More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4780 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4780  hypothetical protein  100 
 
 		 304 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119859  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4767  hypothetical protein  97.71 
 
 		 306 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0878197  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4642  hypothetical protein  97.39 
 
 		 306 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0734055  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0653  hypothetical protein  93.81 
 
 		 306 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.005138  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4298  hypothetical protein  79.93 
 
 		 304 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.528973  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4921  hypothetical protein  75.42 
 
 		 316 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.876528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63230  hypothetical protein  76.95 
 
 		 296 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5505  hypothetical protein  77.29 
 
 		 296 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2858  hypothetical protein  66.78 
 
 		 296 aa  345  6e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2779  hypothetical protein  66.78 
 
 		 296 aa  345  6e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.399846  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1323  hypothetical protein  66.78 
 
 		 296 aa  344  1e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.754634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1451  hypothetical protein  66.79 
 
 		 307 aa  321  9.000000000000001e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.680814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1225  hypothetical protein  55.1 
 
 		 306 aa  278  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.157758  normal  0.931863 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0924  hypothetical protein  55.1 
 
 		 306 aa  278  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2149  hypothetical protein  55.56 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.327458 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1129  hypothetical protein  55.56 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2206  hypothetical protein  55.56 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.500007 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1251  hypothetical protein  55.56 
 
 		 306 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.948426 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2153  hypothetical protein  55.56 
 
 		 306 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0413496 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1690  carboxylate/amino acid/amine transporter  55.1 
 
 		 306 aa  265  7e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00295335  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2192  hypothetical protein  55.1 
 
 		 306 aa  265  7e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000992606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2737  hypothetical protein  55.1 
 
 		 306 aa  265  7e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.147206  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1684  hypothetical protein  55.1 
 
 		 306 aa  265  7e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0157316 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2061  hypothetical protein  55.1 
 
 		 306 aa  265  7e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0126346  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2549  hypothetical protein  56.94 
 
 		 304 aa  255  6e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.167273  normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0992  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.2 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.106894  normal  0.426816 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0377  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.1 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0248  hypothetical protein  49.82 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0458948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1580  hypothetical protein  55.4 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2864  hypothetical protein  48.34 
 
 		 319 aa  196  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2810  hypothetical protein  47.44 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.834647  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4675  hypothetical protein  41.7 
 
 		 292 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01886  hypothetical protein  42.39 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1832  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.46 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.429903  normal  0.305907 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4599  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.09 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4465  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.09 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164822  normal  0.648078 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1376  hypothetical protein  42.48 
 
 		 326 aa  161  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1559  putative transmembrane protein  43.54 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.436342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2045  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.11 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0682839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2135  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.86 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4000  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.56 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3672  DMT family permease  37.99 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.199096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1516  hypothetical protein  36.82 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1451  DMT family permease  36.12 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.218216 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2664  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.12 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0382  hypothetical protein  38.46 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318207  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3083  hypothetical protein  36.62 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0663  hypothetical protein  36.62 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.467844  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1407  integral membrane protein  36.62 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1535  integral membrane protein  36.62 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1402  integral membrane protein  36.62 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2838  hypothetical protein  36.9 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0489  hypothetical protein  36.62 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1203  hypothetical protein  36.62 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0889205  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2080  hypothetical protein  36.53 
 
 		 494 aa  125  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.50066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3994  DMT family permease  39.49 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0956  peptide methionine sulfoxide reductase  37.42 
 
 		 519 aa  122  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.890834  normal  0.773597 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5590  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.54 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0480903  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4337  hypothetical protein  36.16 
 
 		 414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2926  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.69 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0659  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.27 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1111  hypothetical protein  36.53 
 
 		 392 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948246  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0284  hypothetical protein  35.94 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1110  hypothetical protein  36.27 
 
 		 392 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10038  transporter, putative  30.93 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4054  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.51 
 
 		 309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0278904  normal  0.0935667 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0747  hypothetical protein  35.79 
 
 		 400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.530667  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1228  hypothetical protein  35.79 
 
 		 400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1201  hypothetical protein  35.79 
 
 		 402 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204073  normal  0.800505 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02859  integral membrane protein  43.75 
 
 		 159 aa  110  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1183  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.22 
 
 		 309 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.351558 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1729  hypothetical protein  29.84 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.520137  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0065  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.62 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0049  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.16 
 
 		 304 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0356674 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0439  hypothetical protein  33.21 
 
 		 325 aa  95.1  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3363  hypothetical protein  29.8 
 
 		 304 aa  93.6  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.298579  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5619  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.27 
 
 		 348 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.226332 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2188  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.7 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.723736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.33 
 
 		 312 aa  89.7  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0388  hypothetical protein  29.39 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6954  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.46 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.850807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2912  hypothetical protein  28.21 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1917  permease of the drug/metabolite transporter  27.19 
 
 		 364 aa  82.8  0.000000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2018  hypothetical protein  31 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.172167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02858  drug/metabolite transporter superfamily protein  51.55 
 
 		 113 aa  81.3  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2763  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.69 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1839  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.25 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1827  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.73 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297612  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2702  hypothetical protein  29.84 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.475299  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1941  hypothetical protein  32.62 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000469065 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1908  hypothetical protein  30.34 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.760547  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0868  hypothetical protein  30.34 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000733686  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2045  hypothetical protein  30.34 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.225054  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0876  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.75 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3217  membrane protein  30.34 
 
 		 395 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000559917  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2918  hypothetical protein  29.7 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6931  hypothetical protein  27.27 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.836201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1470  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.93 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3202  integral membrane protein  30.34 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1070  hypothetical protein  28.67 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>