More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4858 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4805  lytic murein transglycosylase B  97.02 
 
 		 348 aa  675    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.785804  normal  0.425937 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4680  lytic murein transglycosylase B  96.43 
 
 		 336 aa  670    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4858  lytic murein transglycosylase B  100 
 
 		 336 aa  689    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0616  lytic murein transglycosylase B  91.96 
 
 		 336 aa  639    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.573967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4968  lytic murein transglycosylase B  88.1 
 
 		 336 aa  616  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.763775  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4823  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  83.33 
 
 		 335 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4363  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  82.44 
 
 		 335 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.116504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3796  lytic murein transglycosylase B  74.25 
 
 		 336 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12080  soluble lytic transglycosylase B  72.46 
 
 		 340 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.254776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1108  soluble lytic transglycosylase B  71.56 
 
 		 336 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.490976  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08410  lytic murein transglycosylase B  73.54 
 
 		 342 aa  494  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.562186  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3339  Zn-finger, DksA/TraR C4 type  51.99 
 
 		 341 aa  325  8.000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000917071  normal  0.0196691 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0174  lytic murein transglycosylase B  47.92 
 
 		 330 aa  306  4.0000000000000004e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.35243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2634  lytic murein transglycosylase B  51.53 
 
 		 329 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1972  lytic murein transglycosylase B  50.15 
 
 		 341 aa  294  2e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2709  lytic murein transglycosylase B  51.82 
 
 		 344 aa  291  1e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.31024  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2114  murein hydrolase B  49.84 
 
 		 373 aa  290  2e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0724  lytic murein transglycosylase B  46.96 
 
 		 362 aa  276  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3140  murein hydrolase B  46.3 
 
 		 359 aa  275  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2951  murein hydrolase B  46.3 
 
 		 359 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3017  murein hydrolase B  46.3 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  hitchhiker  0.00000130232 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3033  murein hydrolase B  45.98 
 
 		 359 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.986861  hitchhiker  0.00384978 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2824  murein hydrolase B  46.96 
 
 		 361 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0997605  hitchhiker  0.00000822387 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2982  murein hydrolase B  45.98 
 
 		 359 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000956693 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0988  lytic murein transglycosylase B  46.96 
 
 		 361 aa  272  7e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2520  lytic murein transglycosylase B  46.38 
 
 		 347 aa  271  9e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.160631  normal  0.119321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02551  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  46.96 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.253106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2837  murein hydrolase B  46.96 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.359796  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3948  murein hydrolase B  46.96 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.315849  normal  0.782651 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1011  murein hydrolase B  46.96 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000289241 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02516  hypothetical protein  46.96 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.360268  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2985  murein hydrolase B  46.96 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.26128  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3176  murein hydrolase B  46.96 
 
 		 361 aa  271  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.417908  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1269  lytic murein transglycosylase B  46.95 
 
 		 381 aa  270  4e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.282145  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3277  lytic murein transglycosylase B  45.63 
 
 		 356 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000759763  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2708  murein hydrolase B  48.23 
 
 		 364 aa  267  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102119  hitchhiker  0.00940641 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1351  murein hydrolase B  48.23 
 
 		 364 aa  267  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.720495  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3319  lytic murein transglycosylase B  45.31 
 
 		 356 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000245768  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3399  murein hydrolase B  46.28 
 
 		 361 aa  266  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1090  lytic murein transglycosylase B  45.31 
 
 		 356 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00257265  hitchhiker  0.00000204091 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1464  murein hydrolase B  48.23 
 
 		 364 aa  266  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2871  lytic murein transglycosylase B  44.66 
 
 		 354 aa  266  5e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000283207  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0989  lytic murein transglycosylase B  46.49 
 
 		 354 aa  266  5e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000275469  normal  0.0108965 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3455  lytic murein transglycosylase B  45.31 
 
 		 356 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000138517  normal  0.0101722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1054  lytic murein transglycosylase B  45.82 
 
 		 354 aa  265  7e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  hitchhiker  0.0074183 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2937  lytic murein transglycosylase B  45.92 
 
 		 335 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000220956  normal  0.0240906 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0977  murein hydrolase B  45.98 
 
 		 361 aa  265  8.999999999999999e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3448  lytic murein transglycosylase B  47.68 
 
 		 373 aa  265  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474367 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2590  lytic murein transglycosylase B  49.12 
 
