368844  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0473  elongation factor Tu family protein  55.61 
 
 
613 aa  687    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0307  GTP-binding protein TypA  66.61 
 
 
609 aa  820    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0237117  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4408  virulence regulator BipA  67.61 
 
 
603 aa  837    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0361  GTP-binding protein TypA  90.92 
 
 
606 aa  1143    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3868  GTP-binding protein TypA  56.27 
 
 
614 aa  698    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3701  GTP-binding protein  56.27 
 
 
614 aa  698    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000145642  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0262  GTP-binding protein TypA  53.86 
 
 
607 aa  637    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.263497  normal  0.0373567 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3716  GTP-binding protein  56.27 
 
 
614 aa  697    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.134306  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1053  GTP-binding protein TypA  61.88 
 
 
608 aa  766    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2875  hypothetical protein  64.85 
 
 
608 aa  825    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2737  hypothetical protein  65.02 
 
 
608 aa  827    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4815  GTP-binding protein TypA  90.92 
 
 
606 aa  1138    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0339  putative regulatory protein TypA or elongation factor Tu  70.07 
 
 
615 aa  872    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.597633  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1998  GTP-binding protein TypA  58.09 
 
 
613 aa  715    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.472185  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4918  GTP-binding protein TypA  99.34 
 
 
606 aa  1231    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2021  GTP-binding protein TypA  61.98 
 
 
606 aa  761    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487667  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2558  GTP-binding protein TypA  57.8 
 
 
609 aa  707    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.551008  hitchhiker  0.00829209 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0772  GTP-binding protein TypA  60.33 
 
 
610 aa  751    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.260784 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1748  GTP-binding protein TypA  62.05 
 
 
608 aa  766    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.623717  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08211  tyrosine binding protein  53.66 
 
 
600 aa  642    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.96814  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1923  GTP-binding protein TypA  61.88 
 
 
608 aa  766    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289402  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0720  GTP-binding protein TypA  66.11 
 
 
609 aa  825    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000568805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0347  GTP-binding protein TypA  93.72 
 
 
606 aa  1166    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0999  GTP-binding protein TypA  61.88 
 
 
608 aa  766    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.191284  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1211  GTP-binding protein TypA  55.98 
 
 
602 aa  687    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000229587  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4648  GTP-binding protein TypA  60.83 
 
 
608 aa  756    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0457537  normal  0.313247 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1169  GTP-binding protein TypA  53.4 
 
 
615 aa  674    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0173416  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4008  GTP-binding protein TypA  58.6 
 
 
599 aa  694    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000475691  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1518  GTP-binding protein TypA  53.97 
 
 
608 aa  636    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.678291  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1243  GTP-binding protein TypA  53.68 
 
 
602 aa  639    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.590892 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3013  GTP-binding protein TypA  59.27 
 
 
598 aa  700    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00684443  normal  0.862296 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2008  GTP-binding protein TypA  58.35 
 
 
607 aa  708    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.511019 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0169  GTP-binding protein TypA  65.12 
 
 
607 aa  818    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4166  GTP-binding protein TypA  56.27 
 
 
614 aa  698    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00701473  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0006  GTP-binding protein TypA  51.5 
 
 
600 aa  635    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0770  tyrosine binding protein  53.91 
 
 
598 aa  644    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1007  GTP-binding protein TypA  55.06 
 
 
614 aa  664    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000478233  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1770  GTP-binding protein TypA  61.42 
 
 
603 aa  770    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0712941  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3506  GTP-binding protein TypA  59.3 
 
 
601 aa  700    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000140002  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2316  GTP-binding protein TypA  68.87 
 
 
609 aa  859    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3553  GTP-binding protein TypA  66.83 
 
 
607 aa  838    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.718809  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2557  GTP-binding protein TypA  61.72 
 
 
608 aa  765    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0153  GTP-binding protein TypA  61.49 
 
 
605 aa  762    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.143377  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3415  virulence regulator BipA  67.72 
 
