More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4554 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  95.3 
 
 		 480 aa  893    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  95.3 
 
 		 480 aa  893    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  93.05 
 
 		 483 aa  910    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  88.1 
 
 		 397 aa  726    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  78.89 
 
 		 483 aa  761    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  80.12 
 
 		 492 aa  778    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  100 
 
 		 489 aa  1003    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  79.54 
 
 		 529 aa  800    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  81.8 
 
 		 507 aa  816    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  81.02 
 
 		 482 aa  786    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  77.37 
 
 		 521 aa  763    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  61.04 
 
 		 392 aa  491  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  60.3 
 
 		 424 aa  489  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.7 
 
 		 533 aa  481  1e-134  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.18 
 
 		 464 aa  462  1e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.4 
 
 		 383 aa  449  1e-125  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000481841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.73 
 
 		 423 aa  450  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  54.64 
 
 		 396 aa  424  1e-117  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  54.64 
 
 		 384 aa  424  1e-117  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.21 
 
 		 452 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  47.62 
 
 		 433 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.95 
 
 		 490 aa  357  3.9999999999999996e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.7 
 
 		 482 aa  356  6.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.86 
 
 		 452 aa  355  7.999999999999999e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.72 
 
 		 443 aa  354  2e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.13 
 
 		 432 aa  351  1e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.38 
 
 		 451 aa  348  9e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.09 
 
 		 438 aa  348  1e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.46 
 
 		 475 aa  348  1e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.41 
 
 		 432 aa  345  1e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.67 
 
 		 441 aa  343  5e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  47.44 
 
 		 428 aa  342  7e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.67 
 
 		 435 aa  342  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.04 
 
 		 438 aa  341  2e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.85 
 
 		 421 aa  340  2e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.06 
 
 		 439 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.06 
 
 		 439 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.34 
 
 		 436 aa  339  7e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.85 
 
 		 430 aa  339  7e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.06 
 
 		 435 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.11 
 
 		 428 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.15 
 
 		 438 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.77 
 
 		 439 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.08 
 
 		 439 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.15 
 
 		 438 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.15 
 
 		 438 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.15 
 
 		 438 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 430 aa  336  5e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  45.22 
 
 		 421 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.22 
 
 		 421 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.56 
 
 		 439 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  45.22 
 
 		 421 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 		 421 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 		 421 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 		 421 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.81 
 
 		 439 aa  335  1e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 		 421 aa  335  1e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 		 421 aa  335  1e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 		 421 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 		 421 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 		 421 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.22 
 
 		 421 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.82 
 
 		 434 aa  335  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.96 
 
 		 421 aa  333  3e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 428 aa  332  6e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 574 aa  332  8e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.92 
 
 		 419 aa  332  1e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.96 
 
 		 421 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 428 aa  330  3e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.74 
 
 		 440 aa  330  3e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 428 aa  330  3e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.6 
 
 		 423 aa  330  4e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.85 
 
 		 574 aa  329  8e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.14 
 
 		 430 aa  327  3e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  44.74 
 
 		 431 aa  326  5e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.36 
 
 		 437 aa  322  7e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.08 
 
 		 544 aa  322  8e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.28 
 
 		 439 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.3 
 
 		 438 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.78 
 
 		 434 aa  321  1.9999999999999998e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  44.79 
 
 		 477 aa  320  3e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  45.15 
 
 		 540 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3191  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.3 
 
 		 418 aa  320  5e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108061 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  43.97 
 
 		 428 aa  318  2e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.26 
 
 		 565 aa  318  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.82 
 
 		 544 aa  317  2e-85  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.41 
 
 		 452 aa  316  6e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  45.04 
 
 		 506 aa  315  8e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  43.44 
 
 		 543 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.26 
 
 		 560 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.26 
 
 		 497 aa  313  2.9999999999999996e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.37 
 
 		 515 aa  311  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.07 
 
 		 455 aa  311  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.16 
 
 		 540 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.5 
 
 		 429 aa  310  2.9999999999999997e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.27 
 
 		 441 aa  310  4e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.7 
 
 		 522 aa  310  4e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.67 
 
 		 515 aa  309  8e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.67 
 
 		 515 aa  309  8e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.29 
 
 		 571 aa  309  9e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>