 		 329 aa  264  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.164218  normal  0.320646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0993  lytic murein transglycosylase B  46.15 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000510709  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57730  murein hydrolase B  47.59 
 
 		 367 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1166  membrane-bound lytic transglycosylase, putative  46.15 
 
 		 354 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0697  lytic murein transglycosylase B  46.18 
 
 		 337 aa  262  6e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0681454  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3333  murein hydrolase B  46.3 
 
 		 356 aa  262  6.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1558  lytic murein transglycosylase B  42.67 
 
 		 372 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000667171  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5017  murein hydrolase B  47.27 
 
 		 371 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1010  lytic murein transglycosylase B  44.44 
 
 		 327 aa  259  3e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3151  lytic murein transglycosylase B  43.99 
 
 		 332 aa  258  8e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000109427  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3710  lytic murein transglycosylase B  49.13 
 
 		 337 aa  256  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000626578  hitchhiker  0.000372275 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3179  murein hydrolase B  46.62 
 
 		 382 aa  254  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3487  lytic murein transglycosylase B  46.9 
 
 		 339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  hitchhiker  0.0000000197037 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0853  lytic murein transglycosylase B  41.79 
 
 		 336 aa  253  3e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114292  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3237  murein hydrolase B  44.65 
 
 		 383 aa  252  7e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3330  murein hydrolase B  45.22 
 
 		 381 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04282  lytic murein transglycosylase B  45.54 
 
 		 318 aa  250  3e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3012  lytic murein transglycosylase B  45.42 
 
 		 354 aa  248  1e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2248  lytic murein transglycosylase B  42.27 
 
 		 444 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0732  lytic murein transglycosylase B  43.44 
 
 		 408 aa  243  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.351039  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1838  hypothetical protein  37.96 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1835  hypothetical protein  37.96 
 
 		 338 aa  241  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1385  membrane-bound lytic transglycosylase  44.04 
 
 		 370 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0841166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1315  lytic murein transglycosylase B  44.04 
 
 		 370 aa  239  5e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.213474  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4169  lytic murein transglycosylase B  41.96 
 
 		 405 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.743519  normal  0.778166 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0577  lytic murein transglycosylase B  41.96 
 
 		 405 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.686082  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1015  lytic murein transglycosylase B  41.96 
 
 		 405 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0936  lytic murein transglycosylase B  41.77 
 
 		 406 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0932  lytic murein transglycosylase B  41.77 
 
 		 448 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1647  murein transglycosylase domain-containing protein  41.32 
 
 		 456 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0755  lytic murein transglycosylase B  42.27 
 
 		 462 aa  232  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0417  murein transglycosylase domain-containing protein  41.32 
 
 		 474 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0937  murein transglycosylase domain-containing protein  41.32 
 
 		 431 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2873  lytic murein transglycosylase B  41.32 
 
 		 431 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0861868  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2983  murein transglycosylase domain-containing protein  41.32 
 
 		 458 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2561  murein transglycosylase domain-containing protein  41.32 
 
 		 431 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0212  murein transglycosylase domain-containing protein  41.32 
 
 		 433 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1547  lytic murein transglycosylase B  41.12 
 
 		 344 aa  230  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1056  lytic murein transglycosylase B  42.76 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2936  lytic murein transglycosylase B  41.01 
 
 		 452 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2556  lytic murein transglycosylase B  41.23 
 
 		 368 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3149  lytic murein transglycosylase B  45.88 
 
 		 366 aa  225  6e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0991  putative murein transglycosylase  40.5 
 
 		 409 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0859  lytic murein transglycosylase B  41.19 
 
 		 374 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1216  lytic murein transglycosylase B  45.98 
 
 		 363 aa  223  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2992  lytic murein transglycosylase B  40.5 
 
 		 392 aa  222  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.106271  hitchhiker  0.00132596 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0788  lytic murein transglycosylase B  40.57 
 
 		 374 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.297958 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1515  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.59 
 
 		 334 aa  219  3e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.843974  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2099  lytic murein transglycosylase B  45.23 
 
 		 365 aa  218  8.999999999999998e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.342273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2817  lytic murein transglycosylase B  46.62 
 
 		 357 aa  218  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.280732 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2306  lytic murein transglycosylase B  46.62 
 
 		 357 aa  218  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.450131  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0662  lytic murein transglycosylase B  37.24 
 
 		 334 aa  217  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0105641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>