More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5070 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0380  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  61.29 
 
 
638 aa  708  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5020  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  94.04 
 
 
638 aa  1107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  94.2 
 
 
638 aa  1110  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.291281  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0378  chemotaxis sensory transducer  69.44 
 
 
638 aa  737  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.68857  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5159  methyl-accepting chemotaxis protein  61.29 
 
 
638 aa  684  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
638 aa  1251  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0445  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  84.17 
 
 
638 aa  984  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.455391  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0905  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  52.94 
 
 
640 aa  594  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746842  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2616  methyl-accepting chemotaxis protein  52.91 
 
 
633 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00438795  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0728  chemotaxis sensory transducer  54.28 
 
 
639 aa  590  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1059  methyl-accepting chemotaxis protein  53.66 
 
 
629 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5160  methyl-accepting chemotaxis protein  55.25 
 
 
647 aa  583  1e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.391343  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2356  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  53.22 
 
 
619 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0809243  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5092  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  51.89 
 
 
640 aa  556  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5553  methyl-accepting chemotaxis protein  50.94 
 
 
640 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0379  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  53.55 
 
 
647 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.454626  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0778  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.43 
 
 
639 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66043 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4658  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.66 
 
 
639 aa  541  1e-152  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.415489  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.19 
 
 
639 aa  541  1e-152  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.35 
 
 
639 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.886367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3139  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.79 
 
 
640 aa  533  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753261  normal  0.0120166 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4895  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.69 
 
 
739 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247309  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5021  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.92 
 
 
647 aa  507  1e-142  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0828859  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67010  putative chemotaxis transducer  49.54 
 
 
647 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0444  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.62 
 
 
647 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.414929  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5811  putative chemotaxis transducer  49.92 
 
 
647 aa  482  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5071  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.47 
 
 
647 aa  482  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1254  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.99 
 
 
639 aa  448  1e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523103  normal  0.0331864 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2966  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.2 
 
 
642 aa  448  1e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.249585  normal  0.113943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3098  methyl-accepting chemotaxis protein  43.49 
 
 
642 aa  445  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.398555  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3680  methyl-accepting chemotaxis protein  44.06 
 
 
676 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1798  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.53 
 
 
681 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.381267 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1539  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.95 
 
 
626 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206608  normal  0.0710897 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1701  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.81 
 
 
650 aa  407  1e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.076135 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1426  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.11 
 
 
634 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  73.43 
 
 
285 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.553976  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4192  chemotaxis sensory transducer  39.66 
 
 
654 aa  346  8e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43220  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  39.3 
 
 
652 aa  325  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.625872 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2301  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.8 
 
 
632 aa  315  1e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1397  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.82 
 
 
646 aa  311  3e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3892  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.21 
 
 
646 aa  306  1e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.176231 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1672  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.58 
 
 
544 aa  306  1e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1819  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.91 
 
 
646 aa  304  4e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2091  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49 
 
 
541 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0447  chemotaxis sensory transducer  49.14 
 
 
541 aa  299  1e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0466  methyl-accepting chemotaxis protein  48.15 
 
 
541 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2263  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.56 
 
 
541 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2471  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49 
 
 
425 aa  295  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.817651  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2451  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.95 
 
 
655 aa  294  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.932747 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4706  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  48.66 
 
 
541 aa  292  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1427  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.85 
 
 
646 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0815522  normal  0.369158 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2268  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.56 
 
 
541 aa  291  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.255239  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3284  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.12 
 
 
522 aa  290  8e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.34 
 
 
637 aa  287  4e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0851  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.9 
 
 
674 aa  284  4e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.244273  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1630  chemotaxis sensory transducer  46.59 
 
 
541 aa  283  8e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0732  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.94 
 
 
555 aa  280  4e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.177926 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.66 
 
 
637 aa  281  4e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0317  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.14 
 
 
541 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  decreased coverage  3.42214e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3580  methyl-accepting chemotaxis protein  47.58 
 
 
546 aa  279  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3114  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  45.16 
 
 
541 aa  278  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.860602  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0340  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.14 
 
 
541 aa  277  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.582352  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1674  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.43 
 
 
543 aa  277  5e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2593  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.89 
 
 
540 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.591477 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0339  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.86 
 
 
541 aa  276  8e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.722367  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5279  putative chemotaxis transducer  45.45 
 
 
712 aa  274  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0493383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3351  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  47.01 
 
 
570 aa  274  5e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540062  normal  0.0241334 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4890  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.02 
 
 
541 aa  273  5e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.452969  normal  0.355365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4833  chemotaxis sensory transducer  47.43 
 
 
541 aa  273  7e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000956827  normal  0.082646 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2907  chemotaxis sensory transducer  46.65 
 
 
541 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.300582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3669  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.02 
 
 
716 aa  271  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170337  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61300  putative chemotaxis transducer  43.78 
 
 
712 aa  271  3e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.862971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.35 
 
 
638 aa  270  5e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1937  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.93 
 
 
541 aa  268  3e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.158854  normal  0.960341 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4463  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.85 
 
 
552 aa  266  6e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.43301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3279  methyl-accepting chemotaxis protein  47.18 
 
 
541 aa  266  6e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149652  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.47 
 
 
540 aa  266  7e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3666  chemotaxis transducer  47.98 
 
 
541 aa  266  9e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.260935  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
636 aa  266  1e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0868  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  45.4 
 
 
546 aa  266  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.872643 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4141  chemotaxis transducer  45.95 
 
 
541 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4715  chemotaxis sensory transducer  43.18 
 
 
713 aa  264  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233277  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.24 
 
 
634 aa  264  5e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0157  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.84 
 
 
646 aa  263  6e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.805637  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2634  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  46.29 
 
 
542 aa  262  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.917034  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0580  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.63 
 
 
679 aa  262  1e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1998  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.51 
 
 
714 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0164438 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43710  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  47.85 
 
 
541 aa  262  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0931  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.25 
 
 
541 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.476721 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.54 
 
 
541 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0921  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.69 
 
 
541 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3441  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.54 
 
 
541 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.41 
 
 
523 aa  258  3e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0712  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.81 
 
 
624 aa  256  7e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  43.52 
 
 
634 aa  256  7e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3184  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.54 
 
 
541 aa  256  8e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799555  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0712  chemotaxis sensory transducer  43.58 
 
 
541 aa  254  3e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  5.66108e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4541  methyl-accepting chemotaxis protein  40.14 
 
 
541 aa  254  4e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.726322  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1491  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.82 
 
 
539 aa  253  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3705  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.78 
 
 
541 aa  253  8e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0963791  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>