60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4505 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4505  hypothetical protein  100 
 
 		 151 aa  299  9e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000389369  normal  0.62283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4380  hypothetical protein  99.34 
 
 		 209 aa  296  9e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0506505  normal  0.0887943 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1344  hypothetical protein  99.34 
 
 		 209 aa  295  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444258  decreased coverage  0.0000672782 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0951  hypothetical protein  88 
 
 		 151 aa  266  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.166342  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4401  hypothetical protein  67.33 
 
 		 153 aa  203  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4095  hypothetical protein  64.67 
 
 		 161 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.332241  normal  0.566821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0929  hypothetical protein  63.51 
 
 		 151 aa  179  9.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0092322  normal  0.674823 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4429  hypothetical protein  62 
 
 		 151 aa  174  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4977  hypothetical protein  56.76 
 
 		 153 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.204636  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57250  hypothetical protein  58.73 
 
 		 131 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0153824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2028  hypothetical protein  34.92 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2853  hypothetical protein  34.62 
 
 		 147 aa  62  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0179123  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2183  hypothetical protein  38.58 
 
 		 156 aa  61.2  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000427964  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2638  hypothetical protein  30.26 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0193906  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2445  hypothetical protein  30.47 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000170869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0416  hypothetical protein  34.03 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000379477  hitchhiker  0.000470097 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0361  hypothetical protein  34.27 
 
 		 150 aa  54.7  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000115827  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4527  hypothetical protein  34.25 
 
 		 150 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000460771  unclonable  0.0000000198081 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0768  hypothetical protein  37.17 
 
 		 174 aa  52.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000709717  normal  0.343025 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3805  hypothetical protein  34.97 
 
 		 150 aa  52.4  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310465  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3773  protein of unknown function DUF721  37.39 
 
 		 175 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000368452  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0617  protein of unknown function DUF721  31.25 
 
 		 174 aa  50.4  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000209759  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0086  hypothetical protein  32 
 
 		 158 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0568  hypothetical protein  32 
 
 		 158 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0538  hypothetical protein  32 
 
 		 158 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0044295  normal  0.27748 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3380  hypothetical protein  35.16 
 
 		 174 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000736191  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2911  hypothetical protein  35.16 
 
 		 174 aa  48.9  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000130848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3511  hypothetical protein  35.16 
 
 		 174 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000118772  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1154  hypothetical protein  30.2 
 
 		 154 aa  48.5  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00206415  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2193  hypothetical protein  38.79 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00409116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0471  hypothetical protein  32.64 
 
 		 159 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.396188  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0496  hypothetical protein  32.64 
 
 		 159 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00166057  normal  0.977883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3585  hypothetical protein  35.4 
 
 		 175 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000445956  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0419  hypothetical protein  36.73 
 
 		 148 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000551607  unclonable  0.00000388194 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0433  protein of unknown function DUF721  36.73 
 
 		 148 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000320142  unclonable  0.00000000000179401 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0493  hypothetical protein  35.71 
 
 		 148 aa  47.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000306627  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0407  hypothetical protein  36.73 
 
 		 148 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171569  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0408  hypothetical protein  36.73 
 
 		 148 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000390387  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3447  hypothetical protein  33.06 
 
 		 151 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000038127  unclonable  0.0000018391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3737  hypothetical protein  35.71 
 
 		 148 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000147329  hitchhiker  0.000000022613 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3653  hypothetical protein  30.87 
 
 		 158 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0655  protein of unknown function DUF721  33.94 
 
 		 174 aa  45.4  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240864  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2828  hypothetical protein  34.25 
 
 		 219 aa  46.2  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.119045  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4213  hypothetical protein  31.73 
 
 		 148 aa  45.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0360  hypothetical protein  32.29 
 
 		 150 aa  43.9  0.0009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000215067  unclonable  0.00000708625 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0392  hypothetical protein  34.69 
 
 		 148 aa  43.9  0.0009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000400952  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0777  hypothetical protein  33.61 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.080705  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3436  hypothetical protein  31.07 
 
 		 151 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00123738  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2875  hypothetical protein  28.57 
 
 		 162 aa  42  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0140441  hitchhiker  0.0000188483 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004484  hypothetical protein  28 
 
 		 152 aa  41.6  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000519516  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0611  hypothetical protein  27.59 
 
 		 175 aa  41.6  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2487  hypothetical protein  26.4 
 
 		 150 aa  41.2  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000990571  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3498  protein of unknown function DUF721  31.07 
 
 		 153 aa  41.2  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.68574e-33 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1322  hypothetical protein  30.65 
 
 		 159 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0463  hypothetical protein  30.65 
 
 		 159 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.166961  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3516  hypothetical protein  30.65 
 
 		 159 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3542  hypothetical protein  30.65 
 
 		 159 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.516187  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3241  hypothetical protein  30.65 
 
 		 159 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3536  hypothetical protein  30.65 
 
 		 159 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.796901  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2542  hypothetical protein  30.65 
 
 		 159 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.651296  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>