163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4592 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  94.86 
 
 
641 aa  971    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  81.33 
 
 
526 aa  852    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 
525 aa  1069    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  93.71 
 
 
525 aa  981    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  58.7 
 
 
529 aa  591  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  57.17 
 
 
521 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  45.23 
 
 
524 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  43.24 
 
 
545 aa  393  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  39.51 
 
 
543 aa  392  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  43.61 
 
 
539 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  41.11 
 
 
542 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  43.76 
 
 
536 aa  366  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.29 
 
 
575 aa  368  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.9 
 
 
547 aa  365  1e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  43.54 
 
 
550 aa  362  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.63 
 
 
562 aa  362  1e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.05 
 
 
506 aa  361  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  42.21 
 
 
540 aa  358  9e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.57 
 
 
506 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  42.57 
 
 
542 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.58 
 
 
554 aa  342  8e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.38 
 
 
551 aa  341  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  41.89 
 
 
538 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  36.63 
 
 
559 aa  336  7.999999999999999e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.82 
 
 
530 aa  335  1e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.5 
 
 
570 aa  334  2e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.5 
 
 
556 aa  333  4e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.33 
 
 
560 aa  333  5e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.75 
 
 
560 aa  331  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.55 
 
 
534 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.83 
 
 
541 aa  330  3e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.33 
 
 
560 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.42 
 
 
539 aa  329  7e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.11 
 
 
534 aa  329  8e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.41 
 
 
575 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41 
 
 
530 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.2 
 
 
575 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  37.02 
 
 
565 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.02 
 
 
575 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  38.32 
 
 
574 aa  325  2e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.59 
 
 
529 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  40.59 
 
 
627 aa  313  6.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  42.94 
 
 
560 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.29 
 
 
507 aa  307  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  40 
 
 
476 aa  307  4.0000000000000004e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  36.45 
 
 
519 aa  300  6e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  37.7 
 
 
553 aa  297  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.33 
 
 
560 aa  286  5.999999999999999e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  35.41 
 
 
506 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.43 
 
 
571 aa  276  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  33.52 
 
 
529 aa  268  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  35.06 
 
 
506 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  34.63 
 
 
519 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.62 
 
 
557 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  29.47 
 
 
559 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.51 
 
 
559 aa  187  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.85 
 
 
559 aa  183  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.39 
 
 
533 aa  161  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.53 
 
 
525 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.68 
 
 
518 aa  135  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  26.04 
 
 
546 aa  126  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.68 
 
 
543 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  26.1 
 
 
540 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  26.94 
 
 
497 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  26.3 
 
 
539 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.63 
 
 
539 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.77 
 
 
539 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  23.68 
 
 
534 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  25.38 
 
 
539 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.63 
 
 
525 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.49 
 
 
540 aa  113  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  25 
 
 
555 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  25.24 
 
 
519 aa  111  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  25.62 
 
 
547 aa  109  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.94 
 
 
529 aa  106  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.37 
 
 
374 aa  105  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.45 
 
 
387 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  25.26 
 
 
502 aa  101  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  26.22 
 
 
527 aa  101  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  26.34 
 
 
496 aa  100  8e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  24.68 
 
 
503 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.68 
 
 
503 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.89 
 
 
503 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.35 
 
 
501 aa  76.3  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  24.27 
 
 
399 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.01 
 
 
425 aa  74.3  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.38 
 
 
410 aa  73.6  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  21.39 
 
 
398 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  24.23 
 
 
504 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.72 
 
 
369 aa  70.9  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  23.98 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  25.19 
 
 
437 aa  70.1  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  25.77 
 
 
389 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.4 
 
 
385 aa  68.2  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2157  putative iron-regulated membrane protein  23.18 
 
 
504 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.921249  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  24.04 
 
 
503 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0885  hypothetical protein  23.18 
 
 
504 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0795  hypothetical protein  23.18 
 
 
504 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.5 
 
 
389 aa  66.6  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.52 
 
 
389 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>