More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4934 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4877  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 141 aa  289  9e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4668  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 141 aa  289  9e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0417729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4758  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 141 aa  289  9e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0734543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4934  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 141 aa  289  9e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000104766 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4933  ribosomal protein S6  95.04 
 
 		 141 aa  230  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0581  30S ribosomal protein S6  95.04 
 
 		 141 aa  230  6e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0534  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 142 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.587814  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0645  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 140 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.793975  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07640  30S ribosomal protein S6  87.94 
 
 		 136 aa  216  7.999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368868  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5662  30S ribosomal protein S6  88.98 
 
 		 139 aa  209  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65180  30S ribosomal protein S6  88.98 
 
 		 139 aa  209  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3465  30S ribosomal protein S6  70 
 
 		 134 aa  180  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2386  30S ribosomal protein S6  68.14 
 
 		 137 aa  174  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  63.33 
 
 		 135 aa  172  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  58.39 
 
 		 134 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  58.39 
 
 		 134 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  66.38 
 
 		 129 aa  168  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1057  30S ribosomal protein S6  68.87 
 
 		 152 aa  168  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.66834 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  63.97 
 
 		 130 aa  167  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  63.97 
 
 		 130 aa  167  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  61.11 
 
 		 139 aa  167  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  62.88 
 
 		 130 aa  166  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1032  30S ribosomal protein S6  62.18 
 
 		 131 aa  166  7e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  60.14 
 
 		 131 aa  166  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  57.46 
 
 		 133 aa  166  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  61.48 
 
 		 130 aa  165  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  61.48 
 
 		 130 aa  165  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  62.88 
 
 		 130 aa  165  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1640  30S ribosomal protein S6  61.86 
 
 		 134 aa  165  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0507943  normal  0.0355259 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  61.48 
 
 		 130 aa  165  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3793  ribosomal protein S6  62.31 
 
 		 131 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00794169  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3586  30S ribosomal protein S6  62.71 
 
 		 137 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0940753  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4761  30S ribosomal protein S6  62.31 
 
 		 131 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4444  30S ribosomal protein S6  62.31 
 
 		 131 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1337  30S ribosomal protein S6  64.66 
 
 		 132 aa  165  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.021992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4733  30S ribosomal protein S6  62.31 
 
 		 131 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.387811  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4671  30S ribosomal protein S6  62.31 
 
 		 131 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5716  30S ribosomal protein S6  62.31 
 
 		 131 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.394601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  64.6 
 
 		 126 aa  164  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1438  30S ribosomal protein S6  65.79 
 
 		 125 aa  164  2.9999999999999998e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0054631  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3813  30S ribosomal protein S6  62.31 
 
 		 131 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  62.6 
 
 		 132 aa  163  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  58.73 
 
 		 139 aa  163  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04067  30S ribosomal protein S6  61.54 
 
 		 131 aa  163  9e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4669  30S ribosomal protein S6  61.54 
 
 		 131 aa  163  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0711098  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  61.54 
 
 		 131 aa  163  9e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4751  30S ribosomal protein S6  61.54 
 
 		 131 aa  163  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.502035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4809  30S ribosomal protein S6  61.54 
 
 		 131 aa  163  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.16196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4659  30S ribosomal protein S6  61.54 
 
 		 131 aa  163  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  59.84 
 
 		 135 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3419  ribosomal protein S6  61.67 
 
 		 133 aa  162  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797124  normal  0.172954 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  64.66 
 
 		 122 aa  162  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3284  30S ribosomal protein S6  61.86 
 
 		 135 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0114214  hitchhiker  0.000227969 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  64.6 
 
 		 131 aa  161  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  64.6 
 
 		 131 aa  161  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  62.73 
 
 		 128 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  64.6 
 
 		 131 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  68.27 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4787  30S ribosomal protein S6  60.77 
 
 		 131 aa  160  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11072  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  63.72 
 
 		 131 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  62.83 
 
 		 130 aa  159  9e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0415  30S ribosomal protein S6  57.89 
 
 		 143 aa  159  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0657  30S ribosomal protein S6  63.16 
 
 		 119 aa  159  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0220  ribosomal protein S6  62.04 
 
 		 156 aa  159  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1364  ribosomal protein S6  65.14 
 
 		 114 aa  158  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  62.83 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0582  30S ribosomal protein S6  64.86 
 
 		 119 aa  159  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.147466  hitchhiker  0.0000000000000103542 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  61.82 
 
 		 127 aa  158  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  60.91 
 
 		 131 aa  157  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0711  30S ribosomal protein S6  63.72 
 
 		 131 aa  157  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.165791  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0741  30S ribosomal protein S6  63.72 
 
 		 131 aa  157  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000275832  hitchhiker  0.000127866 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3643  30S ribosomal protein S6  63.72 
 
 		 131 aa  157  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00299983  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  62.83 
 
 		 131 aa  157  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0732  30S ribosomal protein S6  63.72 
 
 		 131 aa  157  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00282194  hitchhiker  0.0000000108888 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0923  ribosomal protein S6  67.29 
 
 		 138 aa  157  6e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.46862  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2105  30S ribosomal protein S6  62.39 
 
 		 127 aa  155  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2038  30S ribosomal protein S6  63.81 
 
 		 136 aa  153  6e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421442  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1087  30S ribosomal protein S6  59.65 
 
 		 127 aa  154  6e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000589418  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2589  30S ribosomal protein S6  61.26 
 
 		 145 aa  152  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0927  30S ribosomal protein S6  58.26 
 
 		 126 aa  152  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134622  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  57.27 
 
 		 125 aa  152  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1526  30S ribosomal protein S6  54.4 
 
 		 122 aa  151  4e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153289  normal  0.214349 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2830  30S ribosomal protein S6  54.4 
 
 		 121 aa  149  8.999999999999999e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2133  30S ribosomal protein S6  54.01 
 
 		 143 aa  147  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.226778  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  51.61 
 
 		 124 aa  147  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  51.61 
 
 		 124 aa  147  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  56.14 
 
 		 124 aa  147  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  64.08 
 
 		 142 aa  146  8e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  53.28 
 
 		 122 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1550  30S ribosomal protein S6  59.81 
 
 		 112 aa  146  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1433  30S ribosomal protein S6  59.81 
 
 		 112 aa  146  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1182  30S ribosomal protein S6  58.65 
 
 		 122 aa  145  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0492029  normal  0.220406 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00746  30S ribosomal protein S6  58.56 
 
 		 143 aa  145  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.741883  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2052  30S ribosomal protein S6  54.01 
 
 		 143 aa  146  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193521  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1979  30S ribosomal protein S6  57.02 
 
 		 124 aa  146  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1243  30S ribosomal protein S6  58.65 
 
 		 122 aa  145  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0890507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  51.61 
 
 		 124 aa  144  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  51.61 
 
 		 124 aa  144  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  51.61 
 
 		 124 aa  144  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  56.64 
 
 		 141 aa  144  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>