 
604 aa  840    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.349187 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0637  GTP-binding protein TypA  51.74 
 
 
614 aa  659    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000155128  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1499  GTP-binding protein TypA  61.88 
 
 
608 aa  766    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.584386  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3380  GTP-binding protein TypA  57.99 
 
 
608 aa  700    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465428  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2137  GTP-binding protein TypA  57.52 
 
 
607 aa  705    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011912  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0511  regulatory protein TypA  71.12 
 
 
608 aa  886    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08241  tyrosine binding protein  54.25 
 
 
598 aa  646    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1259  GTP-binding protein TypA  60.96 
 
 
602 aa  732    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.273411 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2429  GTP-binding protein TypA  57.52 
 
 
607 aa  701    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456233  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2813  GTP-binding protein TypA  61.16 
 
 
608 aa  754    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.472576 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3455  GTP-binding protein TypA  67.28 
 
 
603 aa  830    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000132117  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3483  GTP-binding virulence regulator protein BipA  67.93 
 
 
607 aa  842    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.325344 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0239  GTP-binding protein TypA  71.05 
 
 
608 aa  891    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2746  GTP-binding protein TypA  56.51 
 
 
607 aa  679    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.163334  normal  0.214192 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0373  GTP-binding protein TypA  70.07 
 
 
615 aa  871    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0554499  normal  0.0314222 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2024  GTP-binding protein TypA  62.31 
 
 
607 aa  761    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.213403 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1771  GTP-binding protein TypA  62.05 
 
 
608 aa  766    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.374634  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0864  GTP-binding protein TypA  55.91 
 
 
593 aa  657    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0413  GTP-binding protein TypA  67.28 
 
 
603 aa  828    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1027  GTP-binding protein TypA  61.16 
 
 
608 aa  758    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1024  GTP-binding protein TypA  68.17 
 
 
623 aa  854    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4094  GTP-binding protein TypA  69.69 
 
 
607 aa  870    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0770  GTP-binding protein TypA  78.61 
 
 
603 aa  990    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.872449  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2027  GTP-binding protein TypA  54.23 
 
 
610 aa  648    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1744  GTP-binding protein TypA  54.23 
 
 
610 aa  648    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0417  GTP-binding protein  70 
 
 
616 aa  852    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0525699  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0167  GTP-binding protein TypA  61.88 
 
 
608 aa  766    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.139003  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0306  GTP-binding protein TypA  67.11 
 
 
603 aa  833    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.562357  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3718  GTP-binding protein TypA  67.11 
 
 
603 aa  833    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0941  GTP-binding protein TypA  66.45 
 
 
602 aa  839    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0324  GTP-binding protein TypA  66.61 
 
 
603 aa  826    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000010951  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0339  GTP-binding protein TypA  64.68 
 
 
608 aa  812    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0649933 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1389  GTP-binding protein TypA  60.83 
 
 
608 aa  755    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67560  GTP-binding protein TypA/BipA  80.97 
 
 
605 aa  1008    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.24734  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2298  membrane GTPase for stress response  53.72 
 
 
613 aa  667    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0807  stress response membrane GTPase  51.49 
 
 
611 aa  642    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0319085  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1181  stress response membrane GTPase  52.57 
 
 
618 aa  652    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0076831  hitchhiker  0.00656826 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4138  GTP-binding protein TypA  79.83 
 
 
606 aa  996    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.781613  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0771  GTP-binding protein TypA/BipA (tyrosine phosphorylated protein A)  56.6 
 
 
615 aa  695    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0726544  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1507  GTP-binding protein TypA  61.16 
 
 
608 aa  758    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1224  GTP-binding protein TypA  60.67 
 
 
605 aa  738    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1545  GTP-binding protein TypA  64.9 
 
 
611 aa  823    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0301  GTP-binding protein TypA  67.61 
 
 
603 aa  840    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567265 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0013  GTP-binding protein TypA/BipA  55.24 
 
 
602 aa  662    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>