36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4964 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4964  hypothetical protein  100 
 
 
214 aa  427  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340246  normal  0.72478 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4703  hypothetical protein  95.33 
 
 
236 aa  410  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0763396  normal  0.775889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4911  hypothetical protein  95.33 
 
 
251 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4787  hypothetical protein  94.86 
 
 
251 aa  406  1e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00573127  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4959  lipoprotein, putative  72.3 
 
 
231 aa  313  1e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0504  hypothetical protein  74.42 
 
 
237 aa  311  3e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0320775  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0555  hypothetical protein  71.5 
 
 
232 aa  311  4e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0600  hypothetical protein  51.79 
 
 
241 aa  231  5e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43450  hypothetical protein  51.83 
 
 
242 aa  208  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140988  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65590  hypothetical protein  47.91 
 
 
236 aa  201  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5692  hypothetical protein  47.91 
 
 
236 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0041  protein of unknown function DUF330  33.33 
 
 
197 aa  70.1  2e-11  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0327  protein of unknown function DUF330  28.86 
 
 
204 aa  63.9  2e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  28.1 
 
 
201 aa  57.8  1e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  28 
 
 
204 aa  55.8  4e-07  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3139  hypothetical protein  29.79 
 
 
200 aa  54.3  1e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260987  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  31.03 
 
 
197 aa  53.5  2e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.2506e-07 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1982  putative lipoprotein  29.83 
 
 
195 aa  52.4  5e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0024934  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0256  hypothetical protein  26.92 
 
 
205 aa  51.6  8e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  28.08 
 
 
203 aa  51.6  9e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  26.97 
 
 
212 aa  51.2  1e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0667  hypothetical protein  27.84 
 
 
211 aa  50.4  2e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  25.6 
 
 
198 aa  50.8  2e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  29.5 
 
 
208 aa  50.1  3e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1959  hypothetical protein  25.17 
 
 
199 aa  48.9  6e-05  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000996139  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  30.48 
 
 
196 aa  47.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  26.38 
 
 
192 aa  46.6  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0230  hypothetical protein  23.46 
 
 
241 aa  46.2  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  28.33 
 
 
188 aa  44.7  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02852  hypothetical protein  23.33 
 
 
189 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2112  hypothetical protein  28.87 
 
 
197 aa  43.5  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.178277  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0231  hypothetical protein  21.74 
 
 
241 aa  43.5  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  28.85 
 
 
209 aa  43.1  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1866  hypothetical protein  28.17 
 
 
197 aa  42.4  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.235297 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  26.09 
 
 
201 aa  42  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  23.38 
 
 
196 aa  42  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>