15 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4543 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4543  S-type pyocin  100 
 
 		 106 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4761  S-type Pyocin  37.5 
 
 		 416 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0685968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1306  pyocin S-type Killer domain-containing protein  34.74 
 
 		 758 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0116  putative S-type colicin  36.17 
 
 		 593 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.305649 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0470  putative cytoplasmic protein  37.78 
 
 		 561 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000218322  decreased coverage  4.8281800000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0904  S-type Pyocin  35.11 
 
 		 731 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0164  colicin/pyocin immunity family protein  32.98 
 
 		 601 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.827155  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5232  pyocin/colicin protein, putative  29.9 
 
 		 655 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0310  HNH endonuclease:S-type Pyocin  30.93 
 
 		 656 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.251526 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4651  S-type Pyocin  34.44 
 
 		 643 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00543  hypothetical protein  30.85 
 
 		 859 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4759  S-type Pyocin  31.82 
 
 		 415 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.997182  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4048  HNH endonuclease  30.56 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5397  S-type Pyocin  30.93 
 
 		 789 aa  47  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0784178  hitchhiker  0.00224956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5378  S-type pyocin domain-containing protein  28.41 
 
 		 862 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.454504 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>