More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5028 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
262 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  88.55 
 
 
262 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  88.17 
 
 
262 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  73.28 
 
 
262 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  57.68 
 
 
270 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  52.44 
 
 
252 aa  244  9e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
483 aa  127  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.1 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  28 
 
 
262 aa  92  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.46 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  27.07 
 
 
259 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.95 
 
 
264 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 
251 aa  89  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 
258 aa  88.6  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 
258 aa  88.2  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  31.22 
 
 
260 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 
260 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  29.92 
 
 
254 aa  85.1  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
457 aa  84.7  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  27.39 
 
 
252 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 
258 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  28.91 
 
 
274 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  27.95 
 
 
255 aa  82.8  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 
280 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.3 
 
 
288 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 
270 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  29.94 
 
 
264 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  26.92 
 
 
264 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 
236 aa  77.8  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  29.38 
 
 
264 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  24.28 
 
 
1301 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  32.12 
 
 
298 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  31.52 
 
 
297 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.32 
 
 
262 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  28.5 
 
 
264 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  27.87 
 
 
264 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  25.69 
 
 
303 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  27.87 
 
 
264 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  25.81 
 
 
250 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  28.9 
 
 
248 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  25.21 
 
 
264 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
269 aa  72.4  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
246 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  25.21 
 
 
264 aa  72  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  25.43 
 
 
245 aa  71.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  27.35 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  34.45 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  27.94 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.53 
 
 
263 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  31.74 
 
 
258 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  22.45 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 
247 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  31.14 
 
 
258 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
275 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  24.76 
 
 
270 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.25 
 
 
258 aa  67  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 
258 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 
272 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2944  hypothetical protein  29.96 
 
 
246 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  25.82 
 
 
263 aa  67  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  27.52 
 
 
261 aa  67  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 
245 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1295  hypothetical protein  32.02 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.634955  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 
272 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  27.62 
 
 
257 aa  65.9  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
258 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  20.82 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
241 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
272 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  24.31 
 
 
269 aa  65.1  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  21.58 
 
 
251 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  20.73 
 
 
253 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  23.27 
 
 
243 aa  64.7  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
258 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  27.22 
 
 
264 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
256 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
286 aa  63.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
266 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  30.65 
 
 
258 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.29 
 
 
245 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.16 
 
 
265 aa  63.5  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  21.67 
 
 
253 aa  63.5  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  27.47 
 
 
245 aa  63.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  31.72 
 
 
257 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.5 
 
 
251 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.82 
 
 
266 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  30.11 
 
 
257 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  31.72 
 
 
257 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.74 
 
 
258 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  30.11 
 
 
268 aa  63.2  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  24.68 
 
 
268 aa  62.8  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  20.33 
 
 
322 aa  62  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  26.44 
 
 
263 aa  62  0.000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.83 
 
 
283 aa  62  0.000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  28.17 
 
 
248 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 
288 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  28.17 
 
 
248 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  28.17 
 
 
248 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 
256 aa  62  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>