More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5031 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  100 
 
 		 183 aa  355  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  96.72 
 
 		 183 aa  350  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  96.17 
 
 		 183 aa  350  7e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  93.99 
 
 		 183 aa  339  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  82.51 
 
 		 183 aa  296  9e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0456  cytochrome B561  74.73 
 
 		 182 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5072  cytochrome b561, putative  74.59 
 
 		 184 aa  263  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  71.04 
 
 		 189 aa  259  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  69.06 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  70.49 
 
 		 189 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03240  cytochrome b561  68.85 
 
 		 184 aa  239  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  62.84 
 
 		 192 aa  238  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1610  cytochrome B561  59.67 
 
 		 184 aa  226  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.726643  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  57.69 
 
 		 184 aa  221  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  57.38 
 
 		 184 aa  221  4.9999999999999996e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  57.69 
 
 		 184 aa  217  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1930  cytochrome B561  57.69 
 
 		 184 aa  217  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2223  cytochrome b561 family protein  57.14 
 
 		 184 aa  216  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0039455  hitchhiker  0.00454282 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 213 aa  215  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  55.19 
 
 		 190 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 188 aa  213  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 188 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 188 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 188 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  56.28 
 
 		 188 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  55.74 
 
 		 188 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  55.74 
 
 		 188 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  55.74 
 
 		 188 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1269  hypothetical protein  56.28 
 
 		 190 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2215  hypothetical protein  55.74 
 
 		 190 aa  207  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2031  YceJ  55.19 
 
 		 192 aa  207  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1254  hypothetical protein  55.74 
 
 		 192 aa  206  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.73358 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2822  cytochrome B561  56.59 
 
 		 184 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.79842  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0781  cytochrome B561  51.65 
 
 		 183 aa  190  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.231084  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2791  cytochrome B561  53.33 
 
 		 182 aa  188  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  52.54 
 
 		 183 aa  187  5e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  52.54 
 
 		 183 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  48.89 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  50.85 
 
 		 183 aa  185  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  51.98 
 
 		 183 aa  185  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  51.41 
 
 		 183 aa  184  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  50.28 
 
 		 183 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  50.28 
 
 		 183 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1216  cytochrome b561  52.78 
 
 		 183 aa  182  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000559854  normal  0.299312 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  51.67 
 
 		 183 aa  182  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1120  cytochrome B561  52.49 
 
 		 184 aa  178  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000137011  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  47.75 
 
 		 189 aa  177  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3371  cytochrome B561  48.89 
 
 		 183 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2129  cytochrome B561  53.93 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000482046  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0472  putative cytochrome b561  48.31 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.73245e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1316  cytochrome B561  51.41 
 
 		 183 aa  168  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171547  normal  0.725201 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1313  cytochrome B561  52.57 
 
 		 184 aa  164  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.169075  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000195  cytochrome b561  46.24 
 
 		 179 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000187144  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05925  cytochrome b561  45.45 
 
 		 179 aa  159  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2876  cytochrome B561  50.28 
 
 		 185 aa  159  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.379711  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  43.89 
 
 		 183 aa  156  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1042  cytochrome B561  49.15 
 
 		 175 aa  150  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03827  putative cytochrome b561  43.72 
 
 		 189 aa  149  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0949  cytochrome b561  48.86 
 
 		 181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000303039  normal  0.493253 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  45.2 
 
 		 188 aa  122  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  40.59 
 
 		 195 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  38.55 
 
 		 193 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  40.8 
 
 		 182 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  38.86 
 
 		 178 aa  115  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  38.82 
 
 		 193 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1554  cytochrome B561  41.48 
 
 		 183 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  36.52 
 
 		 182 aa  111  7.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1404  cytochrome B561  42.13 
 
 		 179 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.610566  normal  0.317054 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  35.96 
 
 		 186 aa  109  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  38.51 
 
 		 191 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  37.43 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1617  hypothetical protein  37.99 
 
 		 176 aa  104  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  33.91 
 
 		 186 aa  104  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  33.91 
 
 		 186 aa  104  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  34.1 
 
 		 186 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  38.25 
 
 		 185 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  39.01 
 
 		 197 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1612  hypothetical protein  37.43 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  35.63 
 
 		 186 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  36.93 
 
 		 189 aa  102  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  34.27 
 
 		 186 aa  101  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2570  cytochrome B561  37.08 
 
 		 197 aa  101  7e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  32.93 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  34.3 
 
 		 186 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  36.76 
 
 		 189 aa  98.6  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  32.58 
 
 		 186 aa  97.8  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  33.71 
 
 		 186 aa  97.8  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  36 
 
 		 191 aa  97.4  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02672  cytochrome b561, putative  32.8 
 
 		 188 aa  96.3  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  38.25 
 
 		 188 aa  96.3  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  39.43 
 
 		 196 aa  96.7  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2228  cytochrome B561  38.8 
 
 		 197 aa  95.9  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000575966  hitchhiker  0.00851734 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2818  cytochrome B561  35.2 
 
 		 183 aa  94.4  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  35.83 
 
 		 199 aa  94  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  39.57 
 
 		 188 aa  92.8  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  35.29 
 
 		 222 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  33.15 
 
 		 184 aa  92  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0973  cytochrome b561 family protein  31.79 
 
 		 181 aa  90.9  8e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.304775  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  38.59 
 
 		 190 aa  91.3  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4038  cytochrome B561 protein  34.46 
 
 		 188 aa  90.5  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>