156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4755 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 60 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  62.71 
 
 		 65 aa  86.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  58.33 
 
 		 65 aa  83.6  8e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  59.32 
 
 		 66 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  57.63 
 
 		 62 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  57.63 
 
 		 73 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  59.32 
 
 		 67 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  51.67 
 
 		 103 aa  71.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  50.85 
 
 		 88 aa  71.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  50.85 
 
 		 86 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  49.15 
 
 		 86 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  48.28 
 
 		 76 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  47.46 
 
 		 88 aa  67.4  0.00000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  51.61 
 
 		 79 aa  67  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  53.85 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 66 aa  65.9  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  44.07 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 		 86 aa  64.3  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  44.07 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  51.67 
 
 		 81 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  47.27 
 
 		 75 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  43.33 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  43.33 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  43.33 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  49.06 
 
 		 71 aa  60.1  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 		 56 aa  59.7  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  40.35 
 
 		 95 aa  60.1  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 		 80 aa  59.3  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 68 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  43.1 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 		 66 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  43.14 
 
 		 68 aa  58.2  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 		 88 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 		 88 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 88 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  42.11 
 
 		 87 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  50 
 
 		 66 aa  57.4  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  47.37 
 
 		 64 aa  57  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 86 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  44.23 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  45.45 
 
 		 66 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  45.45 
 
 		 66 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  38.98 
 
 		 66 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  45.45 
 
 		 66 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  37.29 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 71 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  42 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  40.74 
 
 		 71 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  45.61 
 
 		 64 aa  55.1  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  45.45 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 		 70 aa  53.9  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 70 aa  53.9  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 71 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  42.59 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0242  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 		 70 aa  53.1  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.88011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 70 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 		 68 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 		 71 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 61 aa  52  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 		 71 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01121  hypothetical protein  36.54 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 66 aa  52  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 88 aa  51.2  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1765  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 70 aa  51.2  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.993884  normal  0.447996 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  33.33 
 
 		 78 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 80 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17020  Prophage CP4-57 regulatory , AlpA-like protein  40.62 
 
 		 77 aa  50.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  38.46 
 
 		 71 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  38.89 
 
 		 65 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1935  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 		 75 aa  50.8  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 		 79 aa  50.4  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 75 aa  50.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 88 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1051  phage transcriptional regulator, AlpA  35.48 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.698345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  39.29 
 
 		 74 aa  49.7  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 		 74 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 80 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 74 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 76 aa  48.9  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2398  Phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0592161  normal  0.404854 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  36.84 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  0.0000772725 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>