148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4688 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4688  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
105 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0626972  hitchhiker  0.0000000488951 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4690  Rieske (2Fe-2S) domain protein  93.33 
 
 
114 aa  201  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000178918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4554  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  91.43 
 
 
105 aa  197  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000741211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0744  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  83.81 
 
 
105 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.347579  hitchhiker  0.000000000639734 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62360  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  67.31 
 
 
115 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5427  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  66.35 
 
 
107 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0992  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  65.05 
 
 
105 aa  139  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0130458  hitchhiker  0.00000000116756 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0838  Rieske [2Fe-2S] region  63 
 
 
132 aa  135  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000649112 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0972  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  63.73 
 
 
110 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000277135  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4801  Rieske (2Fe-2S) region  61.17 
 
 
105 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0146102  hitchhiker  0.00629459 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42610  hypothetical protein  54.81 
 
 
105 aa  127  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.217045  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3370  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  42.39 
 
 
104 aa  95.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0252226 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2849  Rieske (2Fe-2S) protein  44.44 
 
 
118 aa  90.5  6e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0114  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.59 
 
 
108 aa  86.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225812  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1238  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.08 
 
 
109 aa  79  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.724379  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3198  ferredoxin, 2Fe-2S  45.65 
 
 
112 aa  77.4  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0027175  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3574  Rieske (2Fe-2S) region  45.71 
 
 
117 aa  77  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.556915  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1935  hypothetical protein  44.09 
 
 
120 aa  75.5  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455363  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3905  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  39.8 
 
 
114 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.391138  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0659  hypothetical protein  40.74 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5489  ferredoxin subunits of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  33.64 
 
 
119 aa  68.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.121832  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1381  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.57 
 
 
123 aa  68.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.35 
 
 
153 aa  67.8  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1710  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  35.42 
 
 
131 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0676  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  53.57 
 
 
123 aa  67.4  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3434  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.29 
 
 
111 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4226  Rieske (2Fe-2S) protein  37.89 
 
 
133 aa  66.6  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3380  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.35 
 
 
111 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4083  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.29 
 
 
111 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.171695  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3141  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.31 
 
 
120 aa  66.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2392  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.25 
 
 
124 aa  66.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348824  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0858  Rieske (2Fe-2S) region  38.71 
 
 
120 aa  65.9  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5218  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.08 
 
 
111 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434864  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.18 
 
 
134 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00744341  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0589  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.81 
 
 
126 aa  65.1  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.03606 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1065  hypothetical protein  41.18 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.967629  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0523  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  34.38 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472442  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1072  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.18 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640953  normal  0.136055 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0634  Rieske (2Fe-2S) region  41.18 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0990  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.18 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1114  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.18 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0994  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.18 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3193  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.44 
 
 
111 aa  64.3  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.242192  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2487  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  34.38 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00132222  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  34.38 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00324792  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2799  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  34.38 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0503713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2860  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  34.38 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0573473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1810  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  34.38 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2190  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.18 
 
 
132 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0622882 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3657  Rieske (2Fe-2S) region  32.69 
 
 
121 aa  63.9  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6068  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.31 
 
 
111 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0959217  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0350  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.96 
 
 
217 aa  63.5  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5912  hypothetical protein  42.65 
 
 
155 aa  63.5  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5279  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.98 
 
 
124 aa  63.5  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.238737  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2008  Rieske (2Fe-2S) region  34.86 
 
 
119 aa  62.8  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0908  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.02 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.313285  normal  0.0276254 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5626  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.42 
 
 
111 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.164476 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0973  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.08 
 
 
130 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0515815 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1176  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.64 
 
 
125 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262842  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4829  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.43 
 
 
119 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.642068 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0821  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.26 
 
 
130 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239168  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3650  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.69 
 
 
130 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.27405 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1043  hypothetical protein  35.44 
 
 
138 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0922873  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2272  Rieske (2Fe-2S) region  35.78 
 
 
134 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308557  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1561  hypothetical protein  35.51 
 
 
116 aa  61.6  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.150485  normal  0.132727 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2735  Rieske (2Fe-2S) protein  34.83 
 
 
111 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0390389  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2640  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.5 
 
 
125 aa  61.2  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3287  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.5 
 
 
125 aa  61.2  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3083  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.81 
 
 
121 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01838  rieske  44.44 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.318103  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4253  hypothetical protein  27.93 
 
 
144 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.825501  normal  0.678624 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2167  hypothetical protein  32.04 
 
 
149 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1174  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.81 
 
 
142 aa  58.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2437  Rieske (2Fe-2S) region  38.46 
 
 
127 aa  57.8  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.55603  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1723  Rieske (2Fe-2S) protein  35.38 
 
 
121 aa  57.8  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0130  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.07 
 
 
149 aa  57  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1421  Rieske (2Fe-2S) region  33.67 
 
 
122 aa  55.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1488  PfkB  39.06 
 
 
401 aa  55.1  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1340  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.58 
 
 
116 aa  55.1  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000041033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0114  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.15 
 
 
122 aa  54.3  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0228441  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4785  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.7 
 
 
126 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0036  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.08 
 
 
111 aa  52.4  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1672  hypothetical protein  35.63 
 
 
106 aa  51.2  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2495  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
151 aa  50.8  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.746892 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3228  nitrogen-fixing NifU domain-containing protein  39.51 
 
 
289 aa  49.7  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.769303  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  36.49 
 
 
311 aa  48.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1282  nitrogen-fixing NifU domain protein  36.51 
 
 
289 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0910712 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1251  nitrogen-fixing NifU domain protein  36.51 
 
 
289 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2454  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32 
 
 
421 aa  47.4  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486629  normal  0.341461 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3238  Rieske 2Fe-2S family protein  31.33 
 
 
99 aa  47.4  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00145958  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1196  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.81 
 
 
289 aa  45.8  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2673  Rieske (2Fe-2S) oxidoreductase  31.87 
 
 
270 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.13 
 
 
349 aa  45.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.725754  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0559  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.47 
 
 
156 aa  45.8  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4000  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.62 
 
 
322 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.649548 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0858  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.58 
 
 
301 aa  45.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0710  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  40.58 
 
 
296 aa  45.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2157  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.25 
 
 
182 aa  45.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00819561  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1676  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.98 
 
 
349 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.945696  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1649  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.98 
 
 
370 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>