228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4497 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4497  putative nucleotide-binding protein  100 
 
 
161 aa  321  3e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253922  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4372  putative nucleotide-binding protein  98.14 
 
 
161 aa  315  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0514431 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1352  putative nucleotide-binding protein  98.14 
 
 
161 aa  315  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154119  normal  0.12708 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0959  putative nucleotide-binding protein  91.3 
 
 
161 aa  295  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4421  putative nucleotide-binding protein  80.75 
 
 
161 aa  261  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425503  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13410  putative nucleotide-binding protein  80.75 
 
 
159 aa  258  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4087  putative nucleotide-binding protein  81.37 
 
 
159 aa  254  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.568883  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4393  hypothetical protein  80.75 
 
 
159 aa  254  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0939  putative nucleotide-binding protein  78.26 
 
 
159 aa  249  9e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911761  normal  0.507719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4966  putative nucleotide-binding protein  77.64 
 
 
159 aa  241  2e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57130  putative nucleotide-binding protein  77.64 
 
 
159 aa  241  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0533  putative nucleotide-binding protein  57.41 
 
 
160 aa  178  3e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2585  putative nucleotide-binding protein  56.17 
 
 
160 aa  176  8e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0358565  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02358  putative nucleotide-binding protein  54.32 
 
 
160 aa  171  3e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0203  putative nucleotide-binding protein  54.66 
 
 
160 aa  171  5e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1993  putative nucleotide-binding protein  54.66 
 
 
160 aa  171  5e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0973999  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2254  putative nucleotide-binding protein  55.28 
 
 
160 aa  171  5e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  9.45037e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3079  putative nucleotide-binding protein  55.21 
 
 
163 aa  171  6e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.421568  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04099  nucleotide-binding protein  54.6 
 
 
160 aa  170  7e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1902  putative nucleotide-binding protein  57.41 
 
 
161 aa  170  9e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1115  putative nucleotide-binding protein  53.09 
 
 
160 aa  169  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2033  hypothetical protein  56.79 
 
 
161 aa  167  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2888  putative nucleotide-binding protein  53.99 
 
 
163 aa  166  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003420  protein yajQ  53.09 
 
 
160 aa  166  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1670  putative nucleotide-binding protein  52.47 
 
 
161 aa  166  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.502764  normal  0.473324 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4311  putative nucleotide-binding protein  52.47 
 
 
160 aa  165  3e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.57751  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1098  putative nucleotide-binding protein  51.85 
 
 
160 aa  164  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1036  putative nucleotide-binding protein  52.15 
 
 
163 aa  164  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.448426  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3275  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
163 aa  162  1e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3114  putative nucleotide-binding protein  52.15 
 
 
161 aa  162  2e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0688  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
163 aa  161  3e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.067831  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3067  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
163 aa  162  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3104  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
163 aa  162  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3247  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
163 aa  162  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1728  putative nucleotide-binding protein  50.62 
 
 
160 aa  162  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.499513  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0893  putative nucleotide-binding protein  50.92 
 
 
163 aa  161  4e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2261  putative nucleotide-binding protein  48.77 
 
 
160 aa  161  4e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299234  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2557  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
161 aa  160  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.317915 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0818  putative nucleotide-binding protein  49.38 
 
 
161 aa  159  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3646  putative nucleotide-binding protein  50.92 
 
 
161 aa  159  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.507653  normal  0.0694826 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03091  putative nucleotide-binding protein  50.62 
 
 
172 aa  159  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0537  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
163 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.323651  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0482  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
163 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.101201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0474  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
163 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0476  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
163 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0495  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
163 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1196  putative nucleotide-binding protein  53.09 
 
 
160 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.699154  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3443  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  158  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.33798e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2524  putative nucleotide-binding protein  50 
 
 
161 aa  156  9e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.983821  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3156  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
161 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0710  putative nucleotide-binding protein  51.23 
 
 
161 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3724  putative nucleotide-binding protein  51.23 
 
 
161 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3532  putative nucleotide-binding protein  51.23 
 
 
161 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.07458e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0811  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
161 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3601  putative nucleotide-binding protein  51.23 
 
 
161 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0782  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
161 aa  155  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499744  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2291  putative nucleotide-binding protein  52.47 
 
 
163 aa  155  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  4.70515e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3815  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
161 aa  154  6e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3487  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
160 aa  154  7e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.660179  normal  0.50409 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2893  putative nucleotide-binding protein  50 
 
 
161 aa  153  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1084  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
163 aa  153  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.235952  hitchhiker  3.04548e-06 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0498  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  152  3e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0462  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  152  3e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0458  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  152  3e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0348  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  152  3e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3207  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  152  3e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  5.36011e-05 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00374  nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  152  3e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3183  protein of unknown function DUF520  48.47 
 
 
163 aa  152  3e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.387868  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00378  hypothetical protein  48.47 
 
 
163 aa  152  3e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0510  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  152  3e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781965  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1846  putative nucleotide-binding protein  50 
 
 
161 aa  151  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2826  putative nucleotide-binding protein  51.85 
 
 
161 aa  151  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.931729 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0770  putative nucleotide-binding protein  50 
 
 
161 aa  150  5e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.79998e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3058  putative nucleotide-binding protein  50.62 
 
 
163 aa  150  9e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.309078 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0977  hypothetical protein  47.24 
 
 
161 aa  150  9e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1091  protein of unknown function DUF520  47.24 
 
 
161 aa  150  9e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0959  hypothetical protein  46.88 
 
 
164 aa  149  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.486251  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2420  putative nucleotide-binding protein  51.23 
 
 
161 aa  148  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1044  putative nucleotide-binding protein  48.77 
 
 
161 aa  146  1e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3039  hypothetical protein  51.83 
 
 
162 aa  146  1e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3769  putative nucleotide-binding protein  52.15 
 
 
161 aa  146  1e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4781  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
161 aa  145  2e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0520927  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0732  putative nucleotide-binding protein  48.15 
 
 
161 aa  146  2e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2671  putative nucleotide-binding protein  48.15 
 
 
161 aa  144  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0094  putative nucleotide-binding protein  48.77 
 
 
162 aa  143  8e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3093  putative nucleotide-binding protein  48.15 
 
 
161 aa  143  8e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  9.35771e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1169  putative nucleotide-binding protein  46.01 
 
 
161 aa  143  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2750  putative nucleotide-binding protein  50.92 
 
 
161 aa  143  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821102  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1175  putative nucleotide-binding protein  46.01 
 
 
161 aa  143  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2240  putative nucleotide-binding protein  50.92 
 
 
161 aa  142  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.065474  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1191  putative nucleotide-binding protein  47.24 
 
 
163 aa  142  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.566237  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1854  putative nucleotide-binding protein  50.92 
 
 
161 aa  142  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0477  putative nucleotide-binding protein  47.5 
 
 
164 aa  141  5e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.132383 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3198  putative nucleotide-binding protein  46.91 
 
 
161 aa  141  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3206  putative nucleotide-binding protein  48.77 
 
 
161 aa  139  1e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.32382e-06  hitchhiker  2.62338e-18 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0318  protein of unknown function DUF520  47.53 
 
 
161 aa  139  2e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4534  protein of unknown function DUF520  46.25 
 
 
163 aa  139  2e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.452055  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0730  putative nucleotide-binding protein  48.15 
 
 
161 aa  138  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3204  putative nucleotide-binding protein  45.68 
 
 
161 aa  138  4e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.118693  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2549  putative nucleotide-binding protein  47.53 
 
 
161 aa  138  4e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>