More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4920 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4864  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  100 
 
 
291 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.038831  hitchhiker  0.00000571086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4920  ABC transporter related  100 
 
 
291 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000108293  decreased coverage  0.000000000000110275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4742  ABC transporter related  99.31 
 
 
291 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113438  hitchhiker  0.000000142974 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4656  ABC transporter related  98.28 
 
 
291 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000169542  decreased coverage  0.0012256 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0555  ABC transporter-like  87.5 
 
 
290 aa  531  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0226629  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4916  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  84.88 
 
 
291 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0600  ABC transporter  84.88 
 
 
291 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.626687  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64870  ABC transporter ATP-binding protein  79.44 
 
 
290 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00483294  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5635  ABC transporter ATP-binding protein  79.44 
 
 
290 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26100  ABC-transporter ATP-binding protein  75.52 
 
 
291 aa  468  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2494  ABC transporter related  77.54 
 
 
291 aa  468  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.106819  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0730  ABC transporter related  74.57 
 
 
293 aa  461  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3200  ABC transporter-related protein  76.04 
 
 
291 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0489  ABC transporter related  58.66 
 
 
287 aa  351  7e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0363461  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  55.2 
 
 
255 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  54.84 
 
 
255 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1172  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  53.76 
 
 
255 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333486  normal  0.875323 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50550  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  54.12 
 
 
255 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.013767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4306  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  54.12 
 
 
255 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1138  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  53.76 
 
 
255 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.523299  normal  0.117665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1155  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  53.76 
 
 
255 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0154079 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4279  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  53.76 
 
 
255 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.667482  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4111  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  54.12 
 
 
255 aa  299  3e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3848  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  53.05 
 
 
255 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319236  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19620  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  52.69 
 
 
255 aa  289  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00232655  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3513  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  49.49 
 
 
292 aa  286  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0101  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  51.76 
 
 
256 aa  286  4e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0107  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  51.41 
 
 
256 aa  285  7e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.9 
 
 
255 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3752  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.9 
 
 
255 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0231  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.65 
 
 
255 aa  282  4.0000000000000003e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.9 
 
 
255 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.9 
 
 
255 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0456254  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3932  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.9 
 
 
255 aa  281  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3325  ABC transporter related  50.83 
 
 
354 aa  281  9e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.268059  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2251  ABC transporter related  51.94 
 
 
296 aa  279  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.876454  normal  0.416828 
 
 
-
 
NC_004310  BR1789  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.74 
 
 
440 aa  278  7e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1723  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.74 
 
 
446 aa  278  8e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1114  ABC transporter related  47.39 
 
 
453 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0650865  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3869  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.35 
 
 
256 aa  277  1e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4056  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.35 
 
 
256 aa  278  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2477  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  51.6 
 
 
255 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0920701 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3902  ABC transporter related  50.53 
 
 
308 aa  276  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2316  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.53 
 
 
261 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  50.54 
 
 
255 aa  276  4e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  50.54 
 
 
255 aa  276  4e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  50.54 
 
 
255 aa  276  4e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.54 
 
 
255 aa  276  4e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.54 
 
 
255 aa  276  4e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.54 
 
 
255 aa  276  4e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.54 
 
 
255 aa  276  4e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.54 
 
 
255 aa  276  4e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.54 
 
 
255 aa  276  4e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3858  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.82 
 
 
255 aa  275  5e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.199683 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0775  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.53 
 
 
257 aa  275  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2141  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.53 
 
 
257 aa  275  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0558111  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0865  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.53 
 
 
257 aa  275  6e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154557  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1749  ABC transporter component  50.53 
 
 
314 aa  275  8e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.351148  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1836  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.18 
 
 
257 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3326  ABC transporter related  48.43 
 
 
291 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.407703 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5325  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  50.52 
 
 
277 aa  272  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3338  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.1 
 
 
251 aa  271  7e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4429  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.82 
 
 
257 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108866 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3070  ABC transporter related  47.74 
 
 
291 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4944  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.47 
 
 
257 aa  268  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.956348  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.11 
 
 
263 aa  268  5.9999999999999995e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.188258 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1620  ABC transporter related  48.12 
 
 
278 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105573  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1745  ABC transporter related  50.88 
 
 
285 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2395  ABC transporter related  46.76 
 
 
295 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00705338 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2083  ABC transporter related  48.48 
 
 
306 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0654  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.75 
 
 
257 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.03 
 
 
255 aa  265  7e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.03 
 
 
255 aa  265  8e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3971  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.3 
 
 
255 aa  264  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.61537  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3626  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.4 
 
 
257 aa  264  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0247  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.3 
 
 
255 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5271  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.75 
 
 
257 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.878512  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3351  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.75 
 
 
257 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5016  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.75 
 
 
257 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.836649 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3683  ABC transporter related  49.12 
 
 
279 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0539124  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5394  ABC transporter related protein  50 
 
 
295 aa  260  2e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.102322 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4334  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.45 
 
 
255 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231493  normal  0.133886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1777  ABC transporter related  48.96 
 
 
279 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.584157 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2211  ABC transporter, ATPase subunit  47.9 
 
 
278 aa  258  9e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4332  ABC transporter related  48.43 
 
 
278 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.02881  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0566  ABC transporter related  46.37 
 
 
277 aa  255  5e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5435  ABC transporter related  49.82 
 
 
285 aa  255  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2613  ABC transporter related  48.6 
 
 
278 aa  251  9.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  42.91 
 
 
261 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2653  ABC transporter-like protein  46.45 
 
 
268 aa  237  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000291563  hitchhiker  0.00412304 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1385  ABC transporter related  41.75 
 
 
256 aa  236  4e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2610  ABC transporter related  42.7 
 
 
270 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0613  ABC transporter related  42.96 
 
 
259 aa  235  6e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2309  ABC transporter related protein  44.72 
 
 
271 aa  235  6e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.937555  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3054  ABC transporter related protein  43.06 
 
 
259 aa  235  8e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0407  ABC transporter-like protein  42.61 
 
 
273 aa  235  8e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3533  ABC transporter related  44.09 
 
 
252 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.594682  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2499  ABC transporter related  42.91 
 
 
262 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.241387  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2932  ABC transporter related  43.01 
 
 
263 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0799  ABC transporter related  44.41 
 
 
258 aa  232  5e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.595603 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>