More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4575 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
483 aa  957  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  93.36 
 
 
483 aa  898  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  95.22 
 
 
484 aa  894  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  95.22 
 
 
484 aa  892  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  64.56 
 
 
483 aa  591  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  56.53 
 
 
479 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  56.75 
 
 
479 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  52.43 
 
 
479 aa  448  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.95 
 
 
517 aa  422  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.4 
 
 
512 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.68 
 
 
533 aa  416  1e-115  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.09 
 
 
521 aa  418  1e-115  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.83 
 
 
513 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.1 
 
 
515 aa  414  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.42 
 
 
512 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  51.4 
 
 
470 aa  410  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  47.52 
 
 
511 aa  393  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.65 
 
 
511 aa  387  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.23 
 
 
525 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.75 
 
 
532 aa  377  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.42 
 
 
504 aa  365  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.49 
 
 
500 aa  367  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.11 
 
 
482 aa  353  5e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  39.11 
 
 
547 aa  330  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.04 
 
 
497 aa  321  2e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.03 
 
 
519 aa  318  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  46.52 
 
 
495 aa  318  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  38.82 
 
 
512 aa  296  5e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  35.22 
 
 
489 aa  294  3e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  35.01 
 
 
479 aa  293  4e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  36.4 
 
 
503 aa  282  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.94 
 
 
558 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.25 
 
 
494 aa  279  7e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  35.76 
 
 
569 aa  278  2e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.85 
 
 
560 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.38 
 
 
520 aa  275  1e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.31 
 
 
486 aa  274  3e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.96 
 
 
537 aa  273  5e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.66 
 
 
561 aa  272  8e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.66 
 
 
561 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.5 
 
 
502 aa  270  5e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  37.55 
 
 
565 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  37.45 
 
 
569 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.45 
 
 
569 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.69 
 
 
509 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.44 
 
 
546 aa  263  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.5 
 
 
591 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.97 
 
 
483 aa  259  9e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1737  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.96 
 
 
509 aa  255  1e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.9 
 
 
576 aa  255  1e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 
501 aa  253  4e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  32.7 
 
 
558 aa  253  6e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.68 
 
 
504 aa  250  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.8 
 
 
516 aa  249  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.7 
 
 
460 aa  243  4e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.61 
 
 
538 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.97 
 
 
541 aa  239  7e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
482 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.08 
 
 
529 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.67 
 
 
457 aa  234  2e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.11 
 
 
465 aa  234  2e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
473 aa  234  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.04 
 
 
493 aa  232  9e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.19 
 
 
518 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  30.18 
 
 
520 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.61 
 
 
496 aa  231  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
496 aa  231  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
496 aa  231  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.47 
 
 
482 aa  230  4e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  33.97 
 
 
479 aa  229  6e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.97 
 
 
482 aa  229  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.9 
 
 
462 aa  229  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.05 
 
 
464 aa  229  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  32.12 
 
 
470 aa  228  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.37 
 
 
521 aa  228  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.08 
 
 
531 aa  228  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.27 
 
 
482 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.37 
 
 
517 aa  227  4e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.81 
 
 
489 aa  227  4e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.27 
 
 
497 aa  226  5e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.16 
 
 
517 aa  226  6e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  35.92 
 
 
499 aa  226  9e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.8 
 
 
493 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
471 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
471 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
486 aa  224  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
471 aa  224  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  29.42 
 
 
520 aa  223  5e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
501 aa  223  7e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
501 aa  223  7e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  31.66 
 
 
498 aa  223  7e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  30.28 
 
 
518 aa  223  8e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.68 
 
 
504 aa  222  1e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
509 aa  222  1e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
471 aa  221  2e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
523 aa  221  2e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.68 
 
 
507 aa  221  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  33.97 
 
 
508 aa  221  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.9 
 
 
465 aa  221  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.07 
 
 
487 aa  219  6e